5x6v

Crystal structure of human heteroheptameric complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ragulator complex protein LAMTOR3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Ragulator complex protein LAMTOR2 × 1 （Q9Y2Q5） Ragulator complex protein LAMTOR5 × 1 （O43504） Ragulator complex protein LAMTOR4 × 1 （Q0VGL1） Ragulator complex protein LAMTOR1 × 1 （Q6IAA8） Ras-related GTP-binding protein A × 1 （Q7L523） Ras-related GTP-binding protein C × 1 （Q99K70） SODIUM ION × 1 ACETATE ION × 1 water × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LTOR3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–127； UniProt 2–124

Ragulator complex protein LAMTOR2

Homo sapiens

UniProt Q9Y2Q5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Ragulator complex protein LAMTOR3 × 1 （Q9UHA4） Ragulator complex protein LAMTOR5 × 1 （O43504） Ragulator complex protein LAMTOR4 × 1 （Q0VGL1） Ragulator complex protein LAMTOR1 × 1 （Q6IAA8） Ras-related GTP-binding protein A × 1 （Q7L523） Ras-related GTP-binding protein C × 1 （Q99K70） SODIUM ION × 1 ACETATE ION × 1 water × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LTOR2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125

Ragulator complex protein LAMTOR5

Homo sapiens

UniProt O43504

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Ragulator complex protein LAMTOR3 × 1 （Q9UHA4） Ragulator complex protein LAMTOR2 × 1 （Q9Y2Q5） Ragulator complex protein LAMTOR4 × 1 （Q0VGL1） Ragulator complex protein LAMTOR1 × 1 （Q6IAA8） Ras-related GTP-binding protein A × 1 （Q7L523） Ras-related GTP-binding protein C × 1 （Q99K70） SODIUM ION × 1 ACETATE ION × 1 water × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LTOR5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91

Ragulator complex protein LAMTOR4

Homo sapiens

UniProt Q0VGL1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Ragulator complex protein LAMTOR3 × 1 （Q9UHA4） Ragulator complex protein LAMTOR2 × 1 （Q9Y2Q5） Ragulator complex protein LAMTOR5 × 1 （O43504） Ragulator complex protein LAMTOR1 × 1 （Q6IAA8） Ras-related GTP-binding protein A × 1 （Q7L523） Ras-related GTP-binding protein C × 1 （Q99K70） SODIUM ION × 1 ACETATE ION × 1 water × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LTOR4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

Ragulator complex protein LAMTOR1

Homo sapiens

UniProt Q6IAA8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Ragulator complex protein LAMTOR3 × 1 （Q9UHA4） Ragulator complex protein LAMTOR2 × 1 （Q9Y2Q5） Ragulator complex protein LAMTOR5 × 1 （O43504） Ragulator complex protein LAMTOR4 × 1 （Q0VGL1） Ras-related GTP-binding protein A × 1 （Q7L523） Ras-related GTP-binding protein C × 1 （Q99K70） SODIUM ION × 1 ACETATE ION × 1 water × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LTOR1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 4–123； UniProt 42–161

Ras-related GTP-binding protein A

Homo sapiens

UniProt Q7L523

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Ragulator complex protein LAMTOR3 × 1 （Q9UHA4） Ragulator complex protein LAMTOR2 × 1 （Q9Y2Q5） Ragulator complex protein LAMTOR5 × 1 （O43504） Ragulator complex protein LAMTOR4 × 1 （Q0VGL1） Ragulator complex protein LAMTOR1 × 1 （Q6IAA8） Ras-related GTP-binding protein C × 1 （Q99K70） SODIUM ION × 1 ACETATE ION × 1 water × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RRAGA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 5–135； UniProt 183–313

Ras-related GTP-binding protein C

Mus musculus

UniProt Q99K70

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Ragulator complex protein LAMTOR3 × 1 （Q9UHA4） Ragulator complex protein LAMTOR2 × 1 （Q9Y2Q5） Ragulator complex protein LAMTOR5 × 1 （O43504） Ragulator complex protein LAMTOR4 × 1 （Q0VGL1） Ragulator complex protein LAMTOR1 × 1 （Q6IAA8） Ras-related GTP-binding protein A × 1 （Q7L523） SODIUM ION × 1 ACETATE ION × 1 water × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RRAGC_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 2–139； UniProt 238–375

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5x6v
沉积日期 deposition_date	2017-02-23
结构标题 title	Crystal structure of human heteroheptameric complex
关键词 keywords	Ragulator Rag GTPase complex, scaffold, roadblock, lysosome, mTOR signaling, cell growth, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5x6v__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5x6v__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5x6v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.77 Å
Rg（电子密度）	32.45 Å
总 Rg	32.90 Å
原子数	6050
残基数	780
排除体积	108450 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5x6v__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ragulator complex protein LAMTOR3
分子量 formula_weight	13868.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6417

MGSSADDLKRFLYKKLPSVEGLHAIVVSDRDGVPVIKVANDNAPEHALRPGFLSTFALATDQGSKLGLSKNKSIICYYNTYQVVQFNRLPLVVSFIASSSANTGLIVSLEKELAPLFEELRQVVEVS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ragulator complex protein LAMTOR2
分子量 formula_weight	13517.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MLRPKALTQVLSQANTGGVQSTLLLNNEGSLLAYSGYGDTDARVTAAIASNIWAAYDRNGNQAFNEDNLKFILMDCMEGRVAITRVANLLLCMYAKETVGFGMLKAKAQALVQYLEEPLTQVAAS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ragulator complex protein LAMTOR5
分子量 formula_weight	9622.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MEATLEQHLEDTMKNPSIVGVLCTDSQGLNLGCRGTLSDEHAGVISVLAQQAAKLTSDPTDIPVVCLESDNGNIMIQKHDGITVAVHKMAS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Ragulator complex protein LAMTOR4
分子量 formula_weight	10753.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MTSALTQGLERIPDQLGYLVLSEGAVLASSGDLENDEQAASAISELVSTACGFRLHRGMNVPFKRLSVVFGEHTLLVTVSGQRVFVVKRQNRGREPIDV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Ragulator complex protein LAMTOR1
分子量 formula_weight	13405.1 kDa
突变 mutation	S98E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

GAASLPSARTDEQALLSSILAKTASNIIDVSAADSQGMEQHEYMDRARQYSTRLAVLSSDLTHWKKLPPLPSLTSQPHQVLASEPIPFSDLQQVSRIAAYAYSALSQIRVDAKEELVVQFGIP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Ras-related GTP-binding protein A
分子量 formula_weight	15661.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MADLNVQQLEMNLRNFAQIIEADEVLLFERATFLVISHYQCKEQRDVHRFEKISNIIKQFKLSCSKLAASFQSMEVRNSNFAAFIDIFTSNTYVMVVMSDPSIPSAATLINIRNARKHFEKLERVDGPKHSLLMR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Ras-related GTP-binding protein C
分子量 formula_weight	15764.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MQLPTLENLLNIFISNSGIEKAFLFDVVSKIYIATDSSPVDMQSYELCCDMIDVVIDVSCIYGLKEDGSGSAYDKESMAIIKLNNTTVLYLKEVTKFLALVCILREESFERKGLIDYNFHCFRKAIHEVFEVGVTSHRS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	348

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5x6va_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.7 — Roadblock/LC7 domain
家族 Family family	d.110.7.1 — Roadblock/LC7 domain

结构域编号 domain_id	d5x6vb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.7 — Roadblock/LC7 domain
家族 Family family	d.110.7.1 — Roadblock/LC7 domain

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	5x6vA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Dynein light chain 2a, cytoplasmic

结构域编号 domain_id	5x6vB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Dynein light chain 2a, cytoplasmic

结构域编号 domain_id	5x6vC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Dynein light chain 2a, cytoplasmic

结构域编号 domain_id	5x6vF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 —

结构域编号 domain_id	5x6vG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 —

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晶胞边长 a length_a	74.099 Å
晶胞边长 b length_b	93.476 Å
晶胞边长 c length_c	125.452 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.020 Å
最低分辨率 resolution_low	20.360 Å
R 因子 r_factor	0.1950
R_work r_work	0.1930
R_free r_free	0.2430

Crystal structure of human heteroheptameric complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ragulator complex protein LAMTOR3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ragulator complex protein LAMTOR2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ragulator complex protein LAMTOR5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ragulator complex protein LAMTOR4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ragulator complex protein LAMTOR1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ras-related GTP-binding protein A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ras-related GTP-binding protein C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5x6v__assembly_1__model_1

5x6v__assembly_1__model_1 | I(q)

5x6v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer