SAXSdb — 5yw1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidase S7

Dengue virus 4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	FLAVIVIRUS_NS2B × 1 （W0LLP9） PTI protein × 1 （A6QPK7） water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	F8TEL4_9FLAV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–618； UniProt 1475–2092

FLAVIVIRUS_NS2B

Dengue virus 4

UniProt W0LLP9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Peptidase S7 × 1 （F8TEL4） PTI protein × 1 （A6QPK7） water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	W0LLP9_9FLAV
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–48； UniProt 1393–1439

PTI protein

Bos taurus

UniProt A6QPK7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Peptidase S7 × 1 （F8TEL4） FLAVIVIRUS_NS2B × 1 （W0LLP9） water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A6QPK7_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–55； UniProt 36–90

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5yw1
沉积日期 deposition_date	2017-11-28
结构标题 title	Crystal structure of full length NS3 protein (eD4NS2BNS3) in complex with Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor
关键词 keywords	SERINE PROTEASE, NON-STRUCTURAL PROTEIN 3, DEAH HELICASE, ATPASE, DENGUE VIRUS, FLAVIVIRUS, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5yw1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5yw1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5yw1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.20 Å
Rg（电子密度）	30.77 Å
总 Rg	31.31 Å
原子数	5275
残基数	693
排除体积	93208 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5yw1__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Peptidase S7
分子量 formula_weight	69517.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	5277

SGALWDVPSPAATQKATLSEGVYRIMQRGLFGKTQVGVGIHMEGVFHTMWHVTRGSVICHETGRLEPSWADVRNDMISYGGGWRLGDKWDKEEDVQVLAIEPGKNPKHVQTKPGLFKTLTGEIGAVTLDFKPGTSGSPIINKKGKVIGLYGNGVVTKSGDYVSAITQAERIGEPDYEVDEDIFRKKRLTIMDLHPGAGKTKRILPSIVREALKRRLRTLILAPTRVVAAEMEEALRGLPIRYQTPAVKSEHTGREIVDLMCHATFTTRLLSSTRVPNYNLIVMDEAHFTDPCSVAARGYISTRVEMGEAAAIFMTATPPGSIDPFPQSNSPIEDIEREIPERSWNTGFDWITDYQGKTVWFVPSIKAGNDIANCLRKSGKKVIQLSRKTFDTEYPKTKLTDWDFVVTTDISEMGANFRAGRVIDPRRCLKPVILTDGPERVILAGPIPVTPASAAQRRGRIGRNPAQEDDQYVFSGDPLKNDEDHAHWTEAKMLLDNIYTPEGIIPTLFGPEREKTQAIDGEFRLRGEQRKTFVELMRRGDLPVWLSYKVASAGISYKDREWCFTGERNNQILEENMEVEIWTREGEKKKLRPKWLDARVYADPMALKDFKEFASGRK

来源 Source

来源生物 organism	Dengue virus 4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11070
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	FLAVIVIRUS_NS2B
分子量 formula_weight	5930.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

GADLSLEKAANVQWDEMADITGSSPIIEVKQDEDGSFSIRDVEETNMIGVKTQR

来源 Source

来源生物 organism	Dengue virus 4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11070
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PTI protein
分子量 formula_weight	6372.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

RPDFCLEPPYTGPCKARMIRYFYNAKAGLCQPFVYGGCRAKRNNFKSSEDCMRTC

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	Bovine
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5yw1i_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamily	g.8.1 — BPTI-like
家族 Family family	g.8.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	5yw1B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5yw1B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5yw1I00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

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晶胞边长 a length_a	53.018 Å
晶胞边长 b length_b	87.493 Å
晶胞边长 c length_c	86.455 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.25 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	44.998 Å
R 因子 r_factor	0.2215
R_work r_work	0.2205
R_free r_free	0.2402

Crystal structure of full length NS3 protein (eD4NS2BNS3) in complex with Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidase S7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

FLAVIVIRUS_NS2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PTI protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5yw1__assembly_1__model_1

5yw1__assembly_1__model_1 | I(q)

5yw1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of full length NS3 protein (eD4NS2BNS3) in complex with Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidase S7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

FLAVIVIRUS_NS2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PTI protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5yw1__assembly_1__model_1

5yw1__assembly_1__model_1 | I(q)

5yw1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)