SAXSdb — 5vxx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fimbrial protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 × 21 其他聚合物 21 PDB 声明：21-meric（21）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 8–165 链 B； UniProt 8–165 链 C； UniProt 8–165 链 D； UniProt 8–165 链 E； UniProt 8–165 链 F； UniProt 8–165 链 G； UniProt 8–165 链 H； UniProt 8–165 链 I； UniProt 8–165 链 J； UniProt 8–165 链 K； UniProt 8–165 链 L； UniProt 8–165 链 M； UniProt 8–165 链 N； UniProt 8–165 链 O； UniProt 8–165 链 P； UniProt 8–165 链 Q； UniProt 8–165 链 R； UniProt 8–165 链 S； UniProt 8–165 链 T； UniProt 8–165 链 U； UniProt 8–165	突变：P69S, S71T	alpha-D-galactopyranose-(1-3)-2,4-bisacetamido-2,4,6-trideoxy-beta-D-glucopyranose × 21 OPE PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER × 21	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4；PBS buffer cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5VXX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AY2 STRUCTURE OF THE FIBER-FORMING PROTEIN PILIN AT 2.6 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1997-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 8–165（158 aa）	未记录	PT PLATINUM (II) ION × 2 HTO HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 60% PEG400, 50 MM CHESS, PH 8.0, 1% BETA-OCTYL GLUCOSIDE, 0.6% 1,2,3-HEPTANETRIOL.	分辨率 2.60 Å
2HI2 Crystal structure of native Neisseria gonorrhoeae Type IV pilin at 2.3 Angstroms Resolution 提交 2006-06-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 8–165（158 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HTO HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 1 OPE PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；22% PEG 400 5% HEPTANE TRIOL 50 mM CHES, PH 8.0, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.282
2HIL Structure of the Neisseria gonorrhoeae Type IV pilus filament from x-ray crystallography and electron cryomicroscopy 提交 2006-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 8–165（158 aa）链 B 8–165（158 aa）链 C 8–165（158 aa）链 D 8–165（158 aa）链 E 8–165（158 aa）链 F 8–165（158 aa）链 G 8–165（158 aa）链 H 8–165（158 aa）链 I 8–165（158 aa）链 J 8–165（158 aa）链 K 8–165（158 aa）链 L 8–165（158 aa）链 M 8–165（158 aa）链 N 8–165（158 aa）链 O 8–165（158 aa）链 P 8–165（158 aa）链 Q 8–165（158 aa）链 R 8–165（158 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	OPE PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM CHES；pH 9.5；50 mM CHES cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；5 ul of sample were applied to grids for 1 minute, blotted for 2.5 seconds then plunge-frozen in liquid ethane using an FEI Vitrobot	分辨率 12.50 Å
2PIL Crystallographic Structure of Phosphorylated Pilin from Neisseria: Phosphoserine Sites Modify Type IV Pilus Surface Chemistry 提交 1998-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 8–165（158 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PT PLATINUM (II) ION × 1 HTO HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 60% PEG400, 50 MM CHESS, PH 8.0, 1% BETA-OCTYL GLUCOSIDE, 0.6% 1,2,3-HEPTANETRIOL.	分辨率 2.60 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FMM1_NEIGO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–158； UniProt 8–165 作者链 B； PDB构建体 1–158； UniProt 8–165 作者链 C； PDB构建体 1–158； UniProt 8–165 作者链 D； PDB构建体 1–158； UniProt 8–165 作者链 E； PDB构建体 1–158； UniProt 8–165 作者链 F； PDB构建体 1–158； UniProt 8–165 作者链 G； PDB构建体 1–158； UniProt 8–165 作者链 H； PDB构建体 1–158； UniProt 8–165 作者链 I； PDB构建体 1–158； UniProt 8–165 作者链 J； PDB构建体 1–158； UniProt 8–165 作者链 K； PDB构建体 1–158； UniProt 8–165 作者链 L； PDB构建体 1–158； UniProt 8–165 作者链 M； PDB构建体 1–158； UniProt 8–165 作者链 N； PDB构建体 1–158； UniProt 8–165 作者链 O； PDB构建体 1–158； UniProt 8–165 作者链 P； PDB构建体 1–158； UniProt 8–165 作者链 Q； PDB构建体 1–158； UniProt 8–165 作者链 R； PDB构建体 1–158； UniProt 8–165 作者链 S； PDB构建体 1–158； UniProt 8–165 作者链 T； PDB构建体 1–158； UniProt 8–165 作者链 U； PDB构建体 1–158； UniProt 8–165

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5vxx
沉积日期 deposition_date	2017-05-24
结构标题 title	Cryo-EM reconstruction of Neisseria gonorrhoeae Type IV pilus
关键词 keywords	Melted helix, type IV pili, PROTEIN FIBRIL; PROTEIN FIBRIL
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	64.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	67.22 Å
零角强度 I(0) i0	1933780000.00
分子量 molecular_weight	366950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	458920 Å³
包络体积 envelope_volume	585870 Å³
水化壳体积 shell_volume	84157 Å³
包络直径 envelope_diameter	286.7 Å
壳层 Rg shell_rg	52.38 Å
包络 Rg envelope_rg	69.52 Å
形状 Rg shape_rg	67.20 Å
总 Rg total_rg	66.94 Å
总原子数 total_atoms	25767
残基数 n_residues	3276
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	214.6 Å
Rg (实空间) rg_real	65.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.02 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9250e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1340e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	63.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1922000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6902
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.685
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.342
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0110
最高正则化参数 α highest_alpha	1255000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.387; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.583; Smooth: 0.222

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fimbrial protein
分子量 formula_weight	17196.5 kDa
突变 mutation	P69S, S71T
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	21

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U
原子数 atom_count	25767

FTLIELMIVIAIVGILAAVALPAYQDYTARAQVSEAILLAEGQKSAVTEYYLNHGKWPENNTSAGVASSPTDIKGKYVKEVEVKNGVVTATMLSSGVNNEIKGKKLSLWARRENGSVKWFCGQPVTRTDDDTVADAKDGKEIDTKHLPSTCRDNFDAK

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-galactopyranose-(1-3)-2,4-bisacetamido-2,4,6-trideoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	408.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	21

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER
分子量 formula_weight	141.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	21

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	5.100 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	5.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	9855

fit	/app/data/saxs_computation/vx/5vxx/5vxx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vx/5vxx/5vxx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vx/5vxx/5vxx.dat

Cryo-EM reconstruction of Neisseria gonorrhoeae Type IV pilus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fimbrial protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)