SAXSdb — 5yxh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding protein Rheb

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–169	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% w/v PEG 1500	分辨率 2.04 Å R-free 0.299
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2–169	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% w/v PEG 1500	分辨率 2.04 Å R-free 0.299
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 2–169	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% w/v PEG 1500	分辨率 2.04 Å R-free 0.299
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 2–169	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% w/v PEG 1500	分辨率 2.04 Å R-free 0.299

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5YXH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1XTQ Structure of small GTPase human Rheb in complex with GDP 提交 2004-10-24	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）片段：GTPase domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；potassium dihydrogenphosphate, PEG 8000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.257
1XTR Structure of small GTPase human Rheb in complex with GppNHp 提交 2004-10-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）片段：GTPase domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；potassium dihydrogenphosphate, PEG 8000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.65 Å R-free 0.270
1XTS Structure of small GTPase human Rheb in complex with GTP 提交 2004-10-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）片段：GTPase domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；277 K；ammonium dihydrogenphosphate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.277
3SEA Structure of Rheb-Y35A mutant in GDP- and GMPPNP-bound forms 提交 2011-06-10	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–169（167 aa）片段：G-domain	突变：Y35A	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris hydrochloride, 200 mM Sodium acetate trihydrate, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.214
3SEA Structure of Rheb-Y35A mutant in GDP- and GMPPNP-bound forms 提交 2011-06-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 3–169（167 aa）片段：G-domain	突变：Y35A	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris hydrochloride, 200 mM Sodium acetate trihydrate, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.214
3SEA Structure of Rheb-Y35A mutant in GDP- and GMPPNP-bound forms 提交 2011-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 3–169（167 aa）片段：G-domain 链 B 3–169（167 aa）片段：G-domain	突变：Y35A 突变：Y35A	MG MAGNESIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris hydrochloride, 200 mM Sodium acetate trihydrate, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.214
3T5G Structure of fully modified farnesylated Rheb in complex with PDE6D 提交 2011-07-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–181（181 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 FAR FARNESYL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；0.1 M Tris 8.5, and 12.5 % PEG8000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.235
6BCU Cryo-EM structure of the activated RHEB-mTORC1 refined to 3.4 angstrom 提交 2017-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 R 1–184（184 aa）链 S 1–184（184 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6BSX CRYSTAL STRUCTURE OF RHEB IN COMPLEX WITH COMPOUND 1 AT 1.65A RESOLUTION 提交 2017-12-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）片段：RHEB VCID 10367	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 E7S (5,6-dimethyl-1H-benzimidazol-2-yl)methanol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.8；293 K；28% PEG4000, 0.2M SODIUM ACETATE, 0.1M TRIS-HCL, PH 8.8, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.244
6BSX CRYSTAL STRUCTURE OF RHEB IN COMPLEX WITH COMPOUND 1 AT 1.65A RESOLUTION 提交 2017-12-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–169（169 aa）片段：RHEB VCID 10367	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 E7S (5,6-dimethyl-1H-benzimidazol-2-yl)methanol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.8；293 K；28% PEG4000, 0.2M SODIUM ACETATE, 0.1M TRIS-HCL, PH 8.8, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.244
6BSX CRYSTAL STRUCTURE OF RHEB IN COMPLEX WITH COMPOUND 1 AT 1.65A RESOLUTION 提交 2017-12-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–169（169 aa）片段：RHEB VCID 10367	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 E7S (5,6-dimethyl-1H-benzimidazol-2-yl)methanol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.8；293 K；28% PEG4000, 0.2M SODIUM ACETATE, 0.1M TRIS-HCL, PH 8.8, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.244
6BSX CRYSTAL STRUCTURE OF RHEB IN COMPLEX WITH COMPOUND 1 AT 1.65A RESOLUTION 提交 2017-12-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–169（169 aa）片段：RHEB VCID 10367	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 E7S (5,6-dimethyl-1H-benzimidazol-2-yl)methanol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.8；293 K；28% PEG4000, 0.2M SODIUM ACETATE, 0.1M TRIS-HCL, PH 8.8, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.244
6BT0 CRYSTAL STRUCTURE OF RHEB IN COMPLEX WITH COMPOUND NR1 提交 2017-12-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；19% PEG 1500, 0.1M Na acetate pH 5.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.316
6BT0 CRYSTAL STRUCTURE OF RHEB IN COMPLEX WITH COMPOUND NR1 提交 2017-12-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–169（169 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 E7V 4-bromo-6-[(3,4-dichlorophenyl)sulfanyl]-1-{[4-(dimethylcarbamoyl)phenyl]methyl}-1H-indole-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；19% PEG 1500, 0.1M Na acetate pH 5.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.316
6BT0 CRYSTAL STRUCTURE OF RHEB IN COMPLEX WITH COMPOUND NR1 提交 2017-12-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–169（169 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；19% PEG 1500, 0.1M Na acetate pH 5.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.316
6BT0 CRYSTAL STRUCTURE OF RHEB IN COMPLEX WITH COMPOUND NR1 提交 2017-12-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–169（169 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；19% PEG 1500, 0.1M Na acetate pH 5.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.316
7BTA Crystal structure of Rheb D60K mutant bound to GDP 提交 2020-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）片段：GTPase domain	突变：D60K	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8；290 K；0.2 M NaH2PO4: 16% PEG 3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.256
7BTA Crystal structure of Rheb D60K mutant bound to GDP 提交 2020-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–169（169 aa）片段：GTPase domain	突变：D60K	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8；290 K；0.2 M NaH2PO4: 16% PEG 3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.256
7BTC Crystal structure of Rheb Y35N mutant bound to GDP 提交 2020-04-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）片段：GTPase domain	突变：Y35N	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；290 K；0.10% n-Octyl-beta-D-glucoside: 0.1 M Sodium citrate tribasic, pH 5.5: 22% PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.233
7BTC Crystal structure of Rheb Y35N mutant bound to GDP 提交 2020-04-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–169（169 aa）片段：GTPase domain	突变：Y35N	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；290 K；0.10% n-Octyl-beta-D-glucoside: 0.1 M Sodium citrate tribasic, pH 5.5: 22% PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.233
7BTC Crystal structure of Rheb Y35N mutant bound to GDP 提交 2020-04-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–169（169 aa）片段：GTPase domain	突变：Y35N	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；290 K；0.10% n-Octyl-beta-D-glucoside: 0.1 M Sodium citrate tribasic, pH 5.5: 22% PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.233
7BTC Crystal structure of Rheb Y35N mutant bound to GDP 提交 2020-04-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–169（169 aa）片段：GTPase domain	突变：Y35N	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；290 K；0.10% n-Octyl-beta-D-glucoside: 0.1 M Sodium citrate tribasic, pH 5.5: 22% PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.233
7BTD Crystal structure of Rheb Y35N mutant bound to GppNHp 提交 2020-04-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）片段：GTPase domain	突变：Y35N	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；290 K；0.2 M Ammonium acetate: 0.1 M HEPES, pH 7.5: 25% PEG 3350.	分辨率 2.00 Å R-free 0.208
9ED4 A composite map of mTORC1-Rag-Ragultor-4EBP1 on membrane 提交 2024-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 L 1–184（184 aa）链 N 1–184（184 aa）	未记录	GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.23 Å
9ED7 Active state of mTOR on membrane 提交 2024-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 1–184（184 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.16 Å
9ED8 Intermediate state of mTOR on membrane 提交 2024-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 1–184（184 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.61 Å

共 14 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RHEB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–169； UniProt 2–169 作者链 B； PDB构建体 2–169； UniProt 2–169 作者链 C； PDB构建体 2–169； UniProt 2–169 作者链 D； PDB构建体 2–169； UniProt 2–169

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5yxh
沉积日期 deposition_date	2017-12-05
结构标题 title	Structure of Rheb-GDP
关键词 keywords	GTPase, mTORC1 signaling, Rheb, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.84 Å
零角强度 I(0) i0	89150500.00
分子量 molecular_weight	75054.0 kDa
排除体积 excluded_volume	94336 Å³
包络体积 envelope_volume	118140 Å³
水化壳体积 shell_volume	35054 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.4 Å
壳层 Rg shell_rg	35.50 Å
包络 Rg envelope_rg	27.60 Å
形状 Rg shape_rg	27.83 Å
总 Rg total_rg	28.66 Å
总原子数 total_atoms	5277
残基数 n_residues	651
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.4 Å
Rg (实空间) rg_real	28.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.9150e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	89150000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9100
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	86.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.099
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.599
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16960000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.953; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.968

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GTP-binding protein Rheb
分子量 formula_weight	19276.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	5424

SPQSKSRKIAILGYRSVGKSSLTIQFVEGQFVDSYDPTIENTFTKLITVNGQEYHLQLVDTAGQDEYSIFPQTYSIDINGYILVYSVTSIKSFEVIKVIHGKLLDMVGKVQIPIMLVGNKKDLHMERVISYEEGKALAESWNAAFLESSAKENQTAVDVFRRIILEAEKLE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	147

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d5yxha1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d5yxha2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5yxhb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d5yxhb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5yxhc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d5yxhc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5yxhd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d5yxhd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5yxhA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5yxhB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5yxhC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5yxhD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	50.166 Å
晶胞边长 b length_b	58.963 Å
晶胞边长 c length_c	64.345 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	110.53 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.03 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	108.16 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.040 Å
最低分辨率 resolution_low	59.800 Å
R 因子 r_factor	0.2464
R_work r_work	0.2438
R_free r_free	0.2986

fit	/app/data/saxs_computation/yx/5yxh/5yxh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yx/5yxh/5yxh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yx/5yxh/5yxh.dat

Structure of Rheb-GDP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding protein Rheb

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction