SAXSdb — 5xma

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Repair DNA polymerase X

African swine fever virus (strain Badajoz 1971 Vero-adapted)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	DNA (36-MER) × 1 ;DNA/RNA (5'-D(APCPGPAPGPAPGPAPGPAPT)-R(PG)-D(PGPGPTPGPCPGPTPTPAPCP*A)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOLX_ASFB7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–177； UniProt 1–174 作者链 B； PDB构建体 4–177； UniProt 1–174

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5xma
沉积日期 deposition_date	2017-05-13
结构标题 title	Crystal structure of AsfvPolX in complex with DNA enzyme at P43212 space group
关键词 keywords	PolX, DNA enzyme, complex, TRANSFERASE-DNA complex; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5xma__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5xma__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5xma__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.24 Å
Rg（电子密度）	30.70 Å
总 Rg	31.27 Å
原子数	4026
残基数	407
排除体积	69323 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5xma__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Repair DNA polymerase X
分子量 formula_weight	20552.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4032

GGSMLTLIQGKKIVNHLRSRLAFEYNGQLIKILSKNIVAVGSLRREEKMLNDVDLLIIVPEKKLLKHVLPNIRIKGLSFSVKVCGERKCVLFIEWEKKTYQLDLFTALAEEKPYAIFHFTGPVSYLIRIRAALKKKNYKLNQYGLFKNQTLVPLKITTEKELIKELGFTYRIPKKRL

来源 Source

来源生物 organism	African swine fever virus (strain Badajoz 1971 Vero-adapted)
通用名 common_name	Ba71V
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10498
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA (36-MER)
分子量 formula_weight	10989.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

TGTAACGCACTGCCAGCGGCTCGAAATCTCTCTCGT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA/RNA (5'-D(APCPGPAPGPAPGPAPGPAPT)-R(PG)-D(PGPGPTPGPCPGPTPTPAPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	7210.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	F

ACGAGAGAGATGGGTGCGTTACA

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5xmaA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Beta Polymerase, domain 2

结构域编号 domain_id	5xmaA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	210 — Beta Polymerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA polymerase, thumb domain

结构域编号 domain_id	5xmaB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Beta Polymerase, domain 2

结构域编号 domain_id	5xmaB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	210 — Beta Polymerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA polymerase, thumb domain

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晶胞边长 a length_a	78.846 Å
晶胞边长 b length_b	78.846 Å
晶胞边长 c length_c	241.677 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.800 Å
最低分辨率 resolution_low	29.353 Å
R 因子 r_factor	0.2596
R_work r_work	0.2584
R_free r_free	0.2854

Crystal structure of AsfvPolX in complex with DNA enzyme at P43212 space group

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Repair DNA polymerase X

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5xma__assembly_1__model_1

5xma__assembly_1__model_1 | I(q)

5xma__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of AsfvPolX in complex with DNA enzyme at P43212 space group

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Repair DNA polymerase X

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5xma__assembly_1__model_1

5xma__assembly_1__model_1 | I(q)

5xma__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)