9ge5

CryoEM structure of the human INO80-Hexasome complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 193.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ge5
沉积日期 deposition_date	2024-08-07
结构标题 title	CryoEM structure of the human INO80-Hexasome complex
关键词 keywords	Homo sapiens, ATP-dependent chromatin remodeller, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	60.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	59.49 Å
零角强度 I(0) i0	5458200000.00
分子量 molecular_weight	574260.0 kDa
排除体积 excluded_volume	699390 Å³
包络体积 envelope_volume	1062400 Å³
水化壳体积 shell_volume	143170 Å³
包络直径 envelope_diameter	189.3 Å
壳层 Rg shell_rg	65.91 Å
包络 Rg envelope_rg	58.11 Å
形状 Rg shape_rg	59.45 Å
总 Rg total_rg	59.73 Å
总原子数 total_atoms	40014
残基数 n_residues	4695
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	193.5 Å
Rg (实空间) rg_real	60.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4580e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0420e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	61.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5462000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8294
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	74.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.142
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.594
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	334500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (16)

Entity 1 polymer

描述 description	RuvB-like 1
分子量 formula_weight	49905.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	40014

KIEEVKSTTKTQRIASHSHVKGLGLDESGLAKQAASGLVGQENAREACGVIVELIKSKKMAGRAVLLAGPPGTGKTALALAIAQELGSKVPFCPMVGSEVYSTEIKKTEVLMENFRRAIGLRIKETKEVYEGEVTELTPCETENPMGGYGKTISHVIIGLKTAKGTKQLKLDPSIFESLQKERVEAGDVIYIEANSGAVKRQGRCDTYATEFDLEAEEYVPLPKGDVHKKKEIIQDVTLHDLDVANARPQGGQDILSMMGQLMKPKKTEITDKLRGEINKVVNKYIDQGIAELVPGVLFVDEVHMLDIECFTYLHRALESSIAPIVIFASNRGNCVIRGTEDITSPHGIPLDLLDRVMIIRTMLYTPQEMKQIIKIRAQTEGINISEEALNHLGEIGTKTTLRYSVQLLTPANLLAKINGKDSIEKEHVEEISELFYDAKSSAKILADQQDKY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	RuvB-like 2
分子量 formula_weight	48627.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

DVTRIERIGAHSHIRGLGLDDALEPRQASQGMVGQLAARRAAGVVLEMIREGKIAGRAVLIAGQPGTGKTAIAMGMAQALGPDTPFTAIAGSEIFSLEMSKTEALTQAFRRSIGVRIKEETEIIEGEVVEIQIDRPATGTGSKVGKLTLKTTEMETIYDLGTKMIESLTKDKVQAGDVITIDKATGKISKLGRSFTRARDYDAMGSQTKFVQCPDGELQKRKEVVHTVSLHEIDVINSRTQGFLALFSGDTGEIKSEVREQINAKVAEWREEGKAEIIPGVLFIDEVHMLDIESFSFLNRALESDMAPVLIMATNRGITRIRGTSYQSPHGIPIDLLDRLLIVSTTPYSEKDTKQILRIRCEEEDVEMSEDAYTVLTRIGLETSLRYAIQLITAASLVCRKRKGTEVQVDDIKRVYSLFLDESRSTQYMKEYQDAFLFN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	Chromatin-remodeling ATPase INO80
分子量 formula_weight	85303.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

LKGYQLKGMNWLANLYEQGINGILADEMGLGKTVQSIALLAHLAERENIWGPFLIISPASTLNNWHQEFTRFVPKFKVLPYWGNPHDRKVIRRFWSQKTLYTQDAPFHVVITSYQLVVQDVKYFQRVKWQYMVLDEAQALKSSSSVRWKILLQFQCRNRLLLTGTPIQNTMAELWALLHFIMPTLFDSHEEFNEWFSKDIESHAENKSAIDENQLSRLHMILKPFMLRRIKKDVENELSDKIEILMYCQLTSRQKLLYQALKNKISIEDLLQSSMGSTQQAQNTTSSLMNLVMQFRKVCNHPELFERQETWSPFHISLKPYHISKFIYRHGQIRVFNHSRDRWLRVLSPFAPDYIQRSLFHRKGINEESCFSFLRFIDISPAEMANLMLQGLLARWLALFLSLKASYRLHQLRSWGAPEGESHQRYLRNKDFLLGVNFPLSFPNLCSCPLLKSLVFSSHCKAVSGYSDQVVHQRRSATSSLRRCLLTELPSFLCVASPRVTAVPLDSYCNDRSAEYERRVLKEGGSLAAKQCLLNGAPELAADWLNRRSQFFPEPAGGLWSIRPQNGWSFIRIPGKESLITDSGKLYALDVLLTRLKSQGHRVLIYSQMTRMIDLLEEYMVYRKHTYMRLDGSSKISERRDMVADFQNRNDIFVFLLSTRAGGLGINLTAADTVIFYDSDWNPTVDQQAMDRAHRLGQTKQVTVYRLICKGTIEERILQRAKEKSEIQRMVIS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 polymer

描述 description	INO80 complex subunit B
分子量 formula_weight	14692.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

LTEEMLLKREERARKRRLQAARRAEEHKNQTIERLTKTAATSGRGGRGGARGERRGGRAAAPAPMVRYCSGAQGSTLSFPPGVPAPTAVSQRPSPSGPPPRCSVPGCPHPRRYACSRTGQALCSLQCYRINLQMR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 5 polymer

描述 description	INO80 complex subunit C
分子量 formula_weight	12064.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

KDPNFVHSGHGGAVAGKKNRTWKYLKQILASERALPWQLNDPNYFSIDAPPSFKPAKKYSDVSGLLANYTDPQSKLRFSTIEEFSYIRRLPSDVVTGYLALRKATSI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 6 polymer

描述 description	Actin-related protein 5
分子量 formula_weight	65589.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

PFRDARAAPDPVLEAGPVAHGPLPVPLVLDNGSFQVRAGWACPGQDPGPEPRLQFRAVCARGRGGARGASGPQVGNALGSLEPLRWMLRSPFDRNVPVNLELQELLLDYSFQHLGVSSQGCVDHPIVLTEAVCNPLYSRQMMSELLFECYGIPKVAYGIDSLFSFYHNKPKNSMCSGLIISSGYQCTHVLPILEGRLDAKNCKRINLGGSQAAGYLQRLLQLKYPGHLAAITLSRMEEILHEHSYIAEDYVEELHKWRCPDYYENNVHKMQLPFSSKLLGSTLTSEEKQERRQQQLRRLQELNARRREEKLQLDQERLDRLLYVQELLEDGQMDQFHKALIELNMDSPEELQSYIQKLSIAVEQAKQKILQAEVNLEVDVVDSKPETPDLEQLEPSLEDVESMNDFDPLFSEETPGVEKPVTTVQPVFNLAAYHQLFVGTERIRAPEIIFQPSLIGEEQAGIAETLQYILDRYPKDIQEMLVQNVFLTGGNTMYPGMKARMEKELLEMRPFRSSFQVQLASNPVLDAWYGARDWALNHLDDNEVWITRKEYEEKGGEYLKEHCASNIYVPIRLPKQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 7 polymer

描述 description	Hexasomal DNA Strand 1
分子量 formula_weight	35098.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	K

ATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCG

Entity 8 polymer

描述 description	Hexasomal DNA strand 2
分子量 formula_weight	34640.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	L

CGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATAT

Entity 9 polymer

描述 description	Histone H3.1
分子量 formula_weight	10948.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,Q

RPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 10 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	9180.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

LRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 11 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	8795.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

NIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 12 polymer

描述 description	Histone H2A type 1-B/E
分子量 formula_weight	11865.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

RAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 13 polymer

描述 description	Histone H2B type 1-B
分子量 formula_weight	10263.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

SRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 14 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 15 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 16 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.350 Å
最低分辨率 resolution_low	3.350 Å
R 因子 r_factor	0.2245
R_work r_work	0.2245
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.35 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	34444

fit	/app/data/saxs_computation/ge/9ge5/9ge5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ge/9ge5/9ge5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ge/9ge5/9ge5.dat

CryoEM structure of the human INO80-Hexasome complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (16)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)