5xjl

Crystal Structure of the Gemin2-binding domain of SMN, Gemin2 in Complex with SmD1/D2/F/E/G from Human

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gem-associated protein 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 × 1 （P62314） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 × 1 （P62316） Small nuclear ribonucleoprotein E × 1 （P62304） Small nuclear ribonucleoprotein F × 1 （P62306） Small nuclear ribonucleoprotein G × 1 （P62308） Survival motor neuron protein × 1 （Q16637） water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GEMI2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 2； PDB构建体 1–280； UniProt 1–280

Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

Homo sapiens

UniProt P62314

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Gem-associated protein 2 × 1 （O14893） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 × 1 （P62316） Small nuclear ribonucleoprotein E × 1 （P62304） Small nuclear ribonucleoprotein F × 1 （P62306） Small nuclear ribonucleoprotein G × 1 （P62308） Survival motor neuron protein × 1 （Q16637） water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SMD1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–119； UniProt 1–119

Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

Homo sapiens

UniProt P62316

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Gem-associated protein 2 × 1 （O14893） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 × 1 （P62314） Small nuclear ribonucleoprotein E × 1 （P62304） Small nuclear ribonucleoprotein F × 1 （P62306） Small nuclear ribonucleoprotein G × 1 （P62308） Survival motor neuron protein × 1 （Q16637） water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SMD2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118

Small nuclear ribonucleoprotein E

Homo sapiens

UniProt P62304

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Gem-associated protein 2 × 1 （O14893） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 × 1 （P62314） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 × 1 （P62316） Small nuclear ribonucleoprotein F × 1 （P62306） Small nuclear ribonucleoprotein G × 1 （P62308） Survival motor neuron protein × 1 （Q16637） water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RUXE_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–92； UniProt 1–92

Small nuclear ribonucleoprotein F

Homo sapiens

UniProt P62306

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Gem-associated protein 2 × 1 （O14893） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 × 1 （P62314） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 × 1 （P62316） Small nuclear ribonucleoprotein E × 1 （P62304） Small nuclear ribonucleoprotein G × 1 （P62308） Survival motor neuron protein × 1 （Q16637） water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RUXF_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86

Small nuclear ribonucleoprotein G

Homo sapiens

UniProt P62308

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Gem-associated protein 2 × 1 （O14893） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 × 1 （P62314） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 × 1 （P62316） Small nuclear ribonucleoprotein E × 1 （P62304） Small nuclear ribonucleoprotein F × 1 （P62306） Survival motor neuron protein × 1 （Q16637） water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RUXG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

Survival motor neuron protein

Homo sapiens

UniProt Q16637

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Gem-associated protein 2 × 1 （O14893） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 × 1 （P62314） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 × 1 （P62316） Small nuclear ribonucleoprotein E × 1 （P62304） Small nuclear ribonucleoprotein F × 1 （P62306） Small nuclear ribonucleoprotein G × 1 （P62308） water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SMN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–37； UniProt 26–62

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5xjl
沉积日期 deposition_date	2017-05-02
结构标题 title	Crystal Structure of the Gemin2-binding domain of SMN, Gemin2 in Complex with SmD1/D2/F/E/G from Human
关键词 keywords	splicing; SPLICING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5xjl__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5xjl__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5xjl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.04 Å
Rg（电子密度）	28.44 Å
总 Rg	29.05 Å
原子数	4795
残基数	601
排除体积	86278 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5xjl__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Gem-associated protein 2
分子量 formula_weight	31620.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2
原子数 atom_count	4826

MRRAELAGLKTMAWVPAESAVEELMPRLLPVEPCDLTEGFDPSVPPRTPQEYLRRVQIEAAQCPDVVVAQIDPKKLKRKQSVNISLSGCQPAPEGYSPTLQWQQQQVAQFSTVRQNVNKHRSHWKSQQLDSNVTMPKSEDEEGWKKFCLGEKLCADGAVGPATNESPGIDYVQIGFPPLLSIVSRMNQATVTSVLEYLSNWFGERDFTPELGRWLYALLACLEKPLLPEAHSLIRQLARRCSEVRLLVDSKDDERVPALNLLICLVSRYFDQRDLADEPS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
分子量 formula_weight	13310.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MKLVRFLMKLSHETVTIELKNGTQVHGTITGVDVSMNTHLKAVKMTLKNREPVQLETLSIRGNNIRYFILPDSLPLDTLLVDVEPKVKSKKREAVAGRGRGRGRGRGRGRGRGRGGPRR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
分子量 formula_weight	13551.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSLLNKPKSEMTPEELQKREEEEFNTGPLSVLTQSVKNNTQVLINCRNNKKLLGRVKAFDRHCNMVLENVKEMWTEVPKSGKGKKKSKPVNKDRYISKMFLRGDSVIVVLRNPLIAGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Small nuclear ribonucleoprotein E
分子量 formula_weight	10817.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MAYRGQGQKVQKVMVQPINLIFRYLQNRSRIQVWLYEQVNMRIEGCIIGFDEYMNLVLDDAEEIHSKTKSRKQLGRIMLKGDNITLLQSVSN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Small nuclear ribonucleoprotein F
分子量 formula_weight	9734.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MSLPLNPKPFLNGLTGKPVMVKLKWGMEYKGYLVSVDGYMNMQLANTEEYIDGALSGHLGEVLIRCNNVLYIRGVEEEEEDGEMRE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Small nuclear ribonucleoprotein G
分子量 formula_weight	8508.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MSKAHPPELKKFMDKKLSLKLNGGRHVQGILRGFDPFMNLVIDECVEMATSGQQNNIGMVVIRGNSIIMLEALERV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Survival motor neuron protein
分子量 formula_weight	4047.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

GQSDDSDIWDDTALIKAYDKAVASFKHALKNGDICET

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	31

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d5xjla_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d5xjlb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d5xjle_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5xjlf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5xjlg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	5xjlA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	5xjlB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	5xjlE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	5xjlF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	5xjlG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

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晶胞边长 a length_a	82.830 Å
晶胞边长 b length_b	84.600 Å
晶胞边长 c length_c	104.660 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	59.190 Å
R 因子 r_factor	0.2238
R_work r_work	0.2198
R_free r_free	0.2957

Crystal Structure of the Gemin2-binding domain of SMN, Gemin2 in Complex with SmD1/D2/F/E/G from Human

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gem-associated protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small nuclear ribonucleoprotein E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small nuclear ribonucleoprotein F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small nuclear ribonucleoprotein G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Survival motor neuron protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5xjl__assembly_1__model_1

5xjl__assembly_1__model_1 | I(q)

5xjl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer