5xs0

Structure of a ssDNA bound to the outer DNA binding site of RAD52

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein RAD52 homolog

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 11 DNA 2	;ssDNA (5'-D(CPCPCPCPCPCPCPCPCPC)-3') ; × 1 ;ssDNA (5'-D(CPCPCPCPCPCPCPCP*C)-3') ; × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 11 DNA 2	;ssDNA (5'-D(CPCPCPCPCPC)-3') ; × 1 ;ssDNA (5'-D(CPCPCPCPCPCPCPC)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAD52_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–215； UniProt 1–212 作者链 B； PDB构建体 4–215； UniProt 1–212 作者链 C； PDB构建体 4–215； UniProt 1–212 作者链 D； PDB构建体 4–215； UniProt 1–212 作者链 E； PDB构建体 4–215； UniProt 1–212 作者链 F； PDB构建体 4–215； UniProt 1–212 作者链 G； PDB构建体 4–215； UniProt 1–212 作者链 H； PDB构建体 4–215； UniProt 1–212 作者链 I； PDB构建体 4–215； UniProt 1–212 作者链 J； PDB构建体 4–215； UniProt 1–212 作者链 K； PDB构建体 4–215； UniProt 1–212 作者链 L； PDB构建体 4–215； UniProt 1–212 作者链 M； PDB构建体 4–215； UniProt 1–212 作者链 N； PDB构建体 4–215； UniProt 1–212 作者链 O； PDB构建体 4–215； UniProt 1–212 作者链 P； PDB构建体 4–215； UniProt 1–212 作者链 Q； PDB构建体 4–215； UniProt 1–212 作者链 R； PDB构建体 4–215； UniProt 1–212 作者链 S； PDB构建体 4–215； UniProt 1–212 作者链 T； PDB构建体 4–215； UniProt 1–212 作者链 U； PDB构建体 4–215； UniProt 1–212 作者链 V； PDB构建体 4–215； UniProt 1–212

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5xs0
沉积日期 deposition_date	2017-06-11
结构标题 title	Structure of a ssDNA bound to the outer DNA binding site of RAD52
关键词 keywords	Protein-DNA complex, ssDNA annealing protein, DNA repair protein, RECOMBINATION; RECOMBINATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5xs0__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5xs0__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5xs0__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.88 Å
Rg（电子密度）	40.28 Å
总 Rg	40.93 Å
原子数	16175
残基数	2032
排除体积	285190 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5xs0__assembly_1__model_1`	tridecameric （13）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5xs0__assembly_2__model_1`	tridecameric （13）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA repair protein RAD52 homolog
分子量 formula_weight	23713.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	22

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V
原子数 atom_count	32445

GSHMSGTEEAILGGRDSHPAAGGGSVLCFGQCQYTAEEYQAIQKALRQRLGPEYISSRMAGGGQKVCYIEGHRVINLANEMFGYNGWAHSITQQNVDFVDLNNGKFYVGVCAFVRVQLKDGSYHEDVGYGVSEGLKSKALSLEKARKEAVTDGLKRALRSFGNALGNCILDKDYLRSLNKLPRQLPLEVDLTKAKRQDLEPSVEEARYNSCRPNM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;ssDNA (5'-D(CPCPCPCPCPC)-3') ;
分子量 formula_weight	1690.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	W

CCCCCC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;ssDNA (5'-D(CPCPCPCPCPCPCPC)-3') ;
分子量 formula_weight	2268.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	X

CCCCCCCC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;ssDNA (5'-D(CPCPCPCPCPCPCPCPCPC)-3') ;
分子量 formula_weight	2846.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Y

CCCCCCCCCC

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;ssDNA (5'-D(CPCPCPCPCPCPCPCP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	2557.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Z

CCCCCCCCC

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

CATH v4.4 (22 domains)

结构域编号 domain_id	5xs0A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	5xs0B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	5xs0C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	5xs0D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	5xs0E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	5xs0F01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	5xs0G01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	5xs0H01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	5xs0I01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	5xs0J01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	5xs0K01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	5xs0L01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	5xs0M01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	5xs0N01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	5xs0O01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	5xs0P01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	5xs0Q01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	5xs0R01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	5xs0S01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	5xs0T01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	5xs0U01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	5xs0V01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

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晶胞边长 a length_a	100.224 Å
晶胞边长 b length_b	164.408 Å
晶胞边长 c length_c	166.087 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.19 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	44

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	48.529 Å
R 因子 r_factor	0.2225
R_work r_work	0.2210
R_free r_free	0.2506

Structure of a ssDNA bound to the outer DNA binding site of RAD52

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein RAD52 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5xs0__assembly_2__model_1

5xs0__assembly_2__model_1 | I(q)

5xs0__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

CATH v4.4 (22 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of a ssDNA bound to the outer DNA binding site of RAD52

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein RAD52 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5xs0__assembly_2__model_1

5xs0__assembly_2__model_1 | I(q)

5xs0__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

CATH v4.4 (22 domains)

7. 引用文献 (1)