8uqb

Crystal structure of RNF168 (RING)-UbcH5c fused to H2A-H2B via a 20-residue linker (crystallization condition 1)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 85.3 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8uqb
沉积日期 deposition_date	2023-10-23
结构标题 title	Crystal structure of RNF168 (RING)-UbcH5c fused to H2A-H2B via a 20-residue linker (crystallization condition 1)
关键词 keywords	;RNF168, UbcH5c, Histone H2A, Histone H2B, Chromatin, Ubiquitin ligase, Ubiquitin-conjugating enzyme, DNA damage response, DNA double-strand break repair, PROTEIN BINDING, PROTEIN BINDING-Transferase complex, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.76 Å
零角强度 I(0) i0	35035500.00
分子量 molecular_weight	45218.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56488 Å³
包络体积 envelope_volume	71641 Å³
水化壳体积 shell_volume	23666 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.9 Å
壳层 Rg shell_rg	32.34 Å
包络 Rg envelope_rg	26.80 Å
形状 Rg shape_rg	26.76 Å
总 Rg total_rg	27.42 Å
总原子数 total_atoms	3164
残基数 n_residues	408
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.3 Å
Rg (实空间) rg_real	27.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5040e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9880e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	35040000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9044
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.281
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.676
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5720000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.962; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.939; Smooth: 0.927

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase RNF168,Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3,Histone H2B type 2-E,Histone H2A type 1-B/E
分子量 formula_weight	50040.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27,2.3.2.23,2.3.2.24
突变 mutation	C85K in UbcH5c
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3207

GHMALPKDAIPSLSECQCGICMEILVEPVTLPCNHTLCKPCFQSTVEKASLCCPFCRRRVSSWTRYHTRRNSLVNVELWTIIQKHYPRECKLRASGSGSGSGSALKRINKELSDLARDPPAQCSAGPVGDDMFHWQATIMGPNDSPYQGGVFFLTIHFPTDYPFKPPKVAFTTRIYHPNINSNGSIKLDILRSQWSPALTISKVLLSICSLLCDPNPDDPLVPEIARIYKTDRDKYNRISREWTQKYAMGGSGGGSGGSGGSGGSGSGSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	41

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	101.948 Å
晶胞边长 b length_b	101.948 Å
晶胞边长 c length_c	86.992 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.484 Å
最低分辨率 resolution_low	39.370 Å
R 因子 r_factor	0.2223
R_work r_work	0.2182
R_free r_free	0.2596

fit	/app/data/saxs_computation/uq/8uqb/8uqb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uq/8uqb/8uqb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uq/8uqb/8uqb.dat

Crystal structure of RNF168 (RING)-UbcH5c fused to H2A-H2B via a 20-residue linker (crystallization condition 1)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction