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5zbq

The Crystal Structure of human neuropeptide Y Y1 receptor with UR-MK299

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 108.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neuropeptide Y receptor type 1,T4 Lysozyme

Enterobacteria phage RB55

UniProt A0A097J792

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–161 片段：UNP residues 2-358,UNP residues 2-161 突变：F129W,C1053T, C1096A 9AO N~2~-(diphenylacetyl)-N-[(4-hydroxyphenyl)methyl]-N~5~-(N'-{[2-(propanoylamino)ethyl]carbamoyl}carbamimidoyl)-D-ornithinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 7.4；293 K；0.1 M Tris, pH 7.4-8.0, 30-40% (v/v) PEG400, 50-150 mM sodium tartrate and 100 uM UR-MK299 分辨率 2.70 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5ZBQ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5W0P Crystal structure of rhodopsin bound to visual arrestin determined by X-ray free electron laser 提交 2017-05-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–161（160 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5；293 K；PEG 400, magnesium acetate, sodium acetate.
分辨率 3.01 Å R-free 0.272
5W0P Crystal structure of rhodopsin bound to visual arrestin determined by X-ray free electron laser 提交 2017-05-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–161（160 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5；293 K；PEG 400, magnesium acetate, sodium acetate.
分辨率 3.01 Å R-free 0.272
5W0P Crystal structure of rhodopsin bound to visual arrestin determined by X-ray free electron laser 提交 2017-05-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 2–161（160 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5；293 K；PEG 400, magnesium acetate, sodium acetate.
分辨率 3.01 Å R-free 0.272
5W0P Crystal structure of rhodopsin bound to visual arrestin determined by X-ray free electron laser 提交 2017-05-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 2–161（160 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5；293 K；PEG 400, magnesium acetate, sodium acetate.
分辨率 3.01 Å R-free 0.272
5X33 Leukotriene B4 receptor BLT1 in complex with BIIL260 提交 2017-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–161（160 aa）
突变：H83G,K88G,V212A,C1054T,C1097A,S102A 7Y9 4-[[3-[[4-[2-(4-hydroxyphenyl)propan-2-yl]phenoxy]methyl]phenyl]methoxy]benzenecarboximidamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；277 K；PEG 300, Bicine
分辨率 3.70 Å R-free 0.296

共 2 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A097J792_BPT4
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 366–525； UniProt 2–161

Neuropeptide Y receptor type 1,T4 Lysozyme

Enterobacteria phage RB55

UniProt P25929

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–358 片段：UNP residues 2-358,UNP residues 2-161 突变：F129W,C1053T, C1096A 9AO N~2~-(diphenylacetyl)-N-[(4-hydroxyphenyl)methyl]-N~5~-(N'-{[2-(propanoylamino)ethyl]carbamoyl}carbamimidoyl)-D-ornithinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 7.4；293 K；0.1 M Tris, pH 7.4-8.0, 30-40% (v/v) PEG400, 50-150 mM sodium tartrate and 100 uM UR-MK299 分辨率 2.70 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5ZBQ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5ZBH The Crystal Structure of Human Neuropeptide Y Y1 Receptor with BMS-193885 提交 2018-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–241（240 aa） 片段：UNP residues 2-241,UNP residues 2-161,UNP residues 250-358
链 A 250–358（109 aa） 片段：UNP residues 2-241,UNP residues 2-161,UNP residues 250-358
突变：F129W,C1053T, C1096A 突变：F129W,C1053T, C1096A 9AF dimethyl 4-{3-[({3-[4-(3-methoxyphenyl)piperidin-1-yl]propyl}carbamoyl)amino]phenyl}-2,6-dimethyl-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 7.4；293 K；0.1M HEPES, pH 7.2-7.6, 20% PEG400
分辨率 3.00 Å R-free 0.251
7VGX Neuropeptide Y Y1 Receptor (NPY1R) in Complex with G Protein and its endogeneous Peptide-Agonist Neuropeptide Y (NPY) 提交 2021-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 R 1–384（384 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging
分辨率 3.20 Å
7X9A Cryo-EM structure of neuropeptide Y Y1 receptor in complex with NPY and Gi 提交 2022-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 R 1–340（340 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8K6M Structural complex of neuropeptide Y receptor 1 提交 2023-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 1–349（349 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8K6O Structural complex of neuropeptide Y receptor 1 提交 2023-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 1–341（341 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NPY1R_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–357； UniProt 2–358

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5zbq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5zbq
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5zbq
沉积日期 deposition_date2018-02-12
结构标题 titleThe Crystal Structure of human neuropeptide Y Y1 receptor with UR-MK299
关键词 keywordsG Protein-Coupled Receptor, Receptor Inhibitor, Complex structure, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.66 Å
零角强度 I(0) i040858000.00
分子量 molecular_weight53305.0 kDa
排除体积 excluded_volume68111 ų
包络体积 envelope_volume88923 ų
水化壳体积 shell_volume25982 ų
包络直径 envelope_diameter113.1 Å
壳层 Rg shell_rg35.23 Å
包络 Rg envelope_rg30.59 Å
形状 Rg shape_rg30.67 Å
总 Rg total_rg31.13 Å
总原子数 total_atoms3760
残基数 n_residues463
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.2 Å
Rg (实空间) rg_real31.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real4.0860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.7960e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal40850000.0000
解质量估计 total_estimate0.8295
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.8 Å
偏度 Skewness skewness0.432
峰度 Kurtosis kurtosis-0.552
角度范围 angular_range— – 0.2500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8590000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.734; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.659; Smooth: 0.919
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5zbqA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins
结构域编号 domain_id5zbqA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)