5vpn

E. coli Quinol fumarate reductase FrdA E245Q mutation

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fumarate reductase flavoprotein subunit

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit × 1 （A0A076YHN1） Fumarate reductase subunit C × 1 （P0A8Q0） Fumarate reductase subunit D × 1 （P0A8Q3） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit × 1 （A0A076YHN1） Fumarate reductase subunit C × 1 （P0A8Q0） Fumarate reductase subunit D × 1 （P0A8Q3） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FRDA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–585； UniProt 1–585 作者链 E； PDB构建体 1–585； UniProt 1–585

Succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit

Escherichia coli

UniProt A0A076YHN1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Fumarate reductase flavoprotein subunit × 1 （P00363） Fumarate reductase subunit C × 1 （P0A8Q0） Fumarate reductase subunit D × 1 （P0A8Q3） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Fumarate reductase flavoprotein subunit × 1 （P00363） Fumarate reductase subunit C × 1 （P0A8Q0） Fumarate reductase subunit D × 1 （P0A8Q3） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A076YHN1_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–243； UniProt 17–259 作者链 F； PDB构建体 1–243； UniProt 17–259

Fumarate reductase subunit C

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P0A8Q0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Fumarate reductase flavoprotein subunit × 1 （P00363） Succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit × 1 （A0A076YHN1） Fumarate reductase subunit D × 1 （P0A8Q3） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Fumarate reductase flavoprotein subunit × 1 （P00363） Succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit × 1 （A0A076YHN1） Fumarate reductase subunit D × 1 （P0A8Q3） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FRDC_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–130； UniProt 2–131 作者链 G； PDB构建体 1–130； UniProt 2–131

Fumarate reductase subunit D

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P0A8Q3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Fumarate reductase flavoprotein subunit × 1 （P00363） Succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit × 1 （A0A076YHN1） Fumarate reductase subunit C × 1 （P0A8Q0） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Fumarate reductase flavoprotein subunit × 1 （P00363） Succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit × 1 （A0A076YHN1） Fumarate reductase subunit C × 1 （P0A8Q0） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FRDD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–119； UniProt 1–119 作者链 H； PDB构建体 1–119； UniProt 1–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5vpn
沉积日期 deposition_date	2017-05-05
结构标题 title	E. coli Quinol fumarate reductase FrdA E245Q mutation
关键词 keywords	quinol fumarate reductase, fumarate reduction, membrane protein, Complex II Superfamily, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5vpn__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5vpn__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5vpn__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.64 Å
Rg（电子密度）	33.38 Å
总 Rg	33.45 Å
原子数	8453
残基数	1077
排除体积	150900 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5vpn__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5vpn__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fumarate reductase flavoprotein subunit
分子量 formula_weight	64339.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.5.4
突变 mutation	E245Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	16845

MQTFQADLAIVGAGGAGLRAAIAAAQANPNAKIALISKVYPMRSHTVAAEGGSAAVAQDHDSFEYHFHDTVAGGDWLCEQDVVDYFVHHCPTEMTQLELWGCPWSRRPDGSVNVRRFGGMKIERTWFAADKTGFHMLHTLFQTSLQFPQIQRFDEHFVLDILVDDGHVRGLVAMNMMEGTLVQIRANAVVMATGGAGRVYRYNTNGGIVTGDGMGMALSHGVPLRDMEFVQYHPTGLPGSGILMTQGCRGEGGILVNKNGYRYLQDYGMGPETPLGEPKNKYMELGPRDKVSQAFWHEWRKGNTISTPRGDVVYLDLRHLGEKKLHERLPFICELAKAYVGVDPVKEPIPVRPTAHYTMGGIETDQNCETRIKGLFAVGECSSVGLHGANRLGSNSLAELVVFGRLAGEQATERAATAGNGNEAAIEAQAAGVEQRLKDLVNQDGGENWAKIRDEMGLAMEEGCGIYRTPELMQKTIDKLAELQERFKRVRITDTSSVFNTDLLYTIELGHGLNVAECMAHSAMARKESRGAHQRLDEGCTERDDVNFLKHTLAFRDADGTTRLEYSDVKITTLPPAKRVYGGEA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit
分子量 formula_weight	27021.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.5.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

AEMKNLKIEVVRYNPEVDTAPHSAFYEVPYDATTSLLDALGYIKDNLAPDLSYRWSCRMAICGSCGMMVNNVPKLACKTFLRDYTDGMKVEALANFPIERDLVVDMTHFIESLEAIKPYIIGNSRTADQGTNIQTPAQMAKYHQFSGCINCGLCYAACPQFGLNPEFIGPAAITLAHRYNEDSRDHGKKERMAQLNSQNGVWSCTFVGYCSEVCPKHVDPAAAIQQGKVESSKDFLIATLKPR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Fumarate reductase subunit C
分子量 formula_weight	14898.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

TTKRKPYVRPMTSTWWKKLPFYRFYMLREGTAVPAVWFSIELIFGLFALKNGPEAWAGFVDFLQNPVIVIINLITLAAALLHTKTWFELAPKAANIIVKDEKMGPEPIIKSLWAVTVVATIVILFVALYW

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Fumarate reductase subunit D
分子量 formula_weight	13118.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MINPNPKRSDEPVFWGLFGAGGMWSAIIAPVMILLVGILLPLGLFPGDALSYERVLAFAQSFIGRVFLFLMIVLPLWCGLHRMHHAMHDLKIHVPAGKWVFYGLAAILTVVTLIGVVTI

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	133.565 Å
晶胞边长 b length_b	138.134 Å
晶胞边长 c length_c	220.079 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.223 Å
最低分辨率 resolution_low	22.962 Å
R 因子 r_factor	0.2176
R_work r_work	0.2148
R_free r_free	0.2704

E. coli Quinol fumarate reductase FrdA E245Q mutation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fumarate reductase flavoprotein subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fumarate reductase subunit C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fumarate reductase subunit D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5vpn__assembly_2__model_1

5vpn__assembly_2__model_1 | I(q)

5vpn__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)