6aak

Crystal structure of JAK3 in complex with peficitinib

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 148.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase JAK3

物种未注明

UniProt P52333

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 814–1100 链 B; UniProt 814–1100 片段:KINASE DOMAIN, UNP residues 814-1100 突变:C1040S, C1048S 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 9T6 4-[[(1S,3R)-5-oxidanyl-2-adamantyl]amino]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridine-5-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;buffer, salt, precipitant 分辨率 2.67 Å R-free 0.326
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 814–1100 链 D; UniProt 814–1100 片段:KINASE DOMAIN, UNP residues 814-1100 突变:C1040S, C1048S 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 9T6 4-[[(1S,3R)-5-oxidanyl-2-adamantyl]amino]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridine-5-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;buffer, salt, precipitant 分辨率 2.67 Å R-free 0.326

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 41 个其他 PDB 条目、69 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 JAK3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–287; UniProt 814–1100 作者链 B; PDB构建体 1–287; UniProt 814–1100 作者链 C; PDB构建体 1–287; UniProt 814–1100 作者链 D; PDB构建体 1–287; UniProt 814–1100

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6aak

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6aak
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6aak
沉积日期 deposition_date2018-07-18
结构标题 titleCrystal structure of JAK3 in complex with peficitinib
关键词 keywordsprotein kinase, TRANSFERASE-INHIBITOR complex; TRANSFERASE/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.81
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.83
零角强度 I(0) i0231962000.00
分子量 molecular_weight124510.0 kDa
排除体积 excluded_volume155830 ų
包络体积 envelope_volume223140 ų
水化壳体积 shell_volume45466 ų
包络直径 envelope_diameter149.2
壳层 Rg shell_rg45.13
包络 Rg envelope_rg41.85
形状 Rg shape_rg42.83
总 Rg total_rg42.97
总原子数 total_atoms8761
残基数 n_residues1098
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax148.8
Rg (实空间) rg_real43.06
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.60
I(0) (实空间) i0_real2.3200e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.8870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.81
I(0) (倒空间) i0_reciprocal231900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8481
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary56.3
偏度 Skewness skewness0.426
峰度 Kurtosis kurtosis-0.430
角度范围 angular_range— – 0.1850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha28830000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.780; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.828; Smooth: 0.852

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id6aakA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id6aakA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id6aakB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id6aakB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id6aakC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id6aakC02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id6aakD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id6aakD02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)