6axf

Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RAS guanyl-releasing protein 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ras-related protein Rap-1b × 1 （P61224）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ras-related protein Rap-1b × 1 （P61224）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ras-related protein Rap-1b × 1 （P61224）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ras-related protein Rap-1b × 1 （P61224）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ras-related protein Rap-1b × 1 （P61224）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ras-related protein Rap-1b × 1 （P61224）	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ras-related protein Rap-1b × 1 （P61224）	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ras-related protein Rap-1b × 1 （P61224）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GRP2_HUMAN
Isoform	Q7LDG7-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–397； UniProt 63–456 作者链 C； PDB构建体 4–397； UniProt 63–456 作者链 E； PDB构建体 4–397； UniProt 63–456 作者链 G； PDB构建体 4–397； UniProt 63–456 作者链 I； PDB构建体 4–397； UniProt 63–456 作者链 K； PDB构建体 4–397； UniProt 63–456 作者链 M； PDB构建体 4–397； UniProt 63–456 作者链 O； PDB构建体 4–397； UniProt 63–456

Ras-related protein Rap-1b

Homo sapiens

UniProt P61224

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RAS guanyl-releasing protein 2 × 1 （Q7LDG7）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RAS guanyl-releasing protein 2 × 1 （Q7LDG7）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RAS guanyl-releasing protein 2 × 1 （Q7LDG7）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RAS guanyl-releasing protein 2 × 1 （Q7LDG7）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RAS guanyl-releasing protein 2 × 1 （Q7LDG7）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RAS guanyl-releasing protein 2 × 1 （Q7LDG7）	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RAS guanyl-releasing protein 2 × 1 （Q7LDG7）	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RAS guanyl-releasing protein 2 × 1 （Q7LDG7）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAP1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–169； UniProt 1–167 作者链 D； PDB构建体 3–169； UniProt 1–167 作者链 F； PDB构建体 3–169； UniProt 1–167 作者链 H； PDB构建体 3–169； UniProt 1–167 作者链 J； PDB构建体 3–169； UniProt 1–167 作者链 L； PDB构建体 3–169； UniProt 1–167 作者链 N； PDB构建体 3–169； UniProt 1–167 作者链 P； PDB构建体 3–169； UniProt 1–167

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6axf
沉积日期 deposition_date	2017-09-06
结构标题 title	Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B
关键词 keywords	SIGNALING PROTEIN, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6axf__assembly_8__model_1

Assembly 8 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6axf__assembly_8__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6axf__assembly_8__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.25 Å
Rg（电子密度）	26.17 Å
总 Rg	26.87 Å
原子数	4305
残基数	528
排除体积	77104 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6axf__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6axf__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6axf__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6axf__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`6axf__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`6axf__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`6axf__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`6axf__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RAS guanyl-releasing protein 2
分子量 formula_weight	45881.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O
原子数 atom_count	34903

SNAMAGTLDLDKGCTVEELLRGCIEAFDDSGKVRDPQLVRMFLMMHPWYIPSSQLAAKLLHIYQQSRKDNSNSLQVKTCHLVRYWISAFPAEFDLNPELAEQIKELKALLDQEGNRRHSSLIDIDSVPTYKWKRQVTQRNPVGQKKRKMSLLFDHLEPMELAEHLTYLEYRSFCKILFQDYHSFVTHGCTVDNPVLERFISLFNSVSQWVQLMILSKPTAPQRALVITHFVHVAEKLLQLQNFNTLMAVVGGLSHSSISRLKETHSHVSPETIKLWEGLTELVTATGNYGNYRRRLAACVGFRFPILGVHLKDLVALQLALPDWLDPARTRLNGAKMKQLFSILEELAMVTSLRPPVQANPDLLSLLTVSLDQYQTEDELYQLSLQREPRSKSSPTS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ras-related protein Rap-1b
分子量 formula_weight	19148.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P

GAMREYKLVVLGSGGVGKSALTVQFVQGIFVEKYDPTIEDSYRKQVEVDAQQCMLEILDTAGTEQFTAMRDLYMKNGQGFALVYSITAQSTFNDLQDLREQILRVKDTDDVPMILVGNKCDLEDERVVGKEQGQNLARQWNNCAFLESSAKSKINVNEIFYDLVRQINR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 31 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d6axfb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d6axfd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d6axff_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d6axfh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d6axfj_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d6axfl_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d6axfn_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d6axfp_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (23 domains)

结构域编号 domain_id	6axfA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	870 — Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1

结构域编号 domain_id	6axfA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	840 — Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain

结构域编号 domain_id	6axfB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6axfC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	870 — Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1

结构域编号 domain_id	6axfC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	840 — Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain

结构域编号 domain_id	6axfD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6axfE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	840 — Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain

结构域编号 domain_id	6axfF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6axfG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	870 — Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1

结构域编号 domain_id	6axfG02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	840 — Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain

结构域编号 domain_id	6axfH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6axfI01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	870 — Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1

结构域编号 domain_id	6axfI02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	840 — Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain

结构域编号 domain_id	6axfJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6axfK01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	870 — Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1

结构域编号 domain_id	6axfK02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	840 — Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain

结构域编号 domain_id	6axfL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6axfM01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	870 — Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1

结构域编号 domain_id	6axfM02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	840 — Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain

结构域编号 domain_id	6axfN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6axfO01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	870 — Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1

结构域编号 domain_id	6axfO02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	840 — Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain

结构域编号 domain_id	6axfP00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

▶

晶胞边长 a length_a	138.998 Å
晶胞边长 b length_b	209.258 Å
晶胞边长 c length_c	336.765 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	64

空间群 space_group	I 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	24
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	49.460 Å
R 因子 r_factor	0.2052
R_work r_work	0.2025
R_free r_free	0.2577

Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RAS guanyl-releasing protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ras-related protein Rap-1b

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6axf__assembly_8__model_1

6axf__assembly_8__model_1 | I(q)

6axf__assembly_8__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 31 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (23 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RAS guanyl-releasing protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ras-related protein Rap-1b

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6axf__assembly_8__model_1

6axf__assembly_8__model_1 | I(q)

6axf__assembly_8__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 31 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (23 domains)

7. 引用文献 (1)