SAXSdb — 6a90

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium channel protein PaFPC1

Periplaneta americana

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–1553	未记录	Mu-diguetoxin-Dc1a × 1 （P49126） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6A90	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5X0M Structure of a eukaryotic voltage-gated sodium channel at near atomic resolution 提交 2017-01-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1553（1553 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；25 mM Tris-HCl, pH 7.4, 50mM NaCl, 0.1% digitonin, 2.5 mM D-Desthiobiotin and protease inhibitor cocktail cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 3.5 s and flash-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen.	分辨率 3.80 Å
6A91 Complex of voltage-gated sodium channel NavPaS from American cockroach Periplaneta americana bound with saxitoxin and Dc1a 提交 2018-07-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1553（1553 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
6A95 Complex of voltage-gated sodium channel NavPaS from American cockroach Periplaneta americana bound with tetrodotoxin and Dc1a 提交 2018-07-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1553（1553 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 9SR (1R,5R,6R,7R,9S,11S,12S,13S,14S)-3-amino-14-(hydroxymethyl)-8,10-dioxa-2,4-diazatetracyclo[7.3.1.1~7,11~.0~1,6~]tetradec-3-ene-5,9,12,13,14-pentol (non-preferred name) × 1 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
6NT3 Cryo-EM structure of a human-cockroach hybrid Nav channel. 提交 2019-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1154（1154 aa）链 A 1287–1505（219 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 76F (7E,21R,24S)-27-amino-24-hydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaheptacos-7-en-21-yl (9Z,12E)-octadeca-9,12-dienoate × 4 LHG 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 AJP Digitonin × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6NT4 Cryo-EM structure of a human-cockroach hybrid Nav channel bound to alpha-scorpion toxin AaH2. 提交 2019-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1154（1154 aa）链 A 1287–1505（219 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 76F (7E,21R,24S)-27-amino-24-hydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaheptacos-7-en-21-yl (9Z,12E)-octadeca-9,12-dienoate × 5 AJP Digitonin × 1 LHG 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8F0P Structure of VSD4-NaV1.7-NaVPas channel chimera bound to the hybrid inhibitor GNE-1305 提交 2022-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1155（1155 aa）链 A 1286–1553（268 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 X7L N-[6-(cyclopentylmethoxy)-1,3-benzothiazol-2-yl]-4-{[(1S,2S)-2-(dimethylamino)cyclohexyl]amino}-2-fluorobenzene-1-sulfonamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.20 Å
8F0Q Structure of VSD4-NaV1.7-NaVPas channel chimera bound to the acylsulfonamide inhibitor GDC-0310 提交 2022-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1155（1155 aa）链 A 1286–1553（268 aa）	未记录	BMA beta-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X7R 5-cyclopropyl-4-({1-[(1S)-1-(3,5-dichlorophenyl)ethyl]piperidin-4-yl}methoxy)-2-fluoro-N-(methanesulfonyl)benzamide × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
8F0R Structure of VSD4-NaV1.7-NaVPas channel chimera bound to the arylsulfonamide inhibitor GNE-3565 提交 2022-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1155（1155 aa）链 A 1286–1553（268 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 X7W 5-chloro-4-({(1S,2S,4S)-2-(dimethylamino)-4-[3-(trifluoromethyl)phenyl]cyclohexyl}amino)-2-fluoro-N-(pyrimidin-4-yl)benzene-1-sulfonamide × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8F0S Structure of VSD4-NaV1.7-NaVPas channel chimera bound to the hybrid inhibitor GNE-9296 提交 2022-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1155（1155 aa）片段：Chimeric construct of human Nav1.7 VSD4 and the NavPaS channel from American cockroach Periplaneta americana 链 A 1286–1553（268 aa）片段：Chimeric construct of human Nav1.7 VSD4 and the NavPaS channel from American cockroach Periplaneta americana	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 X80 5-chloro-4-(cyclopentylmethoxy)-N-(4-{[(1S,2S)-2-(dimethylamino)cyclohexyl]amino}-2-fluorobenzene-1-sulfonyl)-2-fluorobenzamide × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8VQC Structure of the voltage-gated sodium channel NavPas from American Cockroach Periplaneta Americana in complex with scorpion alpha-toxin LqhaIT 提交 2024-01-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1553（1553 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM Tris pH 7.5, 50 mM NaCl, 0.1% (w/v) digitonin cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample was applied on the grid in Vitrobot Mark IV chamber (Thermo Fisher Scientific), blotted for 4 secs with a blot force of 25 and then plunged into ethane	分辨率 3.90 Å
9LHZ Complex of voltage-gated sodium channel NavPaS from American cockroach Periplaneta americana and sea anemone toxin Av3 提交 2025-01-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1553（1553 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.79 Å
9LKZ Complex of voltage-gated sodium channel NavPaS from American cockroach Periplaneta americana and scorpion alpha toxin LqhaIT 提交 2025-01-17	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1553（1553 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCNA1_PERAM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 44–1596； UniProt 1–1553

Mu-diguetoxin-Dc1a

Diguetia canities

UniProt P49126

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 39–94	未记录	Sodium channel protein PaFPC1 × 1 （D0E0C2） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6A90	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2MI5 Structure of insect-specific sodium channel toxin mu-Dc1a 提交 2013-12-08	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 39–94（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient NMR样品组成 350 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Dc1a-1, 20 mM sodium acetate-2, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6A91 Complex of voltage-gated sodium channel NavPaS from American cockroach Periplaneta americana bound with saxitoxin and Dc1a 提交 2018-07-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 39–94（56 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
6A95 Complex of voltage-gated sodium channel NavPaS from American cockroach Periplaneta americana bound with tetrodotoxin and Dc1a 提交 2018-07-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 39–94（56 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 9SR (1R,5R,6R,7R,9S,11S,12S,13S,14S)-3-amino-14-(hydroxymethyl)-8,10-dioxa-2,4-diazatetracyclo[7.3.1.1~7,11~.0~1,6~]tetradec-3-ene-5,9,12,13,14-pentol (non-preferred name) × 1 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
8F0S Structure of VSD4-NaV1.7-NaVPas channel chimera bound to the hybrid inhibitor GNE-9296 提交 2022-11-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 39–94（56 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 X80 5-chloro-4-(cyclopentylmethoxy)-N-(4-{[(1S,2S)-2-(dimethylamino)cyclohexyl]amino}-2-fluorobenzene-1-sulfonyl)-2-fluorobenzamide × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TXI92_DIGCA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–57； UniProt 39–94

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6a90
沉积日期 deposition_date	2018-07-11
结构标题 title	Complex of voltage-gated sodium channel NavPaS from American cockroach Periplaneta americana and Dc1a
关键词 keywords	complex, sodium channel, toxin, MEMBRANE PROTEIN, MEMBRANE PROTEIN-TOXIN complex; MEMBRANE PROTEIN/TOXIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.17 Å
零角强度 I(0) i0	320375000.00
分子量 molecular_weight	156970.0 kDa
排除体积 excluded_volume	200980 Å³
包络体积 envelope_volume	281690 Å³
水化壳体积 shell_volume	60717 Å³
包络直径 envelope_diameter	132.7 Å
壳层 Rg shell_rg	44.64 Å
包络 Rg envelope_rg	38.28 Å
形状 Rg shape_rg	38.15 Å
总 Rg total_rg	38.66 Å
总原子数 total_atoms	11085
残基数 n_residues	1380
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.4 Å
Rg (实空间) rg_real	39.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4290e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	320400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8856
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	52.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.169
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.369
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	32730000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.803

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sodium channel protein PaFPC1
分子量 formula_weight	183875.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	11085

MASWSHPQFEKGGGARGGSGGGSWSHPQFEKGFDYKDDDDKGTMADNSPLIREERQRLFRPYTRAMLTAPSAQPAKENGKTEENKDNSRDKGRGANKDRDGSAHPDQALEQGSRLPARMRNIFPAELASTPLEDFDPFYKNKKTFVVVTKAGDIFRFSGEKSLWMLDPFTPIRRVAISTMVQPIFSYFIMITILIHCIFMIMPATQTTYILELVFLSIYTIEVVVKVLARGFILHPFAYLRDPWNWLDFLVTLIGYITLVVDLGHLYALRAFRVLRSWRTVTIVPGWRTIVDALSLSITSLKDLVLLLLFSLFVFAVLGLQIYMGVLTQKCVKHFPADGSWGNFTDERWFNYTSNSSHWYIPDDWIEYPLCGNSSGAGMCPPGYTCLQGYGGNPNYGYTSFDTFGWAFLSVFRLVTLDYWEDLYQLALRSAGPWHILFFIIVVFYGTFCFLNFILAVVVMSYTHMVKRADEEKAAERELKKEKKAASVANNTANGQEQTTIEMNGDEAVVIDNNDQAARQQSDPETPAPSVTQRLTDFLCVWDCCVPWQKLQGAIGAVVLSPFFELFIAVIIVLNITFMALDHHDMNIEFERILRTGNYIFTSIYIVEAVLKIIALSPKFYFKDSWNVFDFIIVVFAILELGLEGVQGLSVFRSFRLLRVFRLAKFWPTLNNFMSVMTKSYGAFVNVMYVMFLLLFIFAIIGMQLFGMNYIDNMERFPDGDLPRWNFTDFLHSFMIVFRALCGEWIESMWDCMLVGDWSCIPFFVAVFFVGNLVILNLLIALLLNNYGSFCTSPTSDEEDSKDEDALAQIVRIFKRFKPNLNAVKLSPMKPDSEDIVESQEIQGNNIADAEDVLAGEFPPDCCCNAFYKCFPSRPARDSSVQRMWSNIRRVCFLLAKNKYFQKFVTAVLVITSVLLALEDIYLPQRPVLVNITLYVDYVLTAFFVIEMIIMLFAVGFKKYFTSKWYWLDFIVVVAYLLNFVLMCAGIEALQTLRLLRVFRLFRPLSKVNGMQVVTSTLVEAVPHIFNVILVGIFFWLVFAIMGVQLFAGKFYKCVDENSTVLSHEITMDRNDCLHENYTWENSPMNFDHVGNAYLSLLQVATFKGWLQIMNDAIDSREVHKQPIRETNIYMYLYFIFFIVFGSFFILKLFVCILIDIFRQQRRKAEGLSATDSRTQLIYRRAVMRTMSAKPVKRIPKPTCHPQSLMYDISVNRKFEYTMMILIILNVAVMAIDHYGQSMEFSEVLDYLNLIFIIIFFVECVIKVSGLRHHYFKDPWNIIDFLYVVLAIAGLMLSDVIEKYFISPTLLRILRILRVGRLLRYFQSARGMRLLLLALRKALRTLFNVSFLLFVIMFVYAVFGMEFFMHIRDAGAIDDVYNFKTFGQSIILLFQLATSAGWDGVYFAIANEEDCRAPDHELGYPGNCGSRALGIAYLVSYLIITCLVVINMYAAVILDYVLEVYEDSKEGLTDDDYDMFFEVWQQFDPEATQYIRYDQLSELLEALQPPLQVQKPNKYKILSMNIPICKDDHIFYKDVLEALVKDVFSRRGSPVEAGDVQAPNVDEAEYKPVSSTLQRQREEYCVRLIQNAWRKHKQQN

来源 Source

来源生物 organism	Periplaneta americana
通用名 common_name	American cockroach
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6978
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Mu-diguetoxin-Dc1a
分子量 formula_weight	6502.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SAKDGDVEGPAGCKKYDVECDSGECCQKQYLWYKWRPLDCRCLKSGFFSSKCVCRDV

来源 Source

来源生物 organism	Diguetia canities
通用名 common_name	Desert bush spider
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	38407
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6a90A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	6a90B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	130 — Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	255265

fit	/app/data/saxs_computation/a9/6a90/6a90.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a9/6a90/6a90.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a9/6a90/6a90.dat

Complex of voltage-gated sodium channel NavPaS from American cockroach Periplaneta americana and Dc1a

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium channel protein PaFPC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mu-diguetoxin-Dc1a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)