6b95

Multiconformer model of K197C PTP1B tethered to compound 2 at 100 K

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1

Homo sapiens

UniProt P18031

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–321 片段:catalytic domain 突变:C32S, C92V, K197C TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 D0P N-(2',4'-difluoro-4-hydroxy[1,1'-biphenyl]-3-yl)-2-sulfanylacetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 7.5;277 K;well solution: 0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 20% PEG 3350 分辨率 1.95 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 440 个其他 PDB 条目、469 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PTN1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–321; UniProt 1–321

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6b95

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6b95
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6b95
沉积日期 deposition_date2017-10-10
结构标题 titleMulticonformer model of K197C PTP1B tethered to compound 2 at 100 K
关键词 keywords;protein tyrosine phosphatase, PTP, protein tyrosine phosphatase 1B, PTP1B, enzyme, allostery, multitemperature, multiconformer, tethering, covalent ligand, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.84
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.71
零角强度 I(0) i019586700.00
分子量 molecular_weight33441.0 kDa
排除体积 excluded_volume41793 ų
包络体积 envelope_volume46960 ų
水化壳体积 shell_volume20659 ų
包络直径 envelope_diameter69.3
壳层 Rg shell_rg25.49
包络 Rg envelope_rg19.07
形状 Rg shape_rg18.70
总 Rg total_rg19.67
总原子数 total_atoms4649
残基数 n_residues285
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.4
Rg (实空间) rg_real19.74
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39
I(0) (实空间) i0_real1.9590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4860e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.75
I(0) (倒空间) i0_reciprocal19590000.0000
解质量估计 total_estimate0.8659
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.7
偏度 Skewness skewness0.245
峰度 Kurtosis kurtosis-0.280
角度范围 angular_range— – 0.4000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5461000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.757; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.987

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6b95a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamilyc.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family familyc.45.1.2 — Higher-molecular-weight phosphotyrosine protein phosphatases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6b95A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Protein tyrosine phosphatase superfamily

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)