5xfu

Domain swapped dimer crystal structure of loop1 deletion mutant in Single-chain Monellin

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Monellin chain B,Monellin chain A

Dioscoreophyllum cumminsii

UniProt P02881

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 2 无其他共同聚合物 与蛋白数一致
2 信息不足 同源多聚体 蛋白 2 无其他共同聚合物 与蛋白数一致
3 信息不足 同源多聚体 蛋白 2 无其他共同聚合物 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MONA_DIOCU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 47–91; UniProt 1–45 作者链 B; PDB构建体 47–91; UniProt 1–45 作者链 C; PDB构建体 47–91; UniProt 1–45 作者链 D; PDB构建体 47–91; UniProt 1–45 作者链 E; PDB构建体 47–91; UniProt 1–45

Monellin chain B,Monellin chain A

Dioscoreophyllum cumminsii

UniProt P02882

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 2 无其他共同聚合物 与蛋白数一致
2 信息不足 同源多聚体 蛋白 2 无其他共同聚合物 与蛋白数一致
3 信息不足 同源多聚体 蛋白 2 无其他共同聚合物 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MONB_DIOCU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–46; UniProt 1–45 作者链 B; PDB构建体 2–46; UniProt 1–45 作者链 C; PDB构建体 2–46; UniProt 1–45 作者链 D; PDB构建体 2–46; UniProt 1–45 作者链 E; PDB构建体 2–46; UniProt 1–45

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5xfu
沉积日期 deposition_date2017-04-11
结构标题 titleDomain swapped dimer crystal structure of loop1 deletion mutant in Single-chain Monellin
关键词 keywordsdomain swapped dimer, Single-chain Monellin, hinge loop composition, loop deletion, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5xfu__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5xfu__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

5xfu__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)25.66 Å
Rg(电子密度)25.56 Å
总 Rg26.05 Å
原子数1484
残基数180
排除体积26663 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5xfu__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 5xfu__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 5xfu__assembly_3__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id5xfuA01
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2000
结构域编号 domain_id5xfuA02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology50 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily130
结构域编号 domain_id5xfuB01
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2000
结构域编号 domain_id5xfuB02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology50 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily130
结构域编号 domain_id5xfuC01
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2000
结构域编号 domain_id5xfuC02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology50 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily130
结构域编号 domain_id5xfuD01
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2000
结构域编号 domain_id5xfuD02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology50 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily130
结构域编号 domain_id5xfuE01
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2000
结构域编号 domain_id5xfuE02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology50 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily130

7. 引用文献 (1)