SAXSdb — 9d3q

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9d3q
沉积日期 deposition_date	2024-08-11
结构标题 title	167-bp 5S rDNA nucleosome - open II
关键词 keywords	5S rDNA nucleosome, natural nucleosome positioning sequence, DNA sequence-dependent breathing, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.12 Å
零角强度 I(0) i0	569714000.00
分子量 molecular_weight	148140.0 kDa
排除体积 excluded_volume	166300 Å³
包络体积 envelope_volume	239400 Å³
水化壳体积 shell_volume	55821 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.2 Å
壳层 Rg shell_rg	42.59 Å
包络 Rg envelope_rg	34.54 Å
形状 Rg shape_rg	34.95 Å
总 Rg total_rg	35.89 Å
总原子数 total_atoms	10138
残基数 n_residues	940
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	111.7 Å
Rg (实空间) rg_real	37.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.1940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	569800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9001
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.105
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.630
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27330000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.982; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.758

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3.2
分子量 formula_weight	11253.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	10138

RYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	9180.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

LRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A type 2-A
分子量 formula_weight	10381.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

AKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYMAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B type 1-M
分子量 formula_weight	10466.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

SRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	5S rDNA (noncoding strand)
分子量 formula_weight	33824.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

TGGGGGAAAAGACCCTGGCATGGGGAGGAGCTGGGCCCCCCCCAGAAGGCAGCACAAGGGGAGGAAAAGTCAGCCTTGTGCTCGCCTACGGCCATACCACCCTGAAAGT

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus borealis
通用名 common_name	Kenyan clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8354
宿主生物 host_organism	synthetic construct

Entity 6 polymer

描述 description	5S rDNA (coding strand)
分子量 formula_weight	33449.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ACTTTCAGGGTGGTATGGCCGTAGGCGAGCACAAGGCTGACTTTTCCTCCCCTTGTGCTGCCTTCTGGGGGGGGCCCAGCTCCTCCCCATGCCAGGGTCTTTTCCCCCA

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus borealis
通用名 common_name	Kenyan clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8354
宿主生物 host_organism	synthetic construct

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	24628

fit	/app/data/saxs_computation/d3/9d3q/9d3q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d3/9d3q/9d3q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d3/9d3q/9d3q.dat

167-bp 5S rDNA nucleosome - open II

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)