SAXSdb — 6bjy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoprotein

Vesicular stomatitis Indiana virus (strain San Juan)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 5 RNA 1	RNA (45-MER) × 1 ;4-{[4-(acetylamino)-1-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl]amino}-1-methyl-N-{4-[(1-methyl-1H-pyrrol-3-yl)amino]-4-oxobutyl}-1H-imidazole-2-carboxamide ; × 1 URANYL (VI) ION × 15	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NCAP_VSIVA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–421； UniProt 2–422 作者链 B； PDB构建体 1–421； UniProt 2–422 作者链 C； PDB构建体 1–421； UniProt 2–422 作者链 D； PDB构建体 1–421； UniProt 2–422 作者链 E； PDB构建体 1–421； UniProt 2–422

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6bjy
沉积日期 deposition_date	2017-11-07
结构标题 title	VSV Nucleocapsid with Polyamide Bound
关键词 keywords	VSV, nucleocapisd, nucleocapsid-like particle, RNA BINDING PROTEIN, rna binding protein-rna complex; rna binding protein/rna
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6bjy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6bjy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6bjy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.94 Å
Rg（电子密度）	47.08 Å
总 Rg	47.37 Å
原子数	17494
残基数	2131
排除体积	309380 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6bjy__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA (45-MER)
分子量 formula_weight	13732.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R
原子数 atom_count	17494

UUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUU

来源 Source

来源生物 organism	Vesicular stomatitis Indiana virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11277
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nucleoprotein
分子量 formula_weight	47332.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E

SVTVKRIIDNTVIVPKLPANEDPVEYPADYFRKSKEIPLYINTTKSLSDLRGYVYQGLKSGNVSIIHVNSYLYGALKDIRGKLDKDWSSFGINIGKAGDTIGIFDLVSLKALDGVLPDGVSDASRTSADDKWLPLYLLGLYRVGRTQMPEYRKKLMDGLTNQCKMINEQFEPLVPEGRDIFDVWGNDSNYTKIVAAVDMFFHMFKKHECASFRYGTIVSRFKDCAALATFGHLCKITGMSTEDVTTWILNREVADEMVQMMLPGQEIDKADSYMPYLIDFGLSSKSPYSSVKNPAFHFWGQLTALLLRSTRARNARQPDDIEYTSLTTAGLLYAYAVGSSADLAQQFCVGDNKYTPDDSTGGLTTNAPPQGRDVVEWLGWFEDQNRKPTPDMMQYAKRAVMSLQGLREKTIGKYAKSEFDK

来源 Source

来源生物 organism	Vesicular stomatitis Indiana virus (strain San Juan)
通用名 common_name	VSIV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11285
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;4-{[4-(acetylamino)-1-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl]amino}-1-methyl-N-{4-[(1-methyl-1H-pyrrol-3-yl)amino]-4-oxobutyl}-1H-imidazole-2-carboxamide ;
分子量 formula_weight	468.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	URANYL (VI) ION
分子量 formula_weight	270.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	6bjyA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3570 — Rhabdovirus nucleoprotein-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhabdovirus nucleocapsid protein like domain

结构域编号 domain_id	6bjyA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3610 — Rhabdovirus nucleoprotein-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoprotein

结构域编号 domain_id	6bjyB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3570 — Rhabdovirus nucleoprotein-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhabdovirus nucleocapsid protein like domain

结构域编号 domain_id	6bjyB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3610 — Rhabdovirus nucleoprotein-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoprotein

结构域编号 domain_id	6bjyC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3570 — Rhabdovirus nucleoprotein-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhabdovirus nucleocapsid protein like domain

结构域编号 domain_id	6bjyC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3610 — Rhabdovirus nucleoprotein-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoprotein

结构域编号 domain_id	6bjyD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3570 — Rhabdovirus nucleoprotein-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhabdovirus nucleocapsid protein like domain

结构域编号 domain_id	6bjyD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3610 — Rhabdovirus nucleoprotein-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoprotein

结构域编号 domain_id	6bjyE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3570 — Rhabdovirus nucleoprotein-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhabdovirus nucleocapsid protein like domain

结构域编号 domain_id	6bjyE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3610 — Rhabdovirus nucleoprotein-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoprotein

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晶胞边长 a length_a	75.480 Å
晶胞边长 b length_b	165.480 Å
晶胞边长 c length_c	234.460 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.460 Å
最低分辨率 resolution_low	46.295 Å
R 因子 r_factor	0.2681
R_work r_work	0.2656
R_free r_free	0.3107

VSV Nucleocapsid with Polyamide Bound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6bjy__assembly_1__model_1

6bjy__assembly_1__model_1 | I(q)

6bjy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

VSV Nucleocapsid with Polyamide Bound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6bjy__assembly_1__model_1

6bjy__assembly_1__model_1 | I(q)

6bjy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)