SAXSdb — 6b88

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Signal peptidase I

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	;(8S,11S,14S)-14-{[(2S)-4-amino-2-{[2-(4-tert-butylphenyl)-4-methylpyrimidine-5-carbonyl]amino}butanoyl](methyl)amino}-3,18-bis(2-aminoethoxy)-N-[(2Z)-2-iminoethyl]-11-methyl-10,13-dioxo-9,12-diazatricyclo[13.3.1.1~2,6~]icosa-1(19),2(20),3,5,15,17-hexaene-8-carboxamide ; × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	;(8S,11S,14S)-14-{[(2S)-4-amino-2-{[2-(4-tert-butylphenyl)-4-methylpyrimidine-5-carbonyl]amino}butanoyl](methyl)amino}-3,18-bis(2-aminoethoxy)-N-[(2Z)-2-iminoethyl]-11-methyl-10,13-dioxo-9,12-diazatricyclo[13.3.1.1~2,6~]icosa-1(19),2(20),3,5,15,17-hexaene-8-carboxamide ; × 1 PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LEP_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–247； UniProt 78–324 作者链 B； PDB构建体 1–247； UniProt 78–324

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6b88
沉积日期 deposition_date	2017-10-05
结构标题 title	E. coli LepB in complex with GNE0775 ((4S,7S,10S)-10-((S)-4-amino-2-(2-(4-(tert-butyl)phenyl)-4-methylpyrimidine-5-carboxamido)-N-methylbutanamido)-16,26-bis(2-aminoethoxy)-N-(2-iminoethyl)-7-methyl-6,9-dioxo-5,8-diaza-1,2(1,3)-dibenzenacyclodecaphane-4-carboxamide)
关键词 keywords	Signal peptidase, SBDD, antibiotic, HYDROLASE, HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex; HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6b88__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6b88__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6b88__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.54 Å
Rg（电子密度）	18.58 Å
总 Rg	19.58 Å
原子数	1899
残基数	239
排除体积	33773 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6b88__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6b88__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Signal peptidase I
分子量 formula_weight	27736.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.89
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3947

RSFIYEPFQIPSGSMMPTLLIGDFILVEKFAYGIKDPIYQKTLIETGHPKRGDIVVFKYPEDPKLDYIKRAVGLPGDKVTYDPVSKELTIQPGCSSGQACENALPVTYSNVEPSDFVQTFSRRNGGEATSGFFEVPKNETKENGIRLSERKETLGDVTHRILTVPIAQDQVGMYYQQPGQQLATWIVPPGQYFMMGDNRDNSADSRYWGFVPEANLVGRATAIWMSFDKQEGEWPTGLRLSRIGGIH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(8S,11S,14S)-14-{[(2S)-4-amino-2-{[2-(4-tert-butylphenyl)-4-methylpyrimidine-5-carbonyl]amino}butanoyl](methyl)amino}-3,18-bis(2-aminoethoxy)-N-[(2Z)-2-iminoethyl]-11-methyl-10,13-dioxo-9,12-diazatricyclo[13.3.1.1~2,6~]icosa-1(19),2(20),3,5,15,17-hexaene-8-carboxamide ;
分子量 formula_weight	892.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	99

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6b88a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.87 — LexA/Signal peptidase
超家族 Superfamily superfamily	b.87.1 — LexA/Signal peptidase
家族 Family family	b.87.1.2 — Type 1 signal peptidase

结构域编号 domain_id	d6b88b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.87 — LexA/Signal peptidase
超家族 Superfamily superfamily	b.87.1 — LexA/Signal peptidase
家族 Family family	b.87.1.2 — Type 1 signal peptidase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6b88A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	109 — Umud Fragment, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Umud Fragment, subunit A

结构域编号 domain_id	6b88A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	230 — Signal Peptidase I; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6b88B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	109 — Umud Fragment, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Umud Fragment, subunit A

结构域编号 domain_id	6b88B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	230 — Signal Peptidase I; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	109.980 Å
晶胞边长 b length_b	109.980 Å
晶胞边长 c length_c	116.250 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4
空间群编号 int_tables_number	79
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.407 Å
最低分辨率 resolution_low	54.990 Å
R 因子 r_factor	0.2397
R_work r_work	0.2384
R_free r_free	0.2646

E. coli LepB in complex with GNE0775 ((4S,7S,10S)-10-((S)-4-amino-2-(2-(4-(tert-butyl)phenyl)-4-methylpyrimidine-5-carboxamido)-N-methylbutanamido)-16,26-bis(2-aminoethoxy)-N-(2-iminoethyl)-7-methyl-6,9-dioxo-5,8-diaza-1,2(1,3)-dibenzenacyclodecaphane-4-carboxamide)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Signal peptidase I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6b88__assembly_1__model_1

6b88__assembly_1__model_1 | I(q)

6b88__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

E. coli LepB in complex with GNE0775 ((4S,7S,10S)-10-((S)-4-amino-2-(2-(4-(tert-butyl)phenyl)-4-methylpyrimidine-5-carboxamido)-N-methylbutanamido)-16,26-bis(2-aminoethoxy)-N-(2-iminoethyl)-7-methyl-6,9-dioxo-5,8-diaza-1,2(1,3)-dibenzenacyclodecaphane-4-carboxamide)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Signal peptidase I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6b88__assembly_1__model_1

6b88__assembly_1__model_1 | I(q)

6b88__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)