SAXSdb — 5yee

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin, alpha skeletal muscle

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uncharacterized protein × 1 （A0A0F8V8L2） LATRUNCULIN B × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACTS_RABIT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–377； UniProt 1–377

Uncharacterized protein

Lokiarchaeum sp. GC14_75

UniProt A0A0F8V8L2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Actin, alpha skeletal muscle × 1 （P68135） LATRUNCULIN B × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0F8V8L2_9ARCH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–136； UniProt 1–134

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5yee
沉积日期 deposition_date	2017-09-16
结构标题 title	Crystal structure of LokiProfilin1/Rabbit Actin Complex
关键词 keywords	Actin, Archaea, Lokiarchaea, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5yee__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5yee__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5yee__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.10 Å
Rg（电子密度）	25.42 Å
总 Rg	26.12 Å
原子数	3896
残基数	495
排除体积	69604 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5yee__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Actin, alpha skeletal muscle
分子量 formula_weight	42097.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	4659

MCDEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Uncharacterized protein
分子量 formula_weight	14872.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

GPMSEKIEGIIDDLLNLEENAHGIAIIGKDGKIITQTENWNISNDLDKLNEFLNEKLALGKKGITSLSIQGIKYMIVENTEERKIGTNITGKGHVVICPIPIGGTGALITYVNPRAGPRDVLFNVQEYAKKLTDLI

来源 Source

来源生物 organism	Lokiarchaeum sp. GC14_75
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1538547
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	LATRUNCULIN B
分子量 formula_weight	395.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	596

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5yeeb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.1 — Actin/HSP70

结构域编号 domain_id	d5yeeb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.1 — Actin/HSP70

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5yeeB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	5yeeB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	36 — Actin; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Actin; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	5yeeB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	5yeeB04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

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晶胞边长 a length_a	43.312 Å
晶胞边长 b length_b	126.209 Å
晶胞边长 c length_c	53.862 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.89 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.810 Å
最低分辨率 resolution_low	63.100 Å
R 因子 r_factor	0.1942
R_work r_work	0.1913
R_free r_free	0.2486

Crystal structure of LokiProfilin1/Rabbit Actin Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin, alpha skeletal muscle

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5yee__assembly_1__model_1

5yee__assembly_1__model_1 | I(q)

5yee__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of LokiProfilin1/Rabbit Actin Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin, alpha skeletal muscle

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5yee__assembly_1__model_1

5yee__assembly_1__model_1 | I(q)

5yee__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)