SAXSdb — 5wo2

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Periplasmic chaperone Spy

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 52–147 链 B； UniProt 52–147	片段：UNP residues 52-147	IMD IMIDAZOLE × 6 ZN ZINC ION × 16 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；PEG 3000, imidazole, zinc acetate	分辨率 1.77 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5WO2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5WNW Chaperone Spy bound to Im7 6-45 ensemble 提交 2017-08-01	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 52–147（96 aa）片段：UNP residues 52-147 链 B 52–147（96 aa）片段：UNP residues 52-147	未记录	IMD IMIDAZOLE × 3 ZN ZINC ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；PEG 3000, imidazole, zinc acetate	分辨率 1.79 Å R-free 0.238
5WO1 Chaperone Spy H96L bound to Im7 L18A L19A L37A (Im7 un-modeled) 提交 2017-08-01	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 52–147（96 aa）片段：UNP residues 52-147 链 B 52–147（96 aa）片段：UNP residues 52-147	未记录	IMD IMIDAZOLE × 5 ZN ZINC ION × 27 CL CHLORIDE ION × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；PEG 3000, imidazole, zinc acetate	分辨率 1.87 Å R-free 0.248
5WO3 Chaperone Spy bound to Im7 (Im7 un-modeled) 提交 2017-08-01	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 52–147（96 aa）片段：UNP residues 52-147 链 B 52–147（96 aa）片段：UNP residues 52-147	未记录	ZN ZINC ION × 12 CL CHLORIDE ION × 2 IMD IMIDAZOLE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；PEG 3000, imidazole, zinc acetate	分辨率 1.87 Å R-free 0.253
6BIE MISREADING CHAPERONE-SUBSTRATE COMPLEXES FROM RANDOM NOISE 提交 2017-11-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 52–147（96 aa）片段：UNP RESIDUES 52-147 链 B 52–147（96 aa）片段：UNP RESIDUES 52-147	未记录	ZN ZINC ION × 13 CL CHLORIDE ION × 7 IMD IMIDAZOLE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；273 K；PEG 3000, IMIDAZOLE, ZINC ACETATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K	分辨率 1.77 Å R-free 0.248
6BIE MISREADING CHAPERONE-SUBSTRATE COMPLEXES FROM RANDOM NOISE 提交 2017-11-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 52–147（96 aa）片段：UNP RESIDUES 52-147 链 B 52–147（96 aa）片段：UNP RESIDUES 52-147	未记录	ZN ZINC ION × 26 CL CHLORIDE ION × 14 IMD IMIDAZOLE × 6 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；273 K；PEG 3000, IMIDAZOLE, ZINC ACETATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K	分辨率 1.77 Å R-free 0.248
6OWX Spy H96L:Im7 L18pI-Phe complex; multiple anomalous datasets contained herein for element identification 提交 2019-05-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 52–147（96 aa）链 B 52–147（96 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 13 CL CHLORIDE ION × 2 IMD IMIDAZOLE × 5 IOD IODIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-34% PEG 3000, 70-270 mM zinc acetate, and 0.1 M imidazole, pH 8.0	分辨率 2.06 Å R-free 0.277
6OWY Spy H96L:Im7 K20pI-Phe complex; multiple anomalous datasets contained herein for element identification 提交 2019-05-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 52–147（96 aa）链 B 52–147（96 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 11 CL CHLORIDE ION × 2 IMD IMIDAZOLE × 3 IOD IODIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-34% PEG 3000, 70-270 mM zinc acetate, and 0.1 M imidazole, pH 8.0	分辨率 2.07 Å R-free 0.273
6OWZ Spy H96L:Im7 L19pI-Phe complex; multiple anomalous datasets contained herein for element identification 提交 2019-05-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 52–147（96 aa）链 B 52–147（96 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 11 CL CHLORIDE ION × 2 IMD IMIDAZOLE × 3 IOD IODIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-34% PEG 3000, 70-270 mM zinc acetate, and 0.1 M imidazole, pH 8.0	分辨率 2.05 Å R-free 0.255

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPY_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–97； UniProt 52–147 作者链 B； PDB构建体 2–97； UniProt 52–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5wo2
沉积日期 deposition_date	2017-08-01
结构标题 title	Chaperone Spy bound to Casein Fragment (Casein un-modeled)
关键词 keywords	Chaperone; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.90 Å
零角强度 I(0) i0	10214700.00
分子量 molecular_weight	21859.0 kDa
排除体积 excluded_volume	26332 Å³
包络体积 envelope_volume	34691 Å³
水化壳体积 shell_volume	14814 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.1 Å
壳层 Rg shell_rg	26.11 Å
包络 Rg envelope_rg	20.36 Å
形状 Rg shape_rg	20.96 Å
总 Rg total_rg	21.46 Å
总原子数 total_atoms	2851
残基数 n_residues	177
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.9 Å
Rg (实空间) rg_real	21.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0210e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3120e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10210000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8880
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.317
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.666
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1715000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.859; Smooth: 0.970

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Periplasmic chaperone Spy
分子量 formula_weight	11540.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3128

SFKDLNLTDAQKQQIREIMKGQRDQMKRPPLEERRAMHDIIASDTFDKVKAEAQIAKMEEQRKANMLAHMETQNKIYNILTPEQKKQFNANFEKRLT

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	120

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5wo2A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1490 —

结构域编号 domain_id	5wo2B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1490 —

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	42.960 Å
晶胞边长 b length_b	42.960 Å
晶胞边长 c length_c	258.169 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	91
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.769 Å
最低分辨率 resolution_low	35.762 Å
R 因子 r_factor	0.2165
R_work r_work	0.2146
R_free r_free	0.2520

fit	/app/data/saxs_computation/wo/5wo2/5wo2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wo/5wo2/5wo2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wo/5wo2/5wo2.dat

Chaperone Spy bound to Casein Fragment (Casein un-modeled)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Periplasmic chaperone Spy

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction