5wcu

Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

Drosophila melanogaster

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H4 × 2 （P84040） Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） DNA (167-MER) × 1 DNA (167-MER) × 1 Histone H5 × 1 （P02259）	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H4 × 2 （P84040） Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） DNA (167-MER) × 1 DNA (167-MER) × 1 Histone H5 × 1 （P02259）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H3_DROME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–98； UniProt 39–136 作者链 E； PDB构建体 1–98； UniProt 39–136 作者链 K； PDB构建体 1–98； UniProt 39–136 作者链 O； PDB构建体 1–98； UniProt 39–136

Histone H4

Drosophila melanogaster

UniProt P84040

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3 × 2 （P02299） Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） DNA (167-MER) × 1 DNA (167-MER) × 1 Histone H5 × 1 （P02259）	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3 × 2 （P02299） Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） DNA (167-MER) × 1 DNA (167-MER) × 1 Histone H5 × 1 （P02259）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_DROME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–82； UniProt 22–103 作者链 F； PDB构建体 1–82； UniProt 22–103 作者链 L； PDB构建体 1–82； UniProt 22–103 作者链 P； PDB构建体 1–82； UniProt 22–103

Histone H2A

Drosophila melanogaster

UniProt P84051

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （P84040） Histone H2B × 2 （P02283） DNA (167-MER) × 1 DNA (167-MER) × 1 Histone H5 × 1 （P02259）	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （P84040） Histone H2B × 2 （P02283） DNA (167-MER) × 1 DNA (167-MER) × 1 Histone H5 × 1 （P02259）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A_DROME
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–104； UniProt 15–118 作者链 G； PDB构建体 1–104； UniProt 15–118 作者链 M； PDB构建体 1–104； UniProt 15–118 作者链 Q； PDB构建体 1–104； UniProt 15–118

Histone H2B

Drosophila melanogaster

UniProt P02283

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （P84040） Histone H2A × 2 （P84051） DNA (167-MER) × 1 DNA (167-MER) × 1 Histone H5 × 1 （P02259）	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （P84040） Histone H2A × 2 （P84051） DNA (167-MER) × 1 DNA (167-MER) × 1 Histone H5 × 1 （P02259）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B_DROME
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–94； UniProt 29–122 作者链 H； PDB构建体 1–94； UniProt 29–122 作者链 N； PDB构建体 1–94； UniProt 29–122 作者链 R； PDB构建体 1–94； UniProt 29–122

Histone H5

Gallus gallus

UniProt P02259

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （P84040） Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） DNA (167-MER) × 1 DNA (167-MER) × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （P84040） Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） DNA (167-MER) × 1 DNA (167-MER) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H5_CHICK
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–76； UniProt 23–98 作者链 V； PDB构建体 1–76； UniProt 23–98

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5wcu
沉积日期 deposition_date	2017-07-02
结构标题 title	Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5
关键词 keywords	;NUCLEOSOME CORE PARTICLE, HISTONE FOLD, CHROMOSOME, CHROMATIN, GLOBULAR DOMAIN, HISTONE H5, GH5, 167 BP NUCLEOSOME, CHROMATOSOME, NUCLEOSOME PACKING, 30 NM CHROMATIN FIBER, LINKER HISTONE H5, LINKER DNA, NUCLEOSOME BINDING PROTEIN, PROTEIN DNA COMPLEXES, DNA BINDING, CHROMATIN HIGHER ORDER STRUCTURE, CHROMATIN FOLDING, CHROMATIN BINDING PROTEIN-DNA complex ;; CHROMATIN BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5wcu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5wcu__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5wcu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.89 Å
Rg（电子密度）	40.45 Å
总 Rg	41.06 Å
原子数	13301
残基数	1158
排除体积	215400 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5wcu__assembly_1__model_1`	undecameric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5wcu__assembly_2__model_1`	undecameric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3
分子量 formula_weight	11488.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,K,O
原子数 atom_count	26619

PHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	9279.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,L,P

VLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A
分子量 formula_weight	11352.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,M,Q

KSRSNRAGLQFPVGRIHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVMEYLAAEVLELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLSGVTIAQGGVLPNIQAVLLPK

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B
分子量 formula_weight	10592.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,N,R

RKRKESYAIYIYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDIFERIAAEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSS

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (167-MER)
分子量 formula_weight	51318.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,S

ATCGGCCGCCATCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGATGCATGTAGAT

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (167-MER)
分子量 formula_weight	51790.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J,T

ATCTACATGCATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGATGGCGGCCGAT

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Histone H5
分子量 formula_weight	8199.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,V

SASHPTYSEMIAAAIRAEKSRGGSSRQSIQKYIKSHYKVGHNADLQIKLSIRRLLAAGVLKQTKGVGASGSFRLAK

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	Chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	65.926 Å
晶胞边长 b length_b	108.543 Å
晶胞边长 c length_c	180.770 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	100.79 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.08 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.94 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	5.530 Å
最低分辨率 resolution_low	48.620 Å
R 因子 r_factor	0.1950
R_work r_work	0.1890
R_free r_free	0.2380

Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5wcu__assembly_1__model_1

5wcu__assembly_1__model_1 | I(q)

5wcu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)