SAXSdb — 8syp

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8syp
沉积日期 deposition_date	2023-05-25
结构标题 title	Genomic CX3CR1 nucleosome
关键词 keywords	;nucleosome, transcription factor, transcription, chromatin binding protein-DNA complex, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex, TRANSCRIPTION-DNA complex ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.20 Å
零角强度 I(0) i0	1218140000.00
分子量 molecular_weight	225360.0 kDa
排除体积 excluded_volume	256280 Å³
包络体积 envelope_volume	379000 Å³
水化壳体积 shell_volume	76937 Å³
包络直径 envelope_diameter	132.1 Å
壳层 Rg shell_rg	47.71 Å
包络 Rg envelope_rg	38.54 Å
形状 Rg shape_rg	39.09 Å
总 Rg total_rg	39.82 Å
总原子数 total_atoms	15472
残基数 n_residues	1493
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	121.9 Å
Rg (实空间) rg_real	41.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2180e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7550e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1219000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8308
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.5 Å
偏度 Skewness skewness	-0.012
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.581
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	73640000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.944; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3.1
分子量 formula_weight	15437.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	15472

MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11394.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A type 2-C
分子量 formula_weight	14017.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MSGRGKQGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYMAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHKAKSK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B type 2-E
分子量 formula_weight	13951.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	DNA (162-MER)
分子量 formula_weight	50043.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

TAGGTGCAGGGCCTCTCGGCTGCTGATCTTCAGCTGGTTGCTGAGAGTTGCAGCATTGCTGAGTCTTAGCAATGGATACTTCCCGATTCCCCTCACAAAAATAGGTCAGTCTGTCTGGCTAGTTCTGTACTTGCAGACACAGGGCATGTGGGGTTCCTATTT

Entity 6 polymer

描述 description	DNA (162-MER)
分子量 formula_weight	49966.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

AAATAGGAACCCCACATGCCCTGTGTCTGCAAGTACAGAACTAGCCAGACAGACTGACCTATTTTTGTGAGGGGAATCGGGAAGTATCCATTGCTAAGACTCAGCAATGCTGCAACTCTCAGCAACCAGCTGAAGATCAGCAGCCGAGAGGCCCTGCACCTA

Entity 7 polymer

描述 description	Single-chain variable fragment
分子量 formula_weight	29030.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N

MKSSHHHHHHENLYFQSNAMEVQLQQSGPELVEPGTSVKMPCKASGYTFTSYTIQWVKQTPRQGLEWIGYIYPYNAGTKYNEKFKGKATLTSDKSSSTVYMELSSLTSEDSAVYYCARKSSRLRSTLDYWGQGTSVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSMDIKMTQSPSSMHASLGERVTITCKASQDIRSYLSWYQQKPWKSPKTLIYYATSLADGVPSRFSGSGSGQDFSLTINNLESDDTATYYCLQHGESPYTFGSGTKLEIKRA

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	143066

fit	/app/data/saxs_computation/sy/8syp/8syp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sy/8syp/8syp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sy/8syp/8syp.dat

Genomic CX3CR1 nucleosome

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)