SAXSdb — 5wbv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase KMT5B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 2-chloro-5-(4-methyl-6-oxo-3-phenylpyrano[2,3-c]pyrazol-1(6H)-yl)benzoic acid × 1 UNKNOWN ATOM OR ION × 6 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 2-chloro-5-(4-methyl-6-oxo-3-phenylpyrano[2,3-c]pyrazol-1(6H)-yl)benzoic acid × 1 UNKNOWN ATOM OR ION × 6 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KMT5B_HUMAN
Isoform	Q4FZB7-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–273； UniProt 63–335 作者链 B； PDB构建体 1–273； UniProt 63–335

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5wbv
沉积日期 deposition_date	2017-06-29
结构标题 title	Crystal Structure of the SET Domain of Human SUV420H1 In Complex With Inhibitor
关键词 keywords	;SET domain, methyltransferase, protein-inhibitor complex, SGC, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, TRANSFERASE, TRANSFERASE-INHIBITOR complex ;; TRANSFERASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5wbv__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
2	1	`5wbv__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone-lysine N-methyltransferase KMT5B
分子量 formula_weight	31599.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.43
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3586

QSRYVPSSGMSAKELCENDDLATSLVLDPYLGFQTHKMNTSAFPSRSSRHFSKSDSFSHNNPVRFRPIKGRQEELKEVIERFKKDEHLEKAFKCLTSGEWARHYFLNKNKMQEKLFKEHVFIYLRMFATDSGFEILPCNRYSSEQNGAKIVATKEWKRNDKIELLVGCIAELSEIEENMLLRHGENDFSVMYSTRKNCAQLWLGPAAFINHDCRPNCKFVSTGRDTACVKALRDIEPGEEISCYYGDGFFGENNEFCECYTCERRGTGAFKSR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYLMETHIONINE
分子量 formula_weight	398.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-chloro-5-(4-methyl-6-oxo-3-phenylpyrano[2,3-c]pyrazol-1(6H)-yl)benzoic acid
分子量 formula_weight	380.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	31

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5wbvA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1700 — Histone-lysine N-methyltransferase

结构域编号 domain_id	5wbvA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SET domain

结构域编号 domain_id	5wbvB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1700 — Histone-lysine N-methyltransferase

结构域编号 domain_id	5wbvB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SET domain

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晶胞边长 a length_a	46.324 Å
晶胞边长 b length_b	50.559 Å
晶胞边长 c length_c	74.818 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	101.26 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.51 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.67 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	37.000 Å
R 因子 r_factor	0.2360
R_work r_work	0.2340
R_free r_free	0.2690

Crystal Structure of the SET Domain of Human SUV420H1 In Complex With Inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase KMT5B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of the SET Domain of Human SUV420H1 In Complex With Inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase KMT5B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)