8yti

Crystal Structure of Nucleosome-H1x Linker Histone Assembly (sticky-169a DNA fragment)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 223.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yti
沉积日期 deposition_date	2024-03-26
最后修订 last_revision	2024-04-03
结构标题 title	Crystal Structure of Nucleosome-H1x Linker Histone Assembly (sticky-169a DNA fragment)
关键词 keywords	;linker histone, nucleosome binding, chromatin structure, chromatin compaction, histone variants, STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex ;; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	78.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	78.49 Å
零角强度 I(0) i0	4252270000.00
分子量 molecular_weight	411070.0 kDa
排除体积 excluded_volume	456720 Å³
包络体积 envelope_volume	813320 Å³
水化壳体积 shell_volume	93799 Å³
包络直径 envelope_diameter	251.7 Å
壳层 Rg shell_rg	64.46 Å
包络 Rg envelope_rg	74.74 Å
形状 Rg shape_rg	78.39 Å
总 Rg total_rg	78.54 Å
总原子数 total_atoms	27926
残基数 n_residues	2439
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	223.3 Å
Rg (实空间) rg_real	77.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2200e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0510e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	75.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4216000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7794
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	55.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.423
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.896
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.1035
最高正则化参数 α highest_alpha	123700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.760; Stabil: 0.994; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.833; Smooth: 0.002

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3.1
分子量 formula_weight	15437.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,K,O
原子数 atom_count	28083

MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11394.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,L,P

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A type 1-B/E
分子量 formula_weight	14165.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,M,Q

MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B type 1-J
分子量 formula_weight	13935.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,N,R

MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	DNA (169-MER)
分子量 formula_weight	52173.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,S

GCTTTTTTTTTTCACAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGGAATCCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTGTGAAAAAAAAAAGCTGCA

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 polymer

描述 description	DNA (169-MER)
分子量 formula_weight	52164.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J,T

GCTTTTTTTTTTCACAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGGATTCCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTGTGAAAAAAAAAAGCTGCA

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 7 polymer

描述 description	Histone H1x
分子量 formula_weight	22543.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,V

MSVELEEALPVTTAEGMAKKVTKAGGSAALSPSKKRKNSKKKNQPGKYSQLVVETIRRLGERNGSSLAKIYTEAKKVPWFDQQNGRTYLKYSIKALVQNDTLLQVKGTGANGSFKLNRKKLEGGGERRGAPAAATAPAPTAHKAKKAAPGAAGSRRADKKPARGQKPEQRSHKKGAGAKKDKGGKAKKTAAAGGKKVKKAAKPSVPKVPKGRK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 9 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	52

Entity 10 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	157

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	104.852 Å
晶胞边长 b length_b	102.111 Å
晶胞边长 c length_c	216.179 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.34 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	92.220 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2096
R_free r_free	0.2669

fit	/app/data/saxs_computation/yt/8yti/8yti.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yt/8yti/8yti.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yt/8yti/8yti.dat

Crystal Structure of Nucleosome-H1x Linker Histone Assembly (sticky-169a DNA fragment)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)