SAXSdb — 5vu2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E1 envelope glycoprotein

Chikungunya virus strain Senegal 37997

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 1440	E3 envelope glycoprotein × 240 （C7S7A1） capsid protein × 240 （Q5XXP3） E1 envelope glycoprotein × 240 （Q5XXP3） E2 envelope glycoprotein × 240 （Q5XXP3）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	E3 envelope glycoprotein × 4 （C7S7A1） capsid protein × 4 （Q5XXP3） E1 envelope glycoprotein × 4 （Q5XXP3） E2 envelope glycoprotein × 4 （Q5XXP3）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 120	E3 envelope glycoprotein × 20 （C7S7A1） capsid protein × 20 （Q5XXP3） E1 envelope glycoprotein × 20 （Q5XXP3） E2 envelope glycoprotein × 20 （Q5XXP3）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 144	E3 envelope glycoprotein × 24 （C7S7A1） capsid protein × 24 （Q5XXP3） E1 envelope glycoprotein × 24 （Q5XXP3） E2 envelope glycoprotein × 24 （Q5XXP3）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	E3 envelope glycoprotein × 4 （C7S7A1） capsid protein × 4 （Q5XXP3） E1 envelope glycoprotein × 4 （Q5XXP3） E2 envelope glycoprotein × 4 （Q5XXP3）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0H4CWF2_CHIKV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–866； UniProt 326–1191 作者链 B； PDB构建体 1–866； UniProt 326–1191 作者链 C； PDB构建体 1–866； UniProt 326–1191 作者链 D； PDB构建体 1–866； UniProt 326–1191 作者链 M； PDB构建体 1–866； UniProt 326–1191 作者链 N； PDB构建体 1–866； UniProt 326–1191 作者链 O； PDB构建体 1–866； UniProt 326–1191 作者链 P； PDB构建体 1–866； UniProt 326–1191

E3 envelope glycoprotein

Chikungunya virus strain Senegal 37997

UniProt C7S7A1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 1440	E1 envelope glycoprotein × 480 （A0A0H4CWF2） capsid protein × 240 （Q5XXP3） E1 envelope glycoprotein × 240 （Q5XXP3） E2 envelope glycoprotein × 240 （Q5XXP3）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	E1 envelope glycoprotein × 8 （A0A0H4CWF2） capsid protein × 4 （Q5XXP3） E1 envelope glycoprotein × 4 （Q5XXP3） E2 envelope glycoprotein × 4 （Q5XXP3）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 120	E1 envelope glycoprotein × 40 （A0A0H4CWF2） capsid protein × 20 （Q5XXP3） E1 envelope glycoprotein × 20 （Q5XXP3） E2 envelope glycoprotein × 20 （Q5XXP3）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 144	E1 envelope glycoprotein × 48 （A0A0H4CWF2） capsid protein × 24 （Q5XXP3） E1 envelope glycoprotein × 24 （Q5XXP3） E2 envelope glycoprotein × 24 （Q5XXP3）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	E1 envelope glycoprotein × 8 （A0A0H4CWF2） capsid protein × 4 （Q5XXP3） E1 envelope glycoprotein × 4 （Q5XXP3） E2 envelope glycoprotein × 4 （Q5XXP3）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C7S7A1_CHIKV
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–59； UniProt 266–324 作者链 V； PDB构建体 1–59； UniProt 266–324 作者链 W； PDB构建体 1–59； UniProt 266–324 作者链 X； PDB构建体 1–59； UniProt 266–324

capsid protein

Chikungunya virus (strain 37997)

UniProt Q5XXP3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 1440	E1 envelope glycoprotein × 480 （A0A0H4CWF2） E3 envelope glycoprotein × 240 （C7S7A1）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	E1 envelope glycoprotein × 8 （A0A0H4CWF2） E3 envelope glycoprotein × 4 （C7S7A1）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 120	E1 envelope glycoprotein × 40 （A0A0H4CWF2） E3 envelope glycoprotein × 20 （C7S7A1）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 144	E1 envelope glycoprotein × 48 （A0A0H4CWF2） E3 envelope glycoprotein × 24 （C7S7A1）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	E1 envelope glycoprotein × 8 （A0A0H4CWF2） E3 envelope glycoprotein × 4 （C7S7A1）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLS_CHIK3
Isoform	—
PDB实体	3, 4, 5
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–149； UniProt 113–261 作者链 J； PDB构建体 1–149； UniProt 113–261 作者链 K； PDB构建体 1–149； UniProt 113–261 作者链 L； PDB构建体 1–149； UniProt 113–261 作者链 E； PDB构建体 1–46； UniProt 1203–1248 作者链 F； PDB构建体 1–46； UniProt 1203–1248 作者链 G； PDB构建体 1–46； UniProt 1203–1248 作者链 H； PDB构建体 1–46； UniProt 1203–1248 作者链 Q； PDB构建体 1–81； UniProt 668–748 作者链 R； PDB构建体 1–81； UniProt 668–748 作者链 S； PDB构建体 1–81； UniProt 668–748 作者链 T； PDB构建体 1–81； UniProt 668–748

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5vu2
沉积日期 deposition_date	2017-05-18
结构标题 title	Electron cryo-microscopy of "immature" Chikungunya VLP
关键词 keywords	Chikungunya, virus, immature, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5vu2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5vu2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5vu2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	271.50 Å
总 Rg	271.60 Å
原子数	1959120
残基数	254160
排除体积	34805000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5vu2__assembly_1__model_1`	1440-meric （1440）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5vu2__assembly_2__model_1`	24-meric （24）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`5vu2__assembly_3__model_1`	120-meric （120）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`5vu2__assembly_4__model_1`	144-meric （144）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`5vu2__assembly_5__model_1`	24-meric （24）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E1 envelope glycoprotein
分子量 formula_weight	95538.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,A,B,N,C,O,D,P
原子数 atom_count	32676

STKDNFNVYKATRPYLAHCPDCGEGHSCHSPVALERIRNEATDGTLKIQVSLQIGIKTDDSHDWTKLRYMDNHMPADAERAGLFVRTSAPCTITGTMGHFILARCPKGETLTVGFTDSRKISHSCTHPFHHDPPVIGREKFHSRPQHGKELPCSTYVQSTAATTEEIEVHMPPDTPDRTLMSQQSGNVKITVNGQTVRYKCNCGGSNEGLTTTDKVINNCKVDQCHAAVTNHKKWQYNSPLVPRNAELGDRKGKIHIPFPLANVTCRVPKARNPTVTYGKNQVIMLLYPDHPTLLSYRNMGEEPNYQEEWVMHKKEVVLTVPTEGLEVTWGNNEPYKYWPQLSTNGTAHGHPHEIILYYYELYPTMTVVVVSVATFILLSMVGMAAGMCMCARRRCITPYELTPGATVPFLLSLICCIRTAKAATYQEAAIYLWNEQQPLFWLQALIPLAALIVLCNCLRLLPCCCKTLAFLAVMSVGAHTVSAYEHVTVIPNTVGVPYKTLVNRPGYSPMVLEMELLSVTLEPTLSLDYITCEYKTVIPSPYVKCCGTAECKDKNLPDYSCKVFTGVYPFMWGGAYCFCDAENTQLSEAHVEKSESCKTEFASAYRAHTASASAKLRVLYQGNNITVTAYANGDHAVTVKDAKFIVGPMSSAWTPFDNKIVVYKGDVYNMDYPPFGAGRPGQFGDIQSRTPESKDVYANTQLVLQRPAAGTVHVPYSQAPSGFKYWLKERGASLQHTAPFGCQIATNPVRAVNCAVGNMPISIDIPEAAFTRVVDAPSLTDMSCEVPACTHSSDFGGVAIIKYAASKKGKCAVHSMTNAVTIREAEIEVEGNSQLQISFSTALASAEFRVQVCSTQVHCAAECHP

来源 Source

来源生物 organism	Chikungunya virus strain Senegal 37997
通用名 common_name	CHIKV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	371095
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	E3 envelope glycoprotein
分子量 formula_weight	6927.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,V,W,X

PVMCLLANTTFPCSQPPCTPCCYEKEPEETLRMLEDNVMRPGYYQLLQASLTCSPHRQRE

来源 Source

来源生物 organism	Chikungunya virus strain Senegal 37997
通用名 common_name	CHIKV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	371095
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	capsid protein
分子量 formula_weight	16229.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L

CIFEVKHEGKVMGYACLVGDKVMKPAHVKGTIDNADLAKLAFKRSSKYDLECAQIPVHMKSDASKFTHEKPEGYYNWHHGAVQYSGGRFTIPTGAGKPGDSGRPIFDNKGRVVAIVLGGANEGARTALSVVTWNKDIVTKITPEGAEEW

来源 Source

来源生物 organism	Chikungunya virus (strain 37997)
通用名 common_name	CHIKV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	371095
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	E1 envelope glycoprotein
分子量 formula_weight	4810.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

HTTLGVQDISTTAMSWVQKITGGVGLIVAVAALILIVVLCVSFSRH

来源 Source

来源生物 organism	Chikungunya virus strain Senegal 37997
通用名 common_name	CHIKV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	371095
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	E2 envelope glycoprotein
分子量 formula_weight	8817.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,R,S,T

STNGTAHGHPHEIILYYYELYPTMTVVIVSVASFVLLSMVGTAVGMCVCARRRCITPYELTPGATVPFLLSLLCCVRTTKA

来源 Source

来源生物 organism	Chikungunya virus strain Senegal 37997
通用名 common_name	CHIKV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	371095
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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分辨率 resolution	6.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	72944

Electron cryo-microscopy of "immature" Chikungunya VLP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E1 envelope glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

E3 envelope glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5vu2__assembly_1__model_1

5vu2__assembly_1__model_1 | I(q)

5vu2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Electron cryo-microscopy of "immature" Chikungunya VLP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E1 envelope glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

E3 envelope glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5vu2__assembly_1__model_1

5vu2__assembly_1__model_1 | I(q)

5vu2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)