SAXSdb — 6a95

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium channel protein PaFPC1

Periplaneta americana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 2	Mu-diguetoxin-Dc1a × 1 （P49126） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ;(1R,5R,6R,7R,9S,11S,12S,13S,14S)-3-amino-14-(hydroxymethyl)-8,10-dioxa-2,4-diazatetracyclo[7.3.1.1~7,11~.0~1,6~]tetradec-3-ene-5,9,12,13,14-pentol (non-preferred name) ; × 1 SODIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCNA1_PERAM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 44–1596； UniProt 1–1553

Mu-diguetoxin-Dc1a

Diguetia canities

UniProt P49126

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 2	Sodium channel protein PaFPC1 × 1 （D0E0C2） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ;(1R,5R,6R,7R,9S,11S,12S,13S,14S)-3-amino-14-(hydroxymethyl)-8,10-dioxa-2,4-diazatetracyclo[7.3.1.1~7,11~.0~1,6~]tetradec-3-ene-5,9,12,13,14-pentol (non-preferred name) ; × 1 SODIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TXI92_DIGCA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–57； UniProt 39–94

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6a95
沉积日期 deposition_date	2018-07-11
结构标题 title	Complex of voltage-gated sodium channel NavPaS from American cockroach Periplaneta americana bound with tetrodotoxin and Dc1a
关键词 keywords	complex, sodium channel, toxin, MEMBRANE PROTEIN, MEMBRANE PROTEIN-TOXIN complex; MEMBRANE PROTEIN/TOXIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6a95__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6a95__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6a95__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.02 Å
Rg（电子密度）	37.72 Å
总 Rg	38.22 Å
原子数	11001
残基数	1364
排除体积	199410 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6a95__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sodium channel protein PaFPC1
分子量 formula_weight	183875.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	11002

MASWSHPQFEKGGGARGGSGGGSWSHPQFEKGFDYKDDDDKGTMADNSPLIREERQRLFRPYTRAMLTAPSAQPAKENGKTEENKDNSRDKGRGANKDRDGSAHPDQALEQGSRLPARMRNIFPAELASTPLEDFDPFYKNKKTFVVVTKAGDIFRFSGEKSLWMLDPFTPIRRVAISTMVQPIFSYFIMITILIHCIFMIMPATQTTYILELVFLSIYTIEVVVKVLARGFILHPFAYLRDPWNWLDFLVTLIGYITLVVDLGHLYALRAFRVLRSWRTVTIVPGWRTIVDALSLSITSLKDLVLLLLFSLFVFAVLGLQIYMGVLTQKCVKHFPADGSWGNFTDERWFNYTSNSSHWYIPDDWIEYPLCGNSSGAGMCPPGYTCLQGYGGNPNYGYTSFDTFGWAFLSVFRLVTLDYWEDLYQLALRSAGPWHILFFIIVVFYGTFCFLNFILAVVVMSYTHMVKRADEEKAAERELKKEKKAASVANNTANGQEQTTIEMNGDEAVVIDNNDQAARQQSDPETPAPSVTQRLTDFLCVWDCCVPWQKLQGAIGAVVLSPFFELFIAVIIVLNITFMALDHHDMNIEFERILRTGNYIFTSIYIVEAVLKIIALSPKFYFKDSWNVFDFIIVVFAILELGLEGVQGLSVFRSFRLLRVFRLAKFWPTLNNFMSVMTKSYGAFVNVMYVMFLLLFIFAIIGMQLFGMNYIDNMERFPDGDLPRWNFTDFLHSFMIVFRALCGEWIESMWDCMLVGDWSCIPFFVAVFFVGNLVILNLLIALLLNNYGSFCTSPTSDEEDSKDEDALAQIVRIFKRFKPNLNAVKLSPMKPDSEDIVESQEIQGNNIADAEDVLAGEFPPDCCCNAFYKCFPSRPARDSSVQRMWSNIRRVCFLLAKNKYFQKFVTAVLVITSVLLALEDIYLPQRPVLVNITLYVDYVLTAFFVIEMIIMLFAVGFKKYFTSKWYWLDFIVVVAYLLNFVLMCAGIEALQTLRLLRVFRLFRPLSKVNGMQVVTSTLVEAVPHIFNVILVGIFFWLVFAIMGVQLFAGKFYKCVDENSTVLSHEITMDRNDCLHENYTWENSPMNFDHVGNAYLSLLQVATFKGWLQIMNDAIDSREVHKQPIRETNIYMYLYFIFFIVFGSFFILKLFVCILIDIFRQQRRKAEGLSATDSRTQLIYRRAVMRTMSAKPVKRIPKPTCHPQSLMYDISVNRKFEYTMMILIILNVAVMAIDHYGQSMEFSEVLDYLNLIFIIIFFVECVIKVSGLRHHYFKDPWNIIDFLYVVLAIAGLMLSDVIEKYFISPTLLRILRILRVGRLLRYFQSARGMRLLLLALRKALRTLFNVSFLLFVIMFVYAVFGMEFFMHIRDAGAIDDVYNFKTFGQSIILLFQLATSAGWDGVYFAIANEEDCRAPDHELGYPGNCGSRALGIAYLVSYLIITCLVVINMYAAVILDYVLEVYEDSKEGLTDDDYDMFFEVWQQFDPEATQYIRYDQLSELLEALQPPLQVQKPNKYKILSMNIPICKDDHIFYKDVLEALVKDVFSRRGSPVEAGDVQAPNVDEAEYKPVSSTLQRQREEYCVRLIQNAWRKHKQQN

来源 Source

来源生物 organism	Periplaneta americana
通用名 common_name	American cockroach
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6978
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Mu-diguetoxin-Dc1a
分子量 formula_weight	6502.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SAKDGDVEGPAGCKKYDVECDSGECCQKQYLWYKWRPLDCRCLKSGFFSSKCVCRDV

来源 Source

来源生物 organism	Diguetia canities
通用名 common_name	Desert bush spider
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	38407
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;(1R,5R,6R,7R,9S,11S,12S,13S,14S)-3-amino-14-(hydroxymethyl)-8,10-dioxa-2,4-diazatetracyclo[7.3.1.1~7,11~.0~1,6~]tetradec-3-ene-5,9,12,13,14-pentol (non-preferred name) ;
分子量 formula_weight	319.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6a95A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	6a95B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	130 — Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	742093

Complex of voltage-gated sodium channel NavPaS from American cockroach Periplaneta americana bound with tetrodotoxin and Dc1a

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium channel protein PaFPC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mu-diguetoxin-Dc1a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6a95__assembly_1__model_1

6a95__assembly_1__model_1 | I(q)

6a95__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Complex of voltage-gated sodium channel NavPaS from American cockroach Periplaneta americana bound with tetrodotoxin and Dc1a

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium channel protein PaFPC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mu-diguetoxin-Dc1a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6a95__assembly_1__model_1

6a95__assembly_1__model_1 | I(q)

6a95__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)