SAXSdb — 5xq2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TtAgo (D546N)

Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 6	;DNA (5'-D(PTPGPAPAPGPAPTPAPGPTPAPGPGPTPTPGPT)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(APCPAPAPCPCPTPAPCPTPAPCPCPTPCPG)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(APGPT)-3') ; × 2 MAGNESIUM ION × 2 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q746M7_THET2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–685； UniProt 1–685 作者链 B； PDB构建体 1–685； UniProt 1–685

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5xq2
沉积日期 deposition_date	2017-06-06
结构标题 title	Crystal structure of T. thermophilus Argonaute protein complexed with a bulge 5A6 on the guide strand
关键词 keywords	Argonaute, miRNA, bulge, mismatch, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5xq2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5xq2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5xq2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.64 Å
Rg（电子密度）	35.39 Å
总 Rg	35.86 Å
原子数	11841
残基数	1430
排除体积	206200 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5xq2__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TtAgo (D546N)
分子量 formula_weight	76727.8 kDa
突变 mutation	D546N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11844

MNHLGKTEVFLNRFALRPLNPEELRPWRLEVVLDPPPGREEVYPLLAQVARRAGGVTVRMGDGLASWSPPEVLVLEGTLARMGQTYAYRLYPKGRRPLDPKDPGERSVLSALARRLLQERLRRLEGVWVEGLAVYRREHARGPGWRVLGGAVLDLWVSDSGAFLLEVDPAYRILCEMSLEAWLAQGHPLPKRVRNAYDRRTWELLRLGEEDPKELPLPGGLSLLDYHASKGRLQGREGGRVAWVADPKDPRKPIPHLTGLLVPVLTLEDLHEEEGSLALSLPWEERRRRTREIASWIGRRLGLGTPEAVRAQAYRLSIPKLMGRRAVSKPADALRVGFYRAQETALALLRLDGAQGWPEFLRRALLRAFGASGASLRLHTLHAHPSQGLAFREALRKAKEEGVQAVLVLTPPMAWEDRNRLKALLLREGLPSQILNVPLREEERHRWENALLGLLAKAGLQVVALSGAYPAELAVGFDAGGRESFRFGGAACAVGGDGGHLLWTLPEAQAGERIPQEVVWDLLEETLWAFRRKAGRLPSRVLLLRNGRVPQDEFALALEALAREGIAYDLVSVRKSGGGRVYPVQGRLADGLYVPLEDKTFLLLTVHRDFRGTPRPLKLVHEAGDTPLEALAHQIFHLTRLYPASGFAFPRLPAPLHLADRLVKEVGRLGIRHLKEVDREKLFFV

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	262724
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPGPAPAPGPAPTPAPGPTPAPGPGPTPTPGP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	6901.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	X,E

TGAGGATAGTAGGTTGTATAGT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APCPAPAPCPCPTPAPCPTPAPCPCPTPCPG)-3') ;
分子量 formula_weight	5708.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Y,F

TATACAACCTACTACCTCG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APGP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	901.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D

AGT

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5xq2A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	260 — paz domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	5xq2A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	5xq2A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	5xq2B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	260 — paz domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	5xq2B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	5xq2B03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

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晶胞边长 a length_a	201.843 Å
晶胞边长 b length_b	201.843 Å
晶胞边长 c length_c	201.843 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 3
空间群编号 int_tables_number	198
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.330 Å
最低分辨率 resolution_low	48.950 Å
R 因子 r_factor	0.2540
R_work r_work	0.2520
R_free r_free	0.2940

Crystal structure of T. thermophilus Argonaute protein complexed with a bulge 5A6 on the guide strand

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TtAgo (D546N)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5xq2__assembly_1__model_1

5xq2__assembly_1__model_1 | I(q)

5xq2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of T. thermophilus Argonaute protein complexed with a bulge 5A6 on the guide strand

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TtAgo (D546N)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5xq2__assembly_1__model_1

5xq2__assembly_1__model_1 | I(q)

5xq2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)