8t9f

Catalytic and non-catalytic mechanisms of histone H4 lysine 20 methyltransferase SUV420H1

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 123.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8t9f
沉积日期 deposition_date	2023-06-23
结构标题 title	Catalytic and non-catalytic mechanisms of histone H4 lysine 20 methyltransferase SUV420H1
关键词 keywords	Chromatin, Histone H4 modification, Methyltransferase, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.23 Å
零角强度 I(0) i0	885302000.00
分子量 molecular_weight	191260.0 kDa
排除体积 excluded_volume	217710 Å³
包络体积 envelope_volume	328610 Å³
水化壳体积 shell_volume	69501 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.6 Å
壳层 Rg shell_rg	45.96 Å
包络 Rg envelope_rg	37.49 Å
形状 Rg shape_rg	38.11 Å
总 Rg total_rg	38.88 Å
总原子数 total_atoms	13132
残基数 n_residues	1275
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.5 Å
Rg (实空间) rg_real	40.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.8530e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4980e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	885500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9023
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	50.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.048
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.587
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	52670000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.939; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.938

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Histone-lysine N-methyltransferase KMT5B
分子量 formula_weight	44690.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.362,2.1.1.361
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K
原子数 atom_count	13132

MKWLGESKNMVVNGRRNGGKLSNDHQQNQSKLQHTGKDTLKAGKNAVERRSNRCNGNSGFEGQSRYVPSSGMSAKELCENDDLATSLVLDPYLGFQTHKMNTSAFPSRSSRHFSKSDSFSHNNPVRFRPIKGRQEELKEVIERFKKDEHLEKAFKCLTSGEWARHYFLNKNKMQEKLFKEHVFIYLRMFATDSGFEILPCNRYSSEQNGAKIVATKEWKRNDKIELLVGCIAELSEIEENMLLRHGENDFSVMYSTRKNCAQLWLGPAAFINHDCRPNCKFVSTGRDTACVKALRDIEPGEEISCYYGDGFFGENNEFCECYTCERRGTGAFKSRVGLPAPAPVINSKYGLRETDKRLNRLKKLGDSSKNSDSQSVSSNTDADTTQEKNNASK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 polymer

描述 description	DNA (122-MER)
分子量 formula_weight	44824.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

TCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGGATTCTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGAT

Entity 3 polymer

描述 description	DNA (122-MER)
分子量 formula_weight	45304.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGAGAATCCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGA

Entity 4 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11396.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRMVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 5 polymer

描述 description	Histone H3.2
分子量 formula_weight	15303.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E

ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 6 polymer

描述 description	Histone H2A.Z
分子量 formula_weight	13581.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,C

MAGGKAGKDSGKAKTKAVSRSQRAGLQFPVGRIHRHLKSRTTSHGRVGATAAVYSAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDSLIKATIAGGGVIPHIHKSLIGKKGQQKTV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 7 polymer

描述 description	Histone H2B 1.1
分子量 formula_weight	13655.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,D

MAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 8 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYLMETHIONINE
分子量 formula_weight	398.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	459864

fit	/app/data/saxs_computation/t9/8t9f/8t9f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t9/8t9f/8t9f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t9/8t9f/8t9f.dat

Catalytic and non-catalytic mechanisms of histone H4 lysine 20 methyltransferase SUV420H1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)