6axf

Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 199.5 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RAS guanyl-releasing protein 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 63–456	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Ras-related protein Rap-1b × 1 （P61224）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 63–456	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Ras-related protein Rap-1b × 1 （P61224）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 63–456	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Ras-related protein Rap-1b × 1 （P61224）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 63–456	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Ras-related protein Rap-1b × 1 （P61224）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 63–456	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Ras-related protein Rap-1b × 1 （P61224）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 63–456	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Ras-related protein Rap-1b × 1 （P61224）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
7	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 63–456	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Ras-related protein Rap-1b × 1 （P61224）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
8	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 O； UniProt 63–456	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Ras-related protein Rap-1b × 1 （P61224）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6AXF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2MA2 Solution structure of RasGRP2 EF hands bound to calcium 提交 2013-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 417–497（81 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；304 K；离子强度（mmCIF原始值）0.125；压力 ambient NMR样品组成 500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] RasGRP2, 25 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 7 % D2O, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] RasGRP2, 25 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 7 % D2O, 17 mg/mL Pf1 phage, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GRP2_HUMAN
Isoform	Q7LDG7-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–397； UniProt 63–456 作者链 C； PDB构建体 4–397； UniProt 63–456 作者链 E； PDB构建体 4–397； UniProt 63–456 作者链 G； PDB构建体 4–397； UniProt 63–456 作者链 I； PDB构建体 4–397； UniProt 63–456 作者链 K； PDB构建体 4–397； UniProt 63–456 作者链 M； PDB构建体 4–397； UniProt 63–456 作者链 O； PDB构建体 4–397； UniProt 63–456

Ras-related protein Rap-1b

Homo sapiens

UniProt P61224

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–167	未记录	RAS guanyl-releasing protein 2 × 1 （Q7LDG7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–167	未记录	RAS guanyl-releasing protein 2 × 1 （Q7LDG7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–167	未记录	RAS guanyl-releasing protein 2 × 1 （Q7LDG7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–167	未记录	RAS guanyl-releasing protein 2 × 1 （Q7LDG7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 1–167	未记录	RAS guanyl-releasing protein 2 × 1 （Q7LDG7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 1–167	未记录	RAS guanyl-releasing protein 2 × 1 （Q7LDG7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
7	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 1–167	未记录	RAS guanyl-releasing protein 2 × 1 （Q7LDG7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
8	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 1–167	未记录	RAS guanyl-releasing protein 2 × 1 （Q7LDG7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6AXF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3BRW Structure of the Rap-RapGAP complex 提交 2007-12-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-167	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；8-11% PEG 2000 MME, 100mM MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 3.40 Å R-free 0.280
3CF6 Structure of Epac2 in complex with cyclic-AMP and Rap 提交 2008-03-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-167	未记录	SP1 6-(6-AMINO-PURIN-9-YL)-2-THIOXO-TETRAHYDRO-2-FURO[3,2-D][1,3,2]DIOXAPHOSPHININE-2,7-DIOL × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M Li2SO4, 0.1M citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.265
3CF6 Structure of Epac2 in complex with cyclic-AMP and Rap 提交 2008-03-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-167	未记录	SP1 6-(6-AMINO-PURIN-9-YL)-2-THIOXO-TETRAHYDRO-2-FURO[3,2-D][1,3,2]DIOXAPHOSPHININE-2,7-DIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M Li2SO4, 0.1M citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.265
4DXA Co-crystal structure of Rap1 in complex with KRIT1 提交 2012-02-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–167（167 aa）	突变：G12V	GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.2M KNO3, 20% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.239
4HDO Crystal structure of the binary Complex of KRIT1 bound to the Rap1 GTPase 提交 2012-10-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-167	未记录	GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；278 K；15% PEG2000 MME, 100 mM Tris, 100 mM potassium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K	分辨率 1.67 Å R-free 0.231
4HDQ Crystal Structure of the Ternary Complex of KRIT1 bound to both the Rap1 GTPase and the Heart of Glass (HEG1) cytoplasmic tail 提交 2012-10-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-167	未记录	GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；278 K；15% PEG2000 MME, 100 mM Tris, 100 mM potassium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K	分辨率 1.95 Å R-free 0.263
4M8N Crystal Structure of PlexinC1/Rap1B Complex 提交 2013-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–166（166 aa）链 H 1–166（166 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294.15 K；0.1 M HEPES, 5% 2-propanol, 25% PEG 3350, 3.6% polypropylene glycol P400, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K	分辨率 3.29 Å R-free 0.299
4M8N Crystal Structure of PlexinC1/Rap1B Complex 提交 2013-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–166（166 aa）链 G 1–166（166 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294.15 K；0.1 M HEPES, 5% 2-propanol, 25% PEG 3350, 3.6% polypropylene glycol P400, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K	分辨率 3.29 Å R-free 0.299
4MGI Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
4MGI Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
4MGK Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.264
4MGK Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.264
4MGY Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	H07 (2S,4aR,6R,7R,7aR)-6-{6-amino-8-[(4-chlorophenyl)sulfanyl]-9H-purin-9-yl}-7-methoxytetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-2-ol 2-oxide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.270
4MGY Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	H07 (2S,4aR,6R,7R,7aR)-6-{6-amino-8-[(4-chlorophenyl)sulfanyl]-9H-purin-9-yl}-7-methoxytetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-2-ol 2-oxide × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.270
4MGZ Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	HR6 (2S,4aR,6R,7R,7aS)-6-[6-amino-8-(benzylsulfanyl)-9H-purin-9-yl]-2-sulfanyltetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-7-ol 2-oxide × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.264
4MGZ Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	HR6 (2S,4aR,6R,7R,7aS)-6-[6-amino-8-(benzylsulfanyl)-9H-purin-9-yl]-2-sulfanyltetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-7-ol 2-oxide × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.264
4MH0 Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	HR4 (2S,4aR,6R,7R,7aS)-6-{6-amino-8-[(4-fluorobenzyl)sulfanyl]-9H-purin-9-yl}-2-sulfanyltetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-7-ol 2-oxide × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.282
4MH0 Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	HR4 (2S,4aR,6R,7R,7aS)-6-{6-amino-8-[(4-fluorobenzyl)sulfanyl]-9H-purin-9-yl}-2-sulfanyltetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-7-ol 2-oxide × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.282
5KHO Rasip1 RA domain in complex with Rap1B 提交 2016-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–167（167 aa）链 D 1–167（167 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；16% PEG 8K, 200mM Calcium Acetate, and 100mM MES pH 6.5	分辨率 2.78 Å R-free 0.286
6BA6 Solution structure of Rap1b/talin complex 提交 2017-10-12	突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	突变：G12V	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.6；301 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl, 5mM MgCl2；压力 101325 NMR测量条件 pH 6.6；301 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl, 5mM MgCl2；压力 101325 NMR样品组成 0.6 mM [U-13C; U-15N] Rap1b, 0.9 mM talin-F0, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] talin-F0, 0.7 mM Rap1b, 95% H20, 5% D2O \| 95% H20, 5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-15N; U-2H] talin-F0, 0.7 mM Rap1b, 95% H20, 5% D2O \| 95% H20, 5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] talin-F0, 0.7 mM Rap1b, 0.2% H20, 99.8% D20 \| 0.2% H20, 99.8% D20 NMR样品组成 0.6 mM [U-13C; U-15N] Rap1b, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6KYK Crystal structure of Shank3 NTD-ANK mutant in complex with Rap1 提交 2019-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–167（167 aa）链 D 1–167（167 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；289 K；0.1M bicine (pH8.5), 1% Dextran sulfate sodium salt, 5% PEG 20000, 10% PEG 1500	分辨率 2.82 Å R-free 0.300
6KYK Crystal structure of Shank3 NTD-ANK mutant in complex with Rap1 提交 2019-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–167（167 aa）链 F 1–167（167 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；289 K；0.1M bicine (pH8.5), 1% Dextran sulfate sodium salt, 5% PEG 20000, 10% PEG 1500	分辨率 2.82 Å R-free 0.300
6OQ3 Crystal Structure of the Ternary Complex of KRIT1 bound to both the Rap1 GTPase and HKi2 提交 2019-04-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	未记录	7WO 2-hydroxynaphthalene-1-carbaldehyde × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20-25% PEG 3,350, 100 mM Tris, pH 8.5, 100 mM KCl	分辨率 1.85 Å R-free 0.292
6OQ4 Crystal Structure of the Ternary Complex of KRIT1 bound to both the Rap1 GTPase and HKi1 提交 2019-04-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	未记录	N0G 2-{(Z)-[(2-hydroxynaphthalen-1-yl)methylidene]amino}-N-[(1S)-1-phenylethyl]benzamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20-25% PEG 3,350, 100 mM Tris, pH 8.5, 100 mM KCl	分辨率 1.75 Å R-free 0.264
6UZK Crystal Structure of the Ternary Complex of KRIT1 bound to both the Rap1 GTPase and HKi6 提交 2019-11-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	未记录	QMA 2-hydroxy-6-methoxynaphthalene-1-carbaldehyde × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20-25% PEG 3,350, 100 mM Tris, pH 8.5, 100 mM KCl	分辨率 1.92 Å R-free 0.286
7C7I Crystal structure of SHANK3 SPN domain in complex with GTP-bound Rap1b(E30D,K31E) 提交 2020-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–167（167 aa）链 B 1–167（167 aa）	突变：E30D,K31E 突变：E30D,K31E	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；14.4% (w/v) PEG 8000, Sodium cacodylate/Hydrochloric acid (pH 6.5), 160 mM Calcium acetate, 20% (v/v) Glycerol	分辨率 2.28 Å R-free 0.246
7C7J Crystal structure of SHANK3 SPN domain in complex with GTP-bound Rap1b(G12V,Q63E) 提交 2020-05-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–167（167 aa）	突变：G12V,Q63E	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10% (w/v) PEG 8000, 100 mM Imidazole/Hydrochloric acid (pH 8.0), 200 mM Calcium acetate	分辨率 2.39 Å R-free 0.255
7C7J Crystal structure of SHANK3 SPN domain in complex with GTP-bound Rap1b(G12V,Q63E) 提交 2020-05-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	突变：G12V,Q63E	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10% (w/v) PEG 8000, 100 mM Imidazole/Hydrochloric acid (pH 8.0), 200 mM Calcium acetate	分辨率 2.39 Å R-free 0.255
8SU8 Co-crystal structure of KRIT1 with a 1-hydroxy 2-naphthaldehyde derivative (6-(furan-2-yl)-2-hydroxy-1-naphthaldehyde). 提交 2023-05-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	未记录	XE2 (6P)-6-(furan-2-yl)-2-hydroxynaphthalene-1-carbaldehyde × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20% PEG 3350, 100 mM Tris, pH 8.5, 100 mM KCl	分辨率 2.01 Å R-free 0.238
8T09 Co-crystal structure of KRIT1 with a 1-hydroxy 2-naphthaldehyde derivative (6-ethynyl-2-hydroxy-1-naphthaldehyde) 提交 2023-05-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	未记录	XHZ 6-ethynyl-2-hydroxynaphthalene-1-carbaldehyde × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 3350, 100mM Tris, pH 8.5, 100 mM KCl	分辨率 2.15 Å R-free 0.247
8T7V Co-crystal structure of KRIT1 with a 1-hydroxy 2-naphthaldehyde derivative (6-(furan-2-yl)-2-hydroxy-1-naphthaldehyde) 提交 2023-06-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	未记录	ZTA (7M)-7-(furan-2-yl)-2-hydroxynaphthalene-1-carbaldehyde × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20% PEG 3350, 100mM Tris, pH 8.5, 100mM KCl	分辨率 2.25 Å R-free 0.250

共 22 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAP1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–169； UniProt 1–167 作者链 D； PDB构建体 3–169； UniProt 1–167 作者链 F； PDB构建体 3–169； UniProt 1–167 作者链 H； PDB构建体 3–169； UniProt 1–167 作者链 J； PDB构建体 3–169； UniProt 1–167 作者链 L； PDB构建体 3–169； UniProt 1–167 作者链 N； PDB构建体 3–169； UniProt 1–167 作者链 P； PDB构建体 3–169； UniProt 1–167

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6axf
沉积日期 deposition_date	2017-09-06
结构标题 title	Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B
关键词 keywords	SIGNALING PROTEIN, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	62.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	62.12 Å
零角强度 I(0) i0	3498390000.00
分子量 molecular_weight	499650.0 kDa
排除体积 excluded_volume	624620 Å³
包络体积 envelope_volume	971120 Å³
水化壳体积 shell_volume	127240 Å³
包络直径 envelope_diameter	197.5 Å
壳层 Rg shell_rg	67.12 Å
包络 Rg envelope_rg	59.80 Å
形状 Rg shape_rg	62.12 Å
总 Rg total_rg	62.22 Å
总原子数 total_atoms	34903
残基数 n_residues	4275
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	199.5 Å
Rg (实空间) rg_real	62.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4980e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.7490e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	63.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3502000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8815
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	79.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.060
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.602
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	119900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.961; Smooth: 0.747

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RAS guanyl-releasing protein 2
分子量 formula_weight	45881.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O
原子数 atom_count	34903

SNAMAGTLDLDKGCTVEELLRGCIEAFDDSGKVRDPQLVRMFLMMHPWYIPSSQLAAKLLHIYQQSRKDNSNSLQVKTCHLVRYWISAFPAEFDLNPELAEQIKELKALLDQEGNRRHSSLIDIDSVPTYKWKRQVTQRNPVGQKKRKMSLLFDHLEPMELAEHLTYLEYRSFCKILFQDYHSFVTHGCTVDNPVLERFISLFNSVSQWVQLMILSKPTAPQRALVITHFVHVAEKLLQLQNFNTLMAVVGGLSHSSISRLKETHSHVSPETIKLWEGLTELVTATGNYGNYRRRLAACVGFRFPILGVHLKDLVALQLALPDWLDPARTRLNGAKMKQLFSILEELAMVTSLRPPVQANPDLLSLLTVSLDQYQTEDELYQLSLQREPRSKSSPTS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ras-related protein Rap-1b
分子量 formula_weight	19148.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P

GAMREYKLVVLGSGGVGKSALTVQFVQGIFVEKYDPTIEDSYRKQVEVDAQQCMLEILDTAGTEQFTAMRDLYMKNGQGFALVYSITAQSTFNDLQDLREQILRVKDTDDVPMILVGNKCDLEDERVVGKEQGQNLARQWNNCAFLESSAKSKINVNEIFYDLVRQINR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 31 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d6axfb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d6axfd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d6axff_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d6axfh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d6axfj_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d6axfl_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d6axfn_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d6axfp_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (23 domains)

结构域编号 domain_id	6axfA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	870 — Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1

结构域编号 domain_id	6axfA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	840 — Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain

结构域编号 domain_id	6axfB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6axfC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	870 — Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1

结构域编号 domain_id	6axfC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	840 — Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain

结构域编号 domain_id	6axfD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6axfE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	840 — Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain

结构域编号 domain_id	6axfF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6axfG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	870 — Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1

结构域编号 domain_id	6axfG02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	840 — Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain

结构域编号 domain_id	6axfH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6axfI01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	870 — Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1

结构域编号 domain_id	6axfI02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	840 — Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain

结构域编号 domain_id	6axfJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6axfK01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	870 — Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1

结构域编号 domain_id	6axfK02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	840 — Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain

结构域编号 domain_id	6axfL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6axfM01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	870 — Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1

结构域编号 domain_id	6axfM02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	840 — Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain

结构域编号 domain_id	6axfN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6axfO01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	870 — Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1

结构域编号 domain_id	6axfO02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	840 — Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain

结构域编号 domain_id	6axfP00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	138.998 Å
晶胞边长 b length_b	209.258 Å
晶胞边长 c length_c	336.765 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	64

空间群 space_group	I 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	24
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	49.460 Å
R 因子 r_factor	0.2052
R_work r_work	0.2025
R_free r_free	0.2577

fit	/app/data/saxs_computation/ax/6axf/6axf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ax/6axf/6axf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ax/6axf/6axf.dat

Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RAS guanyl-releasing protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ras-related protein Rap-1b

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 31 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (23 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)