8siy

Origin Recognition Complex Associated (ORCA) protein bound to H4K20me3-nucleosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 127.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8siy
沉积日期 deposition_date	2023-04-17
结构标题 title	Origin Recognition Complex Associated (ORCA) protein bound to H4K20me3-nucleosome
关键词 keywords	chromatin binding, ORC binding, nucleosome, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.23 Å
零角强度 I(0) i0	1131810000.00
分子量 molecular_weight	216410.0 kDa
排除体积 excluded_volume	245600 Å³
包络体积 envelope_volume	361930 Å³
水化壳体积 shell_volume	72502 Å³
包络直径 envelope_diameter	127.6 Å
壳层 Rg shell_rg	47.89 Å
包络 Rg envelope_rg	39.46 Å
形状 Rg shape_rg	40.13 Å
总 Rg total_rg	40.77 Å
总原子数 total_atoms	14844
残基数 n_residues	1411
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	127.9 Å
Rg (实空间) rg_real	41.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1320e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6520e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1132000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6192
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	55.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.008
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.665
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	104500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.083; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Leucine-rich repeat and WD repeat-containing protein 1
分子量 formula_weight	71651.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	14844

SNAMAPLTPQLLLQRGRPKTDRLGKIQSLNLSGLELLSEHLDPNLLGRLKKLKELDLSNNLLETLPANLGLSHLRILRCTNNQLGDVTTLHQFPELEELSLEGNPFLTVSDNLKVSFLLPKLRKVNGKDTASTCSQVESLDRELTNRVTALWQKFIATVNPEEEANKVQADFMRSAVRDVRYGPESLFEFTQWRVRMIAEELVASGGAQAHEANASVEHPQAAVGSKLRARKVTKRPDDDEISLPPTKRVRASPPAQTEDSPMDAAGGQAALHLEPLHFLQCHSRNNSPKDLETQLWACAFEPAREEGHSGATSQTVATCGGEAVCVIDCQTGLVLHKYKVPGEEFFSVAWTALTVATQAGHKKRWNMLAAAGLRGMVRLLHVRAGFCCSVIRAHKKAIATLCFSPTHETHLFTASYDKRIILWDIGVPNHDYKFQASQLLTLNCSSVPLRLCPVATCPDSFLLAGCEGGCGCWDVRLDQPQKQRVCEVNFVFSGDSEVSGQRVDGLAFVNEDVVASKGSGQGTIYLWSWSQTWASRGSQSVLPVVILAQLQWSPTSLAYFSLSTCPDKNLVLCGDEEGSVWIYDVEHLLKQPPPLETTLQPPTQILKWPQPVALGQPVTKTMVNTVVANAAFTYLTALTDSNIVSIWKTC

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Histone H3.2
分子量 formula_weight	15303.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11323.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2A
分子量 formula_weight	13962.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,I

SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESAKSAKSK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	Histone H2B
分子量 formula_weight	13524.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,J

AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 polymer

描述 description	Widom 601 DNA
分子量 formula_weight	46998.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	K

ATCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGAT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 7 polymer

描述 description	Widom 601 DNA
分子量 formula_weight	47457.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	L

ATCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGGAT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 8 polymer

描述 description	Origin recognition complex subunit 2
分子量 formula_weight	11570.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SNAMSTLRLKEAKVPSVQFVGDDDVLSHILDREGGTKLKKEKVQLLVNPQKVIKKAECELEKSDLEVLEDQNYVEVLGRNIQESLGNGSAVDGRNKVYSFQHR

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	31420

fit	/app/data/saxs_computation/si/8siy/8siy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/si/8siy/8siy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/si/8siy/8siy.dat

Origin Recognition Complex Associated (ORCA) protein bound to H4K20me3-nucleosome

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)