5zx2

Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase transcription initiation complex with ECF sigma factor sigma H and 7nt RNA

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Mycobacterium tuberculosis H37Rv

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P9WGY9） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P9WGY7） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （P9WGY5） ECF RNA polymerase sigma factor SigH × 1 （P9WGH9） DNA (48-MER) × 1 DNA (47-MER) × 1 ;RNA (5'-R(CPCPCPUPCPGP*A)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOA_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–368； UniProt 1–347 作者链 B； PDB构建体 22–368； UniProt 1–347

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Mycobacterium tuberculosis H37Rv

UniProt P9WGY9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （P9WGZ1） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P9WGY7） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （P9WGY5） ECF RNA polymerase sigma factor SigH × 1 （P9WGH9） DNA (48-MER) × 1 DNA (47-MER) × 1 ;RNA (5'-R(CPCPCPUPCPGP*A)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOB_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–1174； UniProt 7–1178

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

Mycobacterium tuberculosis H37Rv

UniProt P9WGY7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （P9WGZ1） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P9WGY9） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （P9WGY5） ECF RNA polymerase sigma factor SigH × 1 （P9WGH9） DNA (48-MER) × 1 DNA (47-MER) × 1 ;RNA (5'-R(CPCPCPUPCPGP*A)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOC_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 3–1317； UniProt 2–1316

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Mycobacterium tuberculosis H37Rv

UniProt P9WGY5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （P9WGZ1） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P9WGY9） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P9WGY7） ECF RNA polymerase sigma factor SigH × 1 （P9WGH9） DNA (48-MER) × 1 DNA (47-MER) × 1 ;RNA (5'-R(CPCPCPUPCPGP*A)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOZ_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110

ECF RNA polymerase sigma factor SigH

Mycobacterium tuberculosis H37Rv

UniProt P9WGH9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （P9WGZ1） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P9WGY9） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P9WGY7） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （P9WGY5） DNA (48-MER) × 1 DNA (47-MER) × 1 ;RNA (5'-R(CPCPCPUPCPGP*A)-3') ; × 1 ZINC ION × 2 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SIGH_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 3–218； UniProt 1–216

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5zx2
沉积日期 deposition_date	2018-05-17
结构标题 title	Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase transcription initiation complex with ECF sigma factor sigma H and 7nt RNA
关键词 keywords	Mycobacterium tuberculosis, RNA polymerase, sigma H, transcription initiation, TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex; TRANSCRIPTION/DNA/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5zx2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5zx2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5zx2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.59 Å
Rg（电子密度）	46.87 Å
总 Rg	47.12 Å
原子数	25811
残基数	3199
排除体积	451380 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5zx2__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	40279.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	25858

MGHHHHHHHHHHSSGHIEGRHMLISQRPTLSEDVLTDNRSQFVIEPLEPGFGYTLGNSLRRTLLSSIPGAAVTSIRIDGVLHEFTTVPGVKEDVTEIILNLKSLVVSSEEDEPVTMYLRKQGPGEVTAGDIVPPAGVTVHNPGMHIATLNDKGKLEVELVVERGRGYVPAVQNRASGAEIGRIPVDSIYSPVLKVTYKVDATRVEQRTDFDKLILDVETKNSISPRDALASAGKTLVELFGLARELNVEAEGIEIGPSPAEADHIASFALPIDDLDLTVRSYNCLKREGVHTVGELVARTESDLLDIRNFGQKSIDEVKIKLHQLGLSLKDSPPSFDPSEVAGYDVATGTWSTEGAYDEQDYAETEQL

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	129602.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MVLADSRQSKTAASPSPSRPQSSSNNSVPGAPNRVSFAKLREPLEVPGLLDVQTDSFEWLIGSPRWRESAAERGDVNPVGGLEEVLYELSPIEDFSGSMSLSFSDPRFDDVKAPVDECKDKDMTYAAPLFVTAEFINNNTGEIKSQTVFMGDFPMMTEKGTFIINGTERVVVSQLVRSPGVYFDETIDKSTDKTLHSVKVIPSRGAWLEFDVDKRDTVGVRIDRKRRQPVTVLLKALGWTSEQIVERFGFSEIMRSTLEKDNTVGTDEALLDIYRKLRPGEPPTKESAQTLLENLFFKEKRYDLARVGRYKVNKKLGLHVGEPITSSTLTEEDVVATIEYLVRLHEGQTTMTVPGGVEVPVETDDIDHFGNRRLRTVGELIQNQIRVGMSRMERVVRERMTTQDVEAITPQTLINIRPVVAAIKEFFGTSQLSQFMDQNNPLSGLTHKRRLSALGPGGLSRERAGLEVRDVHPSHYGRMCPIETPEGPNIGLIGSLSVYARVNPFGFIETPYRKVVDGVVSDEIVYLTADEEDRHVVAQANSPIDADGRFVEPRVLVRRKAGEVEYVPSSEVDYMDVSPRQMVSVATAMIPFLEHDDANRALMGANMQRQAVPLVRSEAPLVGTGMELRAAIDAGDVVVAEESGVIEEVSADYITVMHDNGTRRTYRMRKFARSNHGTCANQCPIVDAGDRVEAGQVIADGPCTDDGEMALGKNLLVAIMPWEGHNYEDAIILSNRLVEEDVLTSIHIEEHEIDARDTKLGAEEITRDIPNISDEVLADLDERGIVRIGAEVRDGDILVGKVTPKGETELTPEERLLRAIFGEKAREVRDTSLKVPHGESGKVIGIRVFSREDEDELPAGVNELVRVYVAQKRKISDGDKLAGRHGNKGVIGKILPVEDMPFLADGTPVDIILNTHGVPRRMNIGQILETHLGWCAHSGWKVDAAKGVPDWAARLPDELLEAQPNAIVSTPVFDGAQEAELQGLLSCTLPNRDGDVLVDADGKAMLFDGRSGEPFPYPVTVGYMYIMKLHHLVDDKIHARSTGPYSMITQQPLGGKAQFGGQRFGEMECWAMQAYGAAYTLQELLTIKSDDTVGRVKVYEAIVKGENIPEPGIPESFKVLLKELQSLCLNVEVLSSDGAAIELREGEDEDLERAAANLGINLSRNESASVEDLA

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;
分子量 formula_weight	147068.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MVLDVNFFDELRIGLATAEDIRQWSYGEVKKPETINYRTLKPEKDGLFCEKIFGPTRDWECYCGKYKRVRFKGIICERCGVEVTRAKVRRERMGHIELAAPVTHIWYFKGVPSRLGYLLDLAPKDLEKIIYFAAYVITSVDEEMRHNELSTLEAEMAVERKAVEDQRDGELEARAQKLEADLAELEAEGAKADARRKVRDGGEREMRQIRDRAQRELDRLEDIWSTFTKLAPKQLIVDENLYRELVDRYGEYFTGAMGAESIQKLIENFDIDAEAESLRDVIRNGKGQKKLRALKRLKVVAAFQQSGNSPMGMVLDAVPVIPPELRPMVQLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLIDLGAPEIIVNNEKRMLQESVDALFDNGRRGRPVTGPGNRPLKSLSDLLKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPQLKLHQCGLPKLMALELFKPFVMKRLVDLNHAQNIKSAKRMVERQRPQVWDVLEEVIAEHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPMLVEGKAIQLHPLVCEAFNADFDGDQMAVHLPLSAEAQAEARILMLSSNNILSPASGRPLAMPRLDMVTGLYYLTTEVPGDTGEYQPASGDHPETGVYSSPAEAIMAADRGVLSVRAKIKVRLTQLRPPVEIEAELFGHSGWQPGDAWMAETTLGRVMFNELLPLGYPFVNKQMHKKVQAAIINDLAERYPMIVVAQTVDKLKDAGFYWATRSGVTVSMADVLVPPRKKEILDHYEERADKVEKQFQRGALNHDERNEALVEIWKEATDEVGQALREHYPDDNPIITIVDSGATGNFTQTRTLAGMKGLVTNPKGEFIPRPVKSSFREGLTVLEYFINTHGARKGLADTALRTADSGYLTRRLVDVSQDVIVREHDCQTERGIVVELAERAPDGTLIRDPYIETSAYARTLGTDAVDEAGNVIVERGQDLGDPEIDALLAAGITQVKVRSVLTCATSTGVCATCYGRSMATGKLVDIGEAVGIVAAQSIGEPGTQLTMRTFHQGGVGEDITGGLPRVQELFEARVPRGKAPIADVTGRVRLEDGERFYKITIVPDDGGEEVVYDKISKRQRLRVFKHEDGSERVLSDGDHVEVGQQLMEGSADPHEVLRVQGPREVQIHLVREVQEVYRAQGVSIHDKHIEVIVRQMLRRVTIIDSGSTEFLPGSLIDRAEFEAENRRVVAEGGEPAAGRPVLMGITKASLATDSWLSAASFQETTRVLTDAAINCRSDKLNGLKENVIIGKLIPAGTGINRYRNIAVQPTEEARAAAYTIPSYEDQYYSPDFGAATGAAVPLDDYGYSDYR

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子量 formula_weight	11851.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MSISQSDASLAAVPAVDQFDPSSGASGGYDTPLGITNPPIDELLDRVSSKYALVIYAAKRARQINDYYNQLGEGILEYVGPLVEPGLQEKPLSIALREIHADLLEHTEGE

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	ECF RNA polymerase sigma factor SigH
分子量 formula_weight	24382.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

GAMADIDGVTGSAGLQPGPSEETDEELTARFERDAIPLLDQLYGGALRMTRNPADAEDLLQETMVKAYAGFRSFRHGTNLKAWLYRILTNTYINSYRKKQRQPAEYPTEQITDWQLASNAEHSSTGLRSAEVEALEALPDTEIKEALQALPEEFRMAVYYADVEGFPYKEIAEIMDTPIGTVMSRLHRGRRQLRGLLADVARDRGFARGEQAHEGVSS

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (48-MER)
分子量 formula_weight	14847.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

CGGAACAGTTGCGACTTAGACGTGGTTGTGGGAGCTGCTATACTCTCC

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA (47-MER)
分子量 formula_weight	14576.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

GGAGAGTATAGGTCGAGGGTGTACCACGTCTAAGTCGCAACTGTTCC

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(CPCPCPUPCPGP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	2156.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	I

CCCUCGA

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	47

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5zx2A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit

结构域编号 domain_id	5zx2A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain

结构域编号 domain_id	5zx2B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit

结构域编号 domain_id	5zx2B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain

结构域编号 domain_id	5zx2D01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase Rpb1, domain 3

结构域编号 domain_id	5zx2D02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — RNA polymerase Rpb1 funnel domain

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晶胞边长 a length_a	129.824 Å
晶胞边长 b length_b	164.027 Å
晶胞边长 c length_c	214.792 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	36.941 Å
R 因子 r_factor	0.2207
R_work r_work	0.2200
R_free r_free	0.2546

Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase transcription initiation complex with ECF sigma factor sigma H and 7nt RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ECF RNA polymerase sigma factor SigH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5zx2__assembly_1__model_1

5zx2__assembly_1__model_1 | I(q)

5zx2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)