5xpi

Structure of UHRF1 TTD in complex with NV01

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 68.4 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 127–283	片段：UNP residues 127-283	8C3 N-[3-(diethylamino)propyl]-2-(12-methyl-9-oxidanylidene-5-thia-1,10,11-triazatricyclo[6.4.0.0^2,6]dodeca-2(6),3,7,11-tetraen-10-yl)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；293 K；2.7 M Na formate and 0.1 M Na acetate pH 5.2	分辨率 2.20 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5XPI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2FAZ Ubiquitin-Like Domain of Human Nuclear Zinc Finger Protein NP95 提交 2005-12-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–76（76 aa）片段：UBIQUITIN-LIKE DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Well Solution: 20.0% P3350, 0.2 M tri-Li Citrate; Protein Buffer: 20 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 5 mM beta- mercaptoethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
2FAZ Ubiquitin-Like Domain of Human Nuclear Zinc Finger Protein NP95 提交 2005-12-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–76（76 aa）片段：UBIQUITIN-LIKE DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Well Solution: 20.0% P3350, 0.2 M tri-Li Citrate; Protein Buffer: 20 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 5 mM beta- mercaptoethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
2L3R NMR structure of UHRF1 Tandem Tudor Domains in a complex with Histone H3 peptide 提交 2010-09-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 126–285（160 aa）片段：unp residues 126-285	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1 NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 15N] protein, 0.6 mM [U-100% 13C] protein, 3 mM protein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2LGG Structure of PHD domain of UHRF1 in complex with H3 peptide 提交 2011-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 298–366（69 aa）片段：UNP RESIDUES 298-366	未记录	ZN ZINC ION × 3	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2LGK NMR Structure of UHRF1 PHD domains in a complex with histone H3 peptide 提交 2011-07-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 298–366（69 aa）片段：UNP RESIDUES 298-366	未记录	ZN ZINC ION × 3	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；293.13 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 ambient NMR样品组成 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 1.8 mM entity_2-2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2LGL NMR structure of the UHRF1 PHD domain 提交 2011-07-28	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 298–366（69 aa）片段：PHD domain (UNP RESIDUES 298-366)	未记录	ZN ZINC ION × 3	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；293.15 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient NMR样品组成 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 137 mM sodium chloride-2, 10 mM potassium phosphate-3, 3 mM DTT-4, 2.7 mM potassium chloride-5, 0.1 mM sodium azide-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2PB7 Crystal Structure of the SRA domain of the human UHRF1 protein 提交 2007-03-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 408–643（236 aa）片段：SRA domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；14-19% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.227
3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–367（234 aa）片段：tandem Tudor domain, PHD finger (residues 134-366)	突变：residues 167-175 was deleted.	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.286
3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 134–367（234 aa）片段：tandem Tudor domain, PHD finger (residues 134-366)	突变：residues 167-175 was deleted.	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.286
3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 134–367（234 aa）片段：tandem Tudor domain, PHD finger (residues 134-366)	突变：residues 167-175 was deleted.	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.286
3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 134–367（234 aa）片段：tandem Tudor domain, PHD finger (residues 134-366)	突变：residues 167-175 was deleted.	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.286
3ASL Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 298–367（70 aa）片段：PHD finger domain	未记录	ZN ZINC ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10mM sodium citrate, 42% PEGMME2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.41 Å R-free 0.196
3BI7 Crystal structure of the SRA domain of E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 提交 2007-11-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 414–617（204 aa）片段：SRA Domain: Residues 414-617	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 UNL UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；1:1 ratio of protein (34 mg/ml) solution and well solution consisting of 1.4 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 0.2 M NaCl, 1 mM TCEP. Crystals cryoprotected by immersion in the well solution mixed in 1:1 ratio with a water solution containing 20% (w/v) Sucrose, 4% (w/v) Glucose, 18% (v/v) Glycerol and 18% (v/v) Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.197
3CLZ The set and ring associated (SRA) domain of UHRF1 bound to methylated DNA 提交 2008-03-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 414–617（204 aa）片段：SRA DOMAIN (UNP residues 414-617)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；12 % PEG 1500, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M NACL, 0.001 M TCEP, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.231
3CLZ The set and ring associated (SRA) domain of UHRF1 bound to methylated DNA 提交 2008-03-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 414–617（204 aa）片段：SRA DOMAIN (UNP residues 414-617)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；12 % PEG 1500, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M NACL, 0.001 M TCEP, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.231
3CLZ The set and ring associated (SRA) domain of UHRF1 bound to methylated DNA 提交 2008-03-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 414–617（204 aa）片段：SRA DOMAIN (UNP residues 414-617)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；12 % PEG 1500, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M NACL, 0.001 M TCEP, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.231
3CLZ The set and ring associated (SRA) domain of UHRF1 bound to methylated DNA 提交 2008-03-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 414–617（204 aa）片段：SRA DOMAIN (UNP residues 414-617)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；12 % PEG 1500, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M NACL, 0.001 M TCEP, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.231
3DB3 Crystal structure of the tandem tudor domains of the E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 in complex with trimethylated histone H3-K9 peptide 提交 2008-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 126–285（160 aa）片段：Tandem Tudor Domains (UNP residues 126-285)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；3 M SODIUM FORMATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.282
3DB4 Crystal structure of the tandem tudor domains of the E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 提交 2008-05-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 126–285（160 aa）片段：Tandem Tudor Domains (UNP residues 126-285)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；10 % PEG 8000, 0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.001 M TCEP, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.285
3DWH Structural and Functional Analysis of SRA domain 提交 2008-07-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 414–617（204 aa）片段：SRA domain, YDG Domain, residues 414-617	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；100mM Tris-Hcl 1.2M ammonium Sulfate 0.2M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.253
3FL2 Crystal structure of the ring domain of the E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 提交 2008-12-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 672–793（122 aa）片段：ring domain (UNP residues 672-793)	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；27% PEG MME 2000, 0.1 M TRIS-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.250
3SHB Crystal Structure of PHD Domain of UHRF1 提交 2011-06-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 298–366（69 aa）片段：PHD domain (UNP RESIDUES 298-366)	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1M TRIS hydrochloride (pH8.5), 30% w/v Polyethylene glycerol 4000, 0.2M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.228
3SOU Structure of UHRF1 PHD finger in complex with histone H3 1-9 peptide 提交 2011-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 298–367（70 aa）片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.243
3SOU Structure of UHRF1 PHD finger in complex with histone H3 1-9 peptide 提交 2011-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 298–367（70 aa）片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.243
3SOU Structure of UHRF1 PHD finger in complex with histone H3 1-9 peptide 提交 2011-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 298–367（70 aa）片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367) 链 B 298–367（70 aa）片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.243
3SOW Structure of UHRF1 PHD finger in complex with histone H3K4me3 1-9 peptide 提交 2011-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 298–367（70 aa）片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.95 Å R-free 0.247
3SOW Structure of UHRF1 PHD finger in complex with histone H3K4me3 1-9 peptide 提交 2011-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 298–367（70 aa）片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.95 Å R-free 0.247
3SOW Structure of UHRF1 PHD finger in complex with histone H3K4me3 1-9 peptide 提交 2011-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 298–367（70 aa）片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367) 链 B 298–367（70 aa）片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.95 Å R-free 0.247
3SOX Structure of UHRF1 PHD finger in the free form 提交 2011-06-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 298–367（70 aa）片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.65 Å R-free 0.294
3SOX Structure of UHRF1 PHD finger in the free form 提交 2011-06-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 298–367（70 aa）片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.65 Å R-free 0.294
3SOX Structure of UHRF1 PHD finger in the free form 提交 2011-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 298–367（70 aa）片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.65 Å R-free 0.294
3SOX Structure of UHRF1 PHD finger in the free form 提交 2011-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 298–367（70 aa）片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.65 Å R-free 0.294
3T6R Structure of UHRF1 in complex with unmodified H3 N-terminal tail 提交 2011-07-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 299–364（66 aa）片段：UNP residues 299-364	未记录	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, 25% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.229
3T6R Structure of UHRF1 in complex with unmodified H3 N-terminal tail 提交 2011-07-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 299–364（66 aa）片段：UNP residues 299-364	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, 25% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.229
3ZVY PHD finger of human UHRF1 in complex with unmodified histone H3 N- terminal tail 提交 2011-07-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 296–367（72 aa）片段：PHD FINGER, RESIDUES 296-367	未记录	ZN ZINC ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；290 K；CRYSTALS WERE OBTAINED AT 17 DEGREES USING THE VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING A PROTEIN SOLUTION AT A CONCENTRATION OF 606 MICROM (IN 20 MM TRIS PH 7, 150 MM NACL, 0.5 MM TCEP, 25 MICROM ZNCL2 AND 0.1 MM PMSF) AND 10-FOLD EXCESS OF PEPTIDE WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION (0.1 M TRIS PH 8.5, 0.2 M MGCL2, 30 % PEG 4000). CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED WITH 15 % MPD AND FLASH FROZEN IN LIQUID NITROGEN.	分辨率 1.95 Å R-free 0.227
3ZVY PHD finger of human UHRF1 in complex with unmodified histone H3 N- terminal tail 提交 2011-07-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 296–367（72 aa）片段：PHD FINGER, RESIDUES 296-367	未记录	ZN ZINC ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；290 K；CRYSTALS WERE OBTAINED AT 17 DEGREES USING THE VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING A PROTEIN SOLUTION AT A CONCENTRATION OF 606 MICROM (IN 20 MM TRIS PH 7, 150 MM NACL, 0.5 MM TCEP, 25 MICROM ZNCL2 AND 0.1 MM PMSF) AND 10-FOLD EXCESS OF PEPTIDE WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION (0.1 M TRIS PH 8.5, 0.2 M MGCL2, 30 % PEG 4000). CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED WITH 15 % MPD AND FLASH FROZEN IN LIQUID NITROGEN.	分辨率 1.95 Å R-free 0.227
3ZVZ PHD finger of human UHRF1 提交 2011-07-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 314–367（54 aa）片段：PHD FINGER, RESIDUES 314-367	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.45 Å R-free 0.197
4GY5 Crystal structure of the tandem tudor domain and plant homeodomain of UHRF1 with Histone H3K9me3 提交 2012-09-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–366（233 aa）片段：Tudor PHD domain, UNP residues 134-366	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；20% PEG 3350, 200mM Ammonium Tartrate, 100mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.96 Å R-free 0.288
4GY5 Crystal structure of the tandem tudor domain and plant homeodomain of UHRF1 with Histone H3K9me3 提交 2012-09-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 134–366（233 aa）片段：Tudor PHD domain, UNP residues 134-366	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；20% PEG 3350, 200mM Ammonium Tartrate, 100mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.96 Å R-free 0.288
4GY5 Crystal structure of the tandem tudor domain and plant homeodomain of UHRF1 with Histone H3K9me3 提交 2012-09-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 134–366（233 aa）片段：Tudor PHD domain, UNP residues 134-366	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；20% PEG 3350, 200mM Ammonium Tartrate, 100mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.96 Å R-free 0.288
4GY5 Crystal structure of the tandem tudor domain and plant homeodomain of UHRF1 with Histone H3K9me3 提交 2012-09-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 134–366（233 aa）片段：Tudor PHD domain, UNP residues 134-366	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；20% PEG 3350, 200mM Ammonium Tartrate, 100mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.96 Å R-free 0.288
4QQD Crystal Structure of tandem tudor domains of UHRF1 in complex with a small organic molecule 提交 2014-06-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 126–285（160 aa）片段：unp residues 126-285	未记录	36X 4-methyl-2,3,4,5,6,7-hexahydrodicyclopenta[b,e]pyridin-8(1H)-imine × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；20% PEG-3350, 0.2 M magnesium nitrate, vapor diffusion, sitting drop	分辨率 2.28 Å R-free 0.250
4QQD Crystal Structure of tandem tudor domains of UHRF1 in complex with a small organic molecule 提交 2014-06-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 126–285（160 aa）片段：unp residues 126-285	未记录	36X 4-methyl-2,3,4,5,6,7-hexahydrodicyclopenta[b,e]pyridin-8(1H)-imine × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；20% PEG-3350, 0.2 M magnesium nitrate, vapor diffusion, sitting drop	分辨率 2.28 Å R-free 0.250
5C6D Crystal structure of USP7 in complex with UHRF1 提交 2015-06-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 634–665（32 aa）片段：UNP residues 634-665	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；100 mM CHES (pH 9.0), 20% PEG8000	分辨率 2.29 Å R-free 0.234
5C6D Crystal structure of USP7 in complex with UHRF1 提交 2015-06-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 634–665（32 aa）片段：UNP residues 634-665	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；100 mM CHES (pH 9.0), 20% PEG8000	分辨率 2.29 Å R-free 0.234
5IAY NMR structure of UHRF1 Tandem Tudor Domains in a complex with Spacer peptide 提交 2016-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–285（152 aa）片段：UNP residues 134-285	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；297.15 K NMR样品组成 1.0 mM [U-13C; U-15N] TTD, 1.2 mM Spacer, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0 mM [U-15N] Spacer, TTD, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5YY9 Crystal structure of Tandem Tudor Domain of human UHRF1 in complex with LIG1-K126me3 提交 2017-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 123–285（163 aa）片段：Tandem Tudor Domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；00 mM Tris-HCl (pH 7.0), 200 mM tri-potassium phosphate and 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.65 Å R-free 0.288
5YY9 Crystal structure of Tandem Tudor Domain of human UHRF1 in complex with LIG1-K126me3 提交 2017-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 123–285（163 aa）片段：Tandem Tudor Domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；00 mM Tris-HCl (pH 7.0), 200 mM tri-potassium phosphate and 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.65 Å R-free 0.288
5YYA Crystal structure of Tandem Tudor Domain of human UHRF1 提交 2017-12-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–285（163 aa）片段：Tandem Tudor Domain	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M Bis-Tris (pH 6.5), 200 mM ammonium acetate, 25% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350	分辨率 1.70 Å R-free 0.205
6B9M Crystal structure of UHRF1 TTD domain in complex with the polybasic region 提交 2017-10-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 638–678（41 aa）片段：unp residues 638-678	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M Succinic acid pH7.0, 15% (v/v) Polyethylene glycol 3350	分辨率 1.68 Å R-free 0.207
6IIW Crystal structure of human UHRF1 PHD finger in complex with PAF15 提交 2018-10-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 299–366（68 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES (pH 7.5), 70% (v/v) MPD	分辨率 1.70 Å R-free 0.189
6VCS SRA domain of UHRF1 in complex with DNA 提交 2019-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 427–630（204 aa）链 B 427–630（204 aa）链 E 427–630（204 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 66	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1M sodium malonate, 12% PEG3350	分辨率 1.70 Å R-free 0.258
6VED Solution structure of the TTD and linker region of UHRF1 提交 2019-12-31	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 146–313（168 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1 NMR样品组成 250 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] TTD-linker, 150 mM sodium chloride, 25 mM sodium phosphate, 5 mM DTT, 2 mM beta-mercaptoethanol, 2 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6VYJ Human UHRF1 TTD domain in complex with a fragment 提交 2020-02-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 122–283（162 aa）	未记录	RVV 2,4-dimethylpyridine × 2 BGC beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50 mM Bis-Tris, pH 5.75, 35 % w/v PEG 3350. The crystals were cryo-preserved by 25% glucose	分辨率 1.39 Å R-free 0.226
6W92 Human UHRF1 TTD domain 提交 2020-03-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 135–296（162 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；295 K；0.1 M Bis-Tris, pH = 5.5, 25 % w/v PEG 3350	分辨率 1.30 Å R-free 0.185
7FB7 Crystal structure of human UHRF1 TTD in complex with 5-amino-2,4-dimethylpyridine 提交 2021-07-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–285（163 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 8NF 5-amino-2,4-dimethylpyridine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES (pH7.5), 45% v/v MPD, 0.2 M Ammonium acetate	分辨率 1.45 Å R-free 0.173
7FB7 Crystal structure of human UHRF1 TTD in complex with 5-amino-2,4-dimethylpyridine 提交 2021-07-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 123–285（163 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 8NF 5-amino-2,4-dimethylpyridine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES (pH7.5), 45% v/v MPD, 0.2 M Ammonium acetate	分辨率 1.45 Å R-free 0.173
8JIG A Novel UHRF1-Targeted Compound 提交 2023-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 414–617（204 aa）	未记录	8JA N-[2,4-bis(oxidanylidene)-1H-pyrimidin-5-yl]-N'-oxidanyl-octanediamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bris-Tris, pH 6.0, 0.2M NaCl, 1mM TCEP, 2.2-2.4mM ammonium sulfate	分辨率 2.40 Å R-free 0.244
8JIG A Novel UHRF1-Targeted Compound 提交 2023-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 414–617（204 aa）	未记录	8JA N-[2,4-bis(oxidanylidene)-1H-pyrimidin-5-yl]-N'-oxidanyl-octanediamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bris-Tris, pH 6.0, 0.2M NaCl, 1mM TCEP, 2.2-2.4mM ammonium sulfate	分辨率 2.40 Å R-free 0.244
8WMS Crystal structure of human DPPA3 in complex with human UHRF1 PHD domain 提交 2023-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 299–366（68 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Tris-HCl (pH 7.0), 200 mM tri-potassium phosphate and 20% (w/v) PEG3,350	分辨率 2.40 Å R-free 0.266
8XV4 Crystal structure of TTD-PHD domain of UHRF1 in complex with mStella peptide (residues 85-119) 提交 2024-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–366（233 aa）片段：TTD-PHD domain	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.6 M NaCl, 0.1 M MES pH6.5, 20% PEG4000	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
8XV4 Crystal structure of TTD-PHD domain of UHRF1 in complex with mStella peptide (residues 85-119) 提交 2024-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 134–366（233 aa）片段：TTD-PHD domain	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.6 M NaCl, 0.1 M MES pH6.5, 20% PEG4000	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
8XV6 Crystal structure of PHD domain of UHRF1 in complex with mStella peptide (residues 85-119) 提交 2024-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 298–367（70 aa）片段：PHD domain	未记录	SCN THIOCYANATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Potassium thiocyanate, 30% PEG MME2000	分辨率 1.60 Å R-free 0.168
8XV6 Crystal structure of PHD domain of UHRF1 in complex with mStella peptide (residues 85-119) 提交 2024-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 298–367（70 aa）片段：PHD domain	未记录	SCN THIOCYANATE ION × 3 ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Potassium thiocyanate, 30% PEG MME2000	分辨率 1.60 Å R-free 0.168
8XV7 Crystal structure of TTD-PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–366（233 aa）片段：TTD-PHD domain	未记录	ZN ZINC ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；4% v/v Tacsimate pH 7.0, 12% PEG 3350	分辨率 2.25 Å R-free 0.226
8XV7 Crystal structure of TTD-PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 134–366（233 aa）片段：TTD-PHD domain	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；4% v/v Tacsimate pH 7.0, 12% PEG 3350	分辨率 2.25 Å R-free 0.226
8XV7 Crystal structure of TTD-PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 134–366（233 aa）片段：TTD-PHD domain	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；4% v/v Tacsimate pH 7.0, 12% PEG 3350	分辨率 2.25 Å R-free 0.226
8XV7 Crystal structure of TTD-PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 134–366（233 aa）片段：TTD-PHD domain	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；4% v/v Tacsimate pH 7.0, 12% PEG 3350	分辨率 2.25 Å R-free 0.226
8XV8 Crystal structure of PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 298–367（70 aa）片段：PHD domain	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.207
8XV8 Crystal structure of PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 298–367（70 aa）片段：PHD domain	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.207
8XV8 Crystal structure of PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 298–367（70 aa）片段：PHD domain	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.207
8XV8 Crystal structure of PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 298–367（70 aa）片段：PHD domain	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.207
9LN6 Structure of human NLRP14-UHRF1 complex 提交 2025-01-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–78（78 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.49 Å
9LPK Structure of human PADI6-UHRF1-UBE2D3 complex 提交 2025-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–793（793 aa）链 F 1–793（793 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 3.03 Å
9M76 UHRF1 bound to a mononucleosome in its pre-active state, with the RING domain bound to the SRA domain. 提交 2025-03-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 1–793（793 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
9M77 The activated state of human UHRF1 bound to a mononucleosome, with the finger loop ordered and linker 4 disordered. 提交 2025-03-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 1–793（793 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 44 个其他 PDB 条目、76 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UHRF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–157； UniProt 127–283

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5xpi
沉积日期 deposition_date	2017-06-02
结构标题 title	Structure of UHRF1 TTD in complex with NV01
关键词 keywords	TTD domain, small molecule, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.90 Å
零角强度 I(0) i0	5809290.00
分子量 molecular_weight	16993.0 kDa
排除体积 excluded_volume	21077 Å³
包络体积 envelope_volume	25248 Å³
水化壳体积 shell_volume	13264 Å³
包络直径 envelope_diameter	68.5 Å
壳层 Rg shell_rg	21.97 Å
包络 Rg envelope_rg	17.43 Å
形状 Rg shape_rg	16.86 Å
总 Rg total_rg	17.91 Å
总原子数 total_atoms	1199
残基数 n_residues	140
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.4 Å
Rg (实空间) rg_real	17.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.8090e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5800e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5809000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6110
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	67.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.550
峰度 Kurtosis kurtosis	0.110
角度范围 angular_range	— – 0.4500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1926000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.499; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.291; Positv: 1.000; Valcen: 0.599; Smooth: 0.969

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
分子量 formula_weight	18449.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1315

WDETELGLYKVNEYVDARDTNMGAWFEAQVVRVTRKAPSRDEPCSSTSRPALEEDVIYHVKYDDYPENGVVQMNSRDVRARARTIIKWQDLEVGQVVMLNYNPDNPKERGFWYDAEISRKRETRTARELYANVVLGDDSLNDCRIIFVDEVFKIERP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;N-[3-(diethylamino)propyl]-2-(12-methyl-9-oxidanylidene-5-thia-1,10,11-triazatricyclo[6.4.0.0^2,6]dodeca-2(6),3,7,11-tetraen-10-yl)ethanamide ;
分子量 formula_weight	375.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	116

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5xpiA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	99.001 Å
晶胞边长 b length_b	99.001 Å
晶胞边长 c length_c	41.315 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 62
空间群编号 int_tables_number	171
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	42.870 Å
R 因子 r_factor	0.2009
R_work r_work	0.2000
R_free r_free	0.2186

fit	/app/data/saxs_computation/xp/5xpi/5xpi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xp/5xpi/5xpi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xp/5xpi/5xpi.dat