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5ywx

Crystal structure of hematopoietic prostaglandin D synthase in complex with F092

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hematopoietic prostaglandin D synthase

Homo sapiens

UniProt O60760

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 GLUTATHIONE × 2 N-[4-(2-oxopyrrolidin-1-yl)phenyl]-2-(pyridin-2-yl)pyrimidine-5-carboxamide × 2 GLYCEROL × 2 MAGNESIUM ION × 1 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 GLUTATHIONE × 2 N-[4-(2-oxopyrrolidin-1-yl)phenyl]-2-(pyridin-2-yl)pyrimidine-5-carboxamide × 2 GLYCEROL × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体
1iyh 1iyh 1iyi 1iyi 1v40 1v40 2cvd 2cvd 2vcq 2vcq 2vcw 2vcw

共 49 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HPGDS_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–198； UniProt 2–199 作者链 B； PDB构建体 1–198； UniProt 2–199 作者链 C； PDB构建体 1–198； UniProt 2–199 作者链 D； PDB构建体 1–198； UniProt 2–199

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5ywx
沉积日期 deposition_date2017-11-30
结构标题 titleCrystal structure of hematopoietic prostaglandin D synthase in complex with F092
关键词 keywordsPROSTAGLANDIN, SYNTHASE, Inhibitor, TRANSFERASE, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ywx__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ywx__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ywx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）22.03 Å
Rg（电子密度）20.77 Å
总 Rg21.69 Å
原子数3383
残基数396
排除体积60462 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5ywx__assembly_1__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 5ywx__assembly_2__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd5ywxa1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain
结构域编号 domain_idd5ywxa2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain
结构域编号 domain_idd5ywxb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain
结构域编号 domain_idd5ywxb2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain
结构域编号 domain_idd5ywxc1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain
结构域编号 domain_idd5ywxc2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain
结构域编号 domain_idd5ywxd1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain
结构域编号 domain_idd5ywxd2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id5ywxA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id5ywxA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id5ywxB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id5ywxB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id5ywxC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id5ywxC02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id5ywxD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id5ywxD02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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7. 引用文献 (1)