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6bie

MISREADING CHAPERONE-SUBSTRATE COMPLEXES FROM RANDOM NOISE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 66.7 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Periplasmic chaperone Spy

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P77754

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 52–147 链 B； UniProt 52–147 片段：UNP RESIDUES 52-147 ZN ZINC ION × 13 CL CHLORIDE ION × 7 IMD IMIDAZOLE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；273 K；PEG 3000, IMIDAZOLE, ZINC ACETATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K 分辨率 1.77 Å R-free 0.248
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 52–147 链 B； UniProt 52–147 片段：UNP RESIDUES 52-147 ZN ZINC ION × 26 CL CHLORIDE ION × 14 IMD IMIDAZOLE × 6 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；273 K；PEG 3000, IMIDAZOLE, ZINC ACETATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K 分辨率 1.77 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6BIE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5WNW Chaperone Spy bound to Im7 6-45 ensemble 提交 2017-08-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 52–147（96 aa） 片段：UNP residues 52-147
链 B 52–147（96 aa） 片段：UNP residues 52-147
未记录 IMD IMIDAZOLE × 3 ZN ZINC ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；PEG 3000, imidazole, zinc acetate
分辨率 1.79 Å R-free 0.238
5WO1 Chaperone Spy H96L bound to Im7 L18A L19A L37A (Im7 un-modeled) 提交 2017-08-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 52–147（96 aa） 片段：UNP residues 52-147
链 B 52–147（96 aa） 片段：UNP residues 52-147
未记录 IMD IMIDAZOLE × 5 ZN ZINC ION × 27 CL CHLORIDE ION × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；PEG 3000, imidazole, zinc acetate
分辨率 1.87 Å R-free 0.248
5WO2 Chaperone Spy bound to Casein Fragment (Casein un-modeled) 提交 2017-08-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 52–147（96 aa） 片段：UNP residues 52-147
链 B 52–147（96 aa） 片段：UNP residues 52-147
未记录 IMD IMIDAZOLE × 6 ZN ZINC ION × 16 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；PEG 3000, imidazole, zinc acetate
分辨率 1.77 Å R-free 0.252
5WO3 Chaperone Spy bound to Im7 (Im7 un-modeled) 提交 2017-08-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 52–147（96 aa） 片段：UNP residues 52-147
链 B 52–147（96 aa） 片段：UNP residues 52-147
未记录 ZN ZINC ION × 12 CL CHLORIDE ION × 2 IMD IMIDAZOLE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；PEG 3000, imidazole, zinc acetate
分辨率 1.87 Å R-free 0.253
6OWX Spy H96L:Im7 L18pI-Phe complex; multiple anomalous datasets contained herein for element identification 提交 2019-05-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 52–147（96 aa）
链 B 52–147（96 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 13 CL CHLORIDE ION × 2 IMD IMIDAZOLE × 5 IOD IODIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-34% PEG 3000, 70-270 mM zinc acetate, and 0.1 M imidazole, pH 8.0
分辨率 2.06 Å R-free 0.277
6OWY Spy H96L:Im7 K20pI-Phe complex; multiple anomalous datasets contained herein for element identification 提交 2019-05-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 52–147（96 aa）
链 B 52–147（96 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 11 CL CHLORIDE ION × 2 IMD IMIDAZOLE × 3 IOD IODIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-34% PEG 3000, 70-270 mM zinc acetate, and 0.1 M imidazole, pH 8.0
分辨率 2.07 Å R-free 0.273
6OWZ Spy H96L:Im7 L19pI-Phe complex; multiple anomalous datasets contained herein for element identification 提交 2019-05-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 52–147（96 aa）
链 B 52–147（96 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 11 CL CHLORIDE ION × 2 IMD IMIDAZOLE × 3 IOD IODIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-34% PEG 3000, 70-270 mM zinc acetate, and 0.1 M imidazole, pH 8.0
分辨率 2.05 Å R-free 0.255

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPY_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–97； UniProt 52–147 作者链 B； PDB构建体 2–97； UniProt 52–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6bie

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6bie
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6bie
沉积日期 deposition_date2017-11-01
结构标题 titleMISREADING CHAPERONE-SUBSTRATE COMPLEXES FROM RANDOM NOISE
关键词 keywordsCHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.65 Å
零角强度 I(0) i012648300.00
分子量 molecular_weight24342.0 kDa
排除体积 excluded_volume29403 ų
包络体积 envelope_volume38926 ų
水化壳体积 shell_volume16738 ų
包络直径 envelope_diameter68.7 Å
壳层 Rg shell_rg25.72 Å
包络 Rg envelope_rg20.13 Å
形状 Rg shape_rg20.66 Å
总 Rg total_rg21.30 Å
总原子数 total_atoms3300
残基数 n_residues194
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax66.7 Å
Rg (实空间) rg_real21.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2650e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7880e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal12650000.0000
解质量估计 total_estimate0.9041
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.6 Å
偏度 Skewness skewness0.347
峰度 Kurtosis kurtosis-0.518
角度范围 angular_range— – 0.3750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1776000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.954; Smooth: 0.985
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6bieA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1490 —
结构域编号 domain_id6bieB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1490 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)