8vlr

Cryo-EM structure of native H2AK119bu nucleosome at 2.6

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 113.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vlr
沉积日期 deposition_date	2024-01-12
最后修订 last_revision	2025-01-15
结构标题 title	Cryo-EM structure of native H2AK119bu nucleosome at 2.6
关键词 keywords	Nucleosome, native H2AK119bu, cryo-EM, 2.6, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.38 Å
零角强度 I(0) i0	763969000.00
分子量 molecular_weight	170690.0 kDa
排除体积 excluded_volume	190630 Å³
包络体积 envelope_volume	275850 Å³
水化壳体积 shell_volume	61199 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.2 Å
壳层 Rg shell_rg	44.32 Å
包络 Rg envelope_rg	36.02 Å
形状 Rg shape_rg	36.21 Å
总 Rg total_rg	37.12 Å
总原子数 total_atoms	21181
残基数 n_residues	1038
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	113.3 Å
Rg (实空间) rg_real	38.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.6400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1230e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	764100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8887
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.088
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.670
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	48370000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.987; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.602

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3.1
分子量 formula_weight	11504.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	21181

PHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	9566.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

RKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A type 1-B/E
分子量 formula_weight	11865.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

RAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPK

Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B type 1-A
分子量 formula_weight	10384.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

TRKESYSIYIYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVTDIFERIASEASRLAHYSKRSTISSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSS

Entity 5 polymer

描述 description	DNA (136-MER)
分子量 formula_weight	41883.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	K

TCTCTGCCTGTTCTTCCAAAAGTGTATTTAGAAACTGCTCCAACAAAAGGCAGGTTCAGCTGAATTCAGCTGAACCTGCCTTTTGATGGAGCAGTTACCAAATACACTTTTGGTAGAATCTGGTGCTCCATTATGA

Entity 6 polymer

描述 description	DNA (136-MER)
分子量 formula_weight	42048.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	L

TCATAATGGAGCACCAGATTCTACCAAAAGTGTATTTGGTAACTGCTCCATCAAAAGGCAGGTTCAGCTGAATTCAGCTGAACCTGCCTTTTGTTGGAGCAGTTTCTAAATACACTTTTGGAAGAACAGGCAGAGA

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1288371

fit	/app/data/saxs_computation/vl/8vlr/8vlr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vl/8vlr/8vlr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vl/8vlr/8vlr.dat

Cryo-EM structure of native H2AK119bu nucleosome at 2.6

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)