SAXSdb — 5y6l

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methionine--tRNA ligase, cytoplasmic

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Eukaryotic translation elongation factor 1 epsilon-1 × 1 （O43324） Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase × 1 （P07814） Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2 × 1 （Q13155） Aspartate--tRNA ligase, cytoplasmic × 1 （P14868） PHOSPHATE ION × 2 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYMC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–224； UniProt 1–224

Eukaryotic translation elongation factor 1 epsilon-1

Homo sapiens

UniProt O43324

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Methionine--tRNA ligase, cytoplasmic × 1 （P56192） Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase × 1 （P07814） Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2 × 1 （Q13155） Aspartate--tRNA ligase, cytoplasmic × 1 （P14868） PHOSPHATE ION × 2 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MCA3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 13–186； UniProt 1–174

Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase

Homo sapiens

UniProt P07814

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Methionine--tRNA ligase, cytoplasmic × 1 （P56192） Eukaryotic translation elongation factor 1 epsilon-1 × 1 （O43324） Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2 × 1 （Q13155） Aspartate--tRNA ligase, cytoplasmic × 1 （P14868） PHOSPHATE ION × 2 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYEP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175

Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2

Homo sapiens

UniProt Q13155

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Methionine--tRNA ligase, cytoplasmic × 1 （P56192） Eukaryotic translation elongation factor 1 epsilon-1 × 1 （O43324） Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase × 1 （P07814） Aspartate--tRNA ligase, cytoplasmic × 1 （P14868） PHOSPHATE ION × 2 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AIMP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–232； UniProt 90–320

Aspartate--tRNA ligase, cytoplasmic

Homo sapiens

UniProt P14868

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Methionine--tRNA ligase, cytoplasmic × 1 （P56192） Eukaryotic translation elongation factor 1 epsilon-1 × 1 （O43324） Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase × 1 （P07814） Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2 × 1 （Q13155） PHOSPHATE ION × 2 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYDC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 21–521； UniProt 1–501

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5y6l
沉积日期 deposition_date	2017-08-12
结构标题 title	A subcomplex crystal structure of human cytosolic aspartyl-tRNA synthetase and heterotetrameric glutathione transferase-homology domains in multi-tRNA synthetase complex
关键词 keywords	AMINO-ACYL TRNA SYNTHETASE COMPLEX, MULTI-SYNTHETASE COMPLEX, LIGATION AMINO ACID TO TRNA, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5y6l__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5y6l__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5y6l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.14 Å
Rg（电子密度）	32.69 Å
总 Rg	33.22 Å
原子数	6380
残基数	825
排除体积	113940 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5y6l__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Methionine--tRNA ligase, cytoplasmic
分子量 formula_weight	25956.4 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.10
突变 mutation	S171R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6458

MRLFVSDGVPGCLPVLAAAGRARGRAEVLISTVGPEDCVVPFLTRPKVPVLQLDSGNYLFSTSAICRYFFLLSGWEQDDLTNQWLEWEATELQPALSAALYYLVVQGKKGEDVLGSVRRALTHIDHSLSRQNCPFLAGETESLADIVLWGALYPLLQDPAYLPEELSALHRWFQTLSTQEPCQRAAETVLKQQGVLALRPYLQKQPQPSPAEGRAVTNEPEEEELEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Eukaryotic translation elongation factor 1 epsilon-1
分子量 formula_weight	21226.0 kDa
突变 mutation	C147S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MRGSHHHHHHGSMAAAAELSLLEKSLGLSKGNKYSAQGERQIPVLQTNNGPSLTGLTTIAAHLVKQANKEYLLGSTAEEKAIVQQWLEYRVTQVDGHSSKNDIHTLLKDLNSYLEDKVYLTGYNFTLADILLYYGLHRFIVDLTVQEKEKYLNVSRWFSHIQHYPGIRQHLSSVVFIKNRLYTNSH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase
分子量 formula_weight	19310.7 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.17
突变 mutation	C92S, C105S, C123S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MATLSLTVNSGDPPLGALLAVEHVKDDVSISVEEGKENILHVSENVIFTDVNSILRYLARVATTAGLYGSNLMEHTEIDHWLEFSATKLSSSDSFTSTINELNHSLSLRTYLVGNSLSLADLSVWATLKGNAAWQEQLKQKKAPVHVKRWFGFLEAQQAFQSVGTKWDVSTTKAR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2
分子量 formula_weight	26790.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MTNIIQADEPTTLTTNALDLNSVLGKDYGALKDIVINANPASPPLSLLVLHRLLCEHFRVLSTVHTHSSVKSVPENLLKCFGEQNKKQPRQDYQLGFTLIWKNVPKTQMKFSIQTMCPIEGEGNIARFLFSLFGQKHNAVNATLIDSWVDIAIFQLKEGSSKEKAAVFRSMNSALGKSPWLAGNELTVADVVLWSVLQQIGGCSVTVPANVQRWMRSCENLAPFNTALKLLKLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Aspartate--tRNA ligase, cytoplasmic
分子量 formula_weight	59384.4 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMPSASASRKSQEKPREIMDAAEDYAKERYGISSMIQSQEKPDRVLVRVRDLTIQKADEVVWVRARVHTSRAKGKQCFLVLRQQQFNVQALVAVGDHASKQMVKFAANINKESIVDVEGVVRKVNQKIGSCTQQDVELHVQKIYVISLAEPRLPLQLDDAVRPEAEGEEEGRATVNQDTRLDNRVIDLRTSTSQAVFRLQSGICHLFRETLINKGFVEIQTPKIISAASEGGANVFTVSYFKNNAYLAQSPQLYKQMCICADFEKVFSIGPVFRAEDSNTHRHLTEFVGLDIEMAFNYHYHEVMEEIADTMVQIFKGLQERFQTEIQTVNKQFPCEPFKFLEPTLRLEYCEALAMLREAGVEMGDEDDLSTPNEKLLGHLVKEKYDTDFYILDKYPLAVRPFYTMPDPRNPKQSNSYDMFMRGEEILSGAQRIHDPQLLTERALHHGIDLEKIKAYIDSFRFGAPPHAGGGIGLERVTMLFLGLHNVRQTSMFPRDPKRLTP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	78

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5y6lA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	5y6lA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5y6lB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	5y6lB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5y6lC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	130 —

结构域编号 domain_id	5y6lD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	130 —

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晶胞边长 a length_a	84.535 Å
晶胞边长 b length_b	98.413 Å
晶胞边长 c length_c	125.919 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	29.873 Å
R 因子 r_factor	0.1828
R_work r_work	0.1765
R_free r_free	0.2518

A subcomplex crystal structure of human cytosolic aspartyl-tRNA synthetase and heterotetrameric glutathione transferase-homology domains in multi-tRNA synthetase complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methionine--tRNA ligase, cytoplasmic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Eukaryotic translation elongation factor 1 epsilon-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Aspartate--tRNA ligase, cytoplasmic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5y6l__assembly_1__model_1

5y6l__assembly_1__model_1 | I(q)

5y6l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)