SAXSdb — 1zbb

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zbb
沉积日期 deposition_date	2005-04-08
结构标题 title	Structure of the 4_601_167 Tetranucleosome
关键词 keywords	;TETRANUCLEOSOME, NUCLEOSOME, CHROMATIN, CHROMATIN FIBER, HISTONE, PROTEIN-DNA INTERACTION, NUCLEOPROTEIN, SUPERCOILED DNA, NUCLEOSOME CORE, PROTEIN-DNA COMPLEX, STRUCTURAL PROTEIN-DNA COMPLEX ;; STRUCTURAL PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	81.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	82.59 Å
零角强度 I(0) i0	4049590000.00
分子量 molecular_weight	394440.0 kDa
排除体积 excluded_volume	434240 Å³
包络体积 envelope_volume	783670 Å³
水化壳体积 shell_volume	84052 Å³
包络直径 envelope_diameter	257.5 Å
壳层 Rg shell_rg	68.11 Å
包络 Rg envelope_rg	78.75 Å
形状 Rg shape_rg	82.57 Å
总 Rg total_rg	82.51 Å
总原子数 total_atoms	26851
残基数 n_residues	2282
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	232.7 Å
Rg (实空间) rg_real	81.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0330e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.6740e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	77.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4006000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7485
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	49.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.384
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.002
角度范围 angular_range	— – 0.0950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0421
最高正则化参数 α highest_alpha	99830000.0000
实空间数据点数 n_real_points	20
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.664; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.733; Smooth: 0.001

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA STRAND 1 (ARBITRARY MODEL SEQUENCE)
分子量 formula_weight	107153.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I
原子数 atom_count	26851

ACTTACATGCACAGGATGTAACCTGCAGATACTACCAAAAGTGTATTTGGAAACTGCTCCATCAAAAGGCATGTTCAGCTGGATTCCAGCTGAACATGCCTTTTGATGGAGCAGTTTCCAAATACACTTTTGGTAGTATCTGCAGGTGATTCTCCAGGGCGGCCAGTACTTACATGCACAGGATGTAACCTGCAGATACTACCAAAAGTGTATTTGGAAACTGCTCCATCAAAAGGCATGTTCAGCTGGATTCCAGCTGAACATGCCTTTTGATGGAGCAGTTTCCAAATACACTTTTGGTAGTATCTGCAGGTGATTCTCCAGACTTACATGCGCATGTAAGTGCA

Entity 2 polymer

描述 description	DNA STRAND 2 (ARBITRARY MODEL SEQUENCE)
分子量 formula_weight	107144.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

TGCACTTACATGCGCATGTAAGTCTGGAGAATCACCTGCAGATACTACCAAAAGTGTATTTGGAAACTGCTCCATCAAAAGGCATGTTCAGCTGGAATCCAGCTGAACATGCCTTTTGATGGAGCAGTTTCCAAATACACTTTTGGTAGTATCTGCAGGTTACATCCTGTGCATGTAAGTACTGGCCGCCCTGGAGAATCACCTGCAGATACTACCAAAAGTGTATTTGGAAACTGCTCCATCAAAAGGCATGTTCAGCTGGAATCCAGCTGAACATGCCTTTTGATGGAGCAGTTTCCAAATACACTTTTGGTAGTATCTGCAGGTTACATCCTGTGCATGTAAGT

Entity 3 polymer

描述 description	HISTONE H3
分子量 formula_weight	15303.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,a,e

ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11263.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,b,f

SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	Histone H2A.1
分子量 formula_weight	13978.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,c,g

SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 polymer

描述 description	Histone H2B.1
分子量 formula_weight	13848.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,d,h

PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d1zbba1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d1zbbb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d1zbbd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d1zbbe1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d1zbbf1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	127.675 Å
晶胞边长 b length_b	168.445 Å
晶胞边长 c length_c	237.126 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	9.000 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.3860
R_work r_work	0.3860
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/zb/1zbb/1zbb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zb/1zbb/1zbb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zb/1zbb/1zbb.dat

Structure of the 4_601_167 Tetranucleosome

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)