6b58

FrdA-SdhE assembly intermediate

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fumarate reductase flavoprotein subunit

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	FAD assembly factor SdhE × 1 （P64561） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 POTASSIUM ION × 1 ACETATE ION × 7 1,2-ETHANEDIOL × 4 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	FAD assembly factor SdhE × 1 （P64561） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 POTASSIUM ION × 1 ACETATE ION × 4 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 MALONATE ION × 1 GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FRDA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–577； UniProt 1–577 作者链 C； PDB构建体 1–577； UniProt 1–577

FAD assembly factor SdhE

Escherichia coli

UniProt P64561

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Fumarate reductase flavoprotein subunit × 1 （P00363） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 POTASSIUM ION × 1 ACETATE ION × 7 1,2-ETHANEDIOL × 4 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Fumarate reductase flavoprotein subunit × 1 （P00363） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 POTASSIUM ION × 1 ACETATE ION × 4 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 MALONATE ION × 1 GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SDHE_ECO57
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–79； UniProt 6–84 作者链 D； PDB构建体 1–79； UniProt 6–84

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6b58
沉积日期 deposition_date	2017-09-28
结构标题 title	FrdA-SdhE assembly intermediate
关键词 keywords	FrdA, flavoprotein, assembly intermediate, complex, respiration; FLAVOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6b58__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6b58__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6b58__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.75 Å
Rg（电子密度）	23.65 Å
总 Rg	24.43 Å
原子数	4763
残基数	620
排除体积	83534 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6b58__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6b58__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fumarate reductase flavoprotein subunit
分子量 formula_weight	63477.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.5.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	9567

MQTFQADLAIVGAGGAGLRAAIAAAQANPNAKIALISKVYPMRSHTVAAEGGSAAVAQDHDSFEYHFHDTVAGGDWLCEQDVVDYFVHHCPTEMTQLELWGCPWSRRPDGSVNVRRFGGMKIERTWFAADKTGFHMLHTLFQTSLQFPQIQRFDEHFVLDILVDDGHVRGLVAMNMMEGTLVQIRANAVVMATGGAGRVYRYNTNGGIVTGDGMGMALSHGVPLRDMEFVQYHPTGLPGSGILMTEGCRGEGGILVNKNGYRYLQDYGMGPETPLGEPKNKYMELGPRDKVSQAFWHEWRKGNTISTPRGDVVYLDLRHLGEKKLHERLPFICELAKAYVGVDPVKEPIPVRPTAHYTMGGIETDQNCETRIKGLFAVGECSSVGLHGANRLGSNSLAELVVFGRLAGEQATERAATAGNGNEAAIEAQAAGVEQRLKDLVNQDGGENWAKIRDEMGLAMEEGCGIYRTPELMQKTIDKLAELQERFKRVRITDTSSVFNTDLLYTIELGHGLNVAECMAHSAMARKESRGAHQRLDEGCTERDDVNFLKHTLAFRDADGTTRLEYSDVKITTLPPA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	FAD assembly factor SdhE
分子量 formula_weight	9689.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

KAFIHWACRRGMRELDISIMPFFEHEYDSLSDDEKRIFIRLLECDDPDLFNWLMNHGKPADAELEMMVRLIQTRNRERG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MALONATE ION
分子量 formula_weight	102.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	63

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6b58b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.218 — YgfY-like
超家族 Superfamily superfamily	a.218.1 — YgfY-like
家族 Family family	a.218.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6b58d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.218 — YgfY-like
超家族 Superfamily superfamily	a.218.1 — YgfY-like
家族 Family family	a.218.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6b58A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	700 — Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain

结构域编号 domain_id	6b58B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 — Flavinator of succinate dehydrogenase

结构域编号 domain_id	6b58C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	700 — Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain

结构域编号 domain_id	6b58D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 — Flavinator of succinate dehydrogenase

▶

晶胞边长 a length_a	64.640 Å
晶胞边长 b length_b	63.330 Å
晶胞边长 c length_c	175.580 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.611 Å
最低分辨率 resolution_low	37.153 Å
R 因子 r_factor	0.1946
R_work r_work	0.1914
R_free r_free	0.2547

FrdA-SdhE assembly intermediate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fumarate reductase flavoprotein subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

FAD assembly factor SdhE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6b58__assembly_1__model_1

6b58__assembly_1__model_1 | I(q)

6b58__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

FrdA-SdhE assembly intermediate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fumarate reductase flavoprotein subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

FAD assembly factor SdhE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6b58__assembly_1__model_1

6b58__assembly_1__model_1 | I(q)

6b58__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)