SAXSdb — 6bcr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

14-3-3 protein theta

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–245 链 B； UniProt 1–245	未记录	Insulin receptor substrate protein of 53 kDa, peptide (IRSp53) × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.15 M Magnesium Formate, 18% PEG3350, 4% TFE	分辨率 1.99 Å R-free 0.229
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–245 链 F； UniProt 1–245	未记录	Insulin receptor substrate protein of 53 kDa, peptide (IRSp53) × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ETF TRIFLUOROETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.15 M Magnesium Formate, 18% PEG3350, 4% TFE	分辨率 1.99 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6BCR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2BTP 14-3-3 Protein Theta (Human) Complexed to Peptide 提交 2005-06-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–234（234 aa）链 B 1–234（234 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.2M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE, 0.1M TRISHCL PH8.5,30% PEG4000, pH 8.50	分辨率 2.80 Å R-free 0.259
5IQP 14-3-3 PROTEIN TAU ISOFORM 提交 2016-03-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–245（245 aa）链 B 1–245（245 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；291 K；24% PEG4K, 140 mM LI2SO4, 4 % of SATURATED NACL IN 80 mM MES AT pH 6.4; PROTEIN 7 mg/ml	分辨率 2.60 Å R-free 0.239
6BD2 Complex of 14-3-3 theta with an IRSp53 peptide doubly-phosphorylated at T340 and S366 提交 2017-10-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–245（245 aa）链 B 1–245（245 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.1 M CaCl2, 13% Peg 3350	分辨率 2.90 Å R-free 0.254
6BQT Complex of 14-3-3 theta with an IRSp53 peptide doubly-phosphorylated at T340 and T360 提交 2017-11-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–245（245 aa）链 B 1–245（245 aa）	未记录	PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.1 M CaCl2, 13% Peg 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.287
6BQT Complex of 14-3-3 theta with an IRSp53 peptide doubly-phosphorylated at T340 and T360 提交 2017-11-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–245（245 aa）链 E 1–245（245 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.1 M CaCl2, 13% Peg 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.287
6BQT Complex of 14-3-3 theta with an IRSp53 peptide doubly-phosphorylated at T340 and T360 提交 2017-11-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 1–245（245 aa）链 H 1–245（245 aa）	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.1 M CaCl2, 13% Peg 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.287
6BQT Complex of 14-3-3 theta with an IRSp53 peptide doubly-phosphorylated at T340 and T360 提交 2017-11-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 1–245（245 aa）链 K 1–245（245 aa）	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.1 M CaCl2, 13% Peg 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.287
6KZG 14-3-3 protein in Complex with CIC S301 phosphorylated peptide 提交 2019-09-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–234（233 aa）链 B 2–234（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；8% v/v TacsimateTM pH 6.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.231
6KZH 14-3-3 protein in Complex with CIC S173 phosphorylated peptide 提交 2019-09-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–234（233 aa）链 B 2–234（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.65 Å R-free 0.274
7QI1 Crystal structure of human 14-3-3 protein beta in complex with CFTR peptide pS753pS768 and PPI stabilizer CY007424 提交 2021-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 1–230（230 aa）链 B 1–230（230 aa）链 C 1–230（230 aa）链 D 1–230（230 aa）	未记录	ARG ARGININE × 2 Q95 [2-(2-methylphenyl)sulfanylphenyl]methanamine × 2 TYR TYROSINE × 2 GLN GLUTAMINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Qiagen Cryos Suite #44 (0.09 M HEPES sodium salt pH7.5, 1.26M tri-sodium citrate, 10% (v/v) glycerol) with an extra 2% (v/v) of glycerol.	分辨率 1.76 Å R-free 0.241

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	1433T_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 B； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 E； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 F； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6bcr
沉积日期 deposition_date	2017-10-20
结构标题 title	Complex of 14-3-3 theta with an IRSp53 peptide phosphorylated at T340
关键词 keywords	phosphate binding protein, protein complex, cytoskeleton regulation, cell motility, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.22 Å
零角强度 I(0) i0	197236000.00
分子量 molecular_weight	111470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	139270 Å³
包络体积 envelope_volume	181010 Å³
水化壳体积 shell_volume	45923 Å³
包络直径 envelope_diameter	118.4 Å
壳层 Rg shell_rg	39.54 Å
包络 Rg envelope_rg	32.96 Å
形状 Rg shape_rg	33.26 Å
总 Rg total_rg	33.59 Å
总原子数 total_atoms	15603
残基数 n_residues	955
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.3 Å
Rg (实空间) rg_real	33.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9720e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3140e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	197200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8709
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.339
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.106
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.838; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.806

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	14-3-3 protein theta
分子量 formula_weight	27795.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,F
原子数 atom_count	16436

MEKTELIQKAKLAEQAERYDDMATCMKAVTEQGAELSNEERNLLSVAYKNVVGGRRSAWRVISSIEQKTDTSDKKLQLIKDYREKVESELRSICTTVLELLDKYLIANATNPESKVFYLKMKGDYFRYLAEVACGDDRKQTIDNSQGAYQEAFDISKKEMQPTHPIRLGLALNFSVFYYEILNNPELACTLAKTAFDEAIAELDTLNEDSYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDSAGEECDAAEGAEN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Insulin receptor substrate protein of 53 kDa, peptide (IRSp53)
分子量 formula_weight	1648.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,G,H

LSDSYSNTLPVRKS

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	TRIFLUOROETHANOL
分子量 formula_weight	100.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	517

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6bcrA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 14-3-3 domain

结构域编号 domain_id	6bcrB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 14-3-3 domain

结构域编号 domain_id	6bcrE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 14-3-3 domain

结构域编号 domain_id	6bcrF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 14-3-3 domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.007 Å
晶胞边长 b length_b	69.114 Å
晶胞边长 c length_c	84.560 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	105.25 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.72 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	115.04 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.986 Å
最低分辨率 resolution_low	31.288 Å
R 因子 r_factor	0.1963
R_work r_work	0.1946
R_free r_free	0.2291

fit	/app/data/saxs_computation/bc/6bcr/6bcr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bc/6bcr/6bcr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bc/6bcr/6bcr.dat

Complex of 14-3-3 theta with an IRSp53 peptide phosphorylated at T340

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

14-3-3 protein theta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)