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6bnt

Crystal structure of AP2 mu1 adaptin C-terminal domain with IRS-1 peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 86.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AP-2 complex subunit mu

Homo sapiens

UniProt Q96CW1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 158–433 片段：C-terminal domain (UNP residues 158-433) Insulin receptor substrate 1 × 1 （P35568） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.0 M sodium malonate, pH 5.0, 0.1 M sodium acetate tri-hydrate, pH 4.5, 2% w/v PEG20000 分辨率 3.20 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6BNT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6URI HIV-1 Nef in complex with the CD4 cytoplasmic domain and the AP2 clathrin adaptor complex 提交 2019-10-23 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 M 1–135（135 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.9；298 K；15% Peg 4000, 0.2M potassium chloride, ~10% 1,6-hexanediol, 0.1M HEPES
分辨率 3.00 Å R-free 0.277

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AP2M1_HUMAN
Isoform Q96CW1-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 40–315； UniProt 158–433

Insulin receptor substrate 1

Homo sapiens

UniProt P35568

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 607–620 片段：UNP residues 607-620 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） AP-2 complex subunit mu × 1 （Q96CW1） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.0 M sodium malonate, pH 5.0, 0.1 M sodium acetate tri-hydrate, pH 4.5, 2% w/v PEG20000 分辨率 3.20 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6BNT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1IRS IRS-1 PTB DOMAIN COMPLEXED WITH A IL-4 RECEPTOR PHOSPHOPEPTIDE, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 157–267（111 aa） 片段：PTB DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1K3A Structure of the Insulin-like Growth Factor 1 Receptor Kinase 提交 2001-10-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 891–902（12 aa）
未记录 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 8000, sodium chloride, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.10 Å R-free 0.251
1QQG CRYSTAL STRUCTURE OF THE PH-PTB TARGETING REGION OF IRS-1 提交 1999-06-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 4–267（264 aa） 片段：PH-PTB (N-TERMINAL DOMAIN)
链 B 4–267（264 aa） 片段：PH-PTB (N-TERMINAL DOMAIN)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；1.7M SODIUM PHOSPHATE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K
分辨率 2.30 Å R-free 0.247
2Z8C Phosphorylated insulin receptor tyrosine kinase in complex with (4-{[5-carbamoyl-4-(3-methylanilino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)acetic acid 提交 2007-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 731–736（6 aa）
未记录 S91 [4-({5-(AMINOCARBONYL)-4-[(3-METHYLPHENYL)AMINO]PYRIMIDIN-2-YL}AMINO)PHENYL]ACETIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.25 Å R-free 0.292
5U1M Structure of the IRS-1 PTB Domain Bound to the Juxtamembrane Region of the Insulin Receptor 提交 2016-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 161–265（105 aa） 片段：PTB domain (UNP residues 161-265)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；ammonium sulfate
分辨率 1.80 Å
7PPL SHP2 catalytic domain in complex with IRS1 (625-639) phosphopeptide (pTyr-632, pSer-636) 提交 2021-09-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 625–639（15 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 5 EOH ETHANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；10% PEG 20000, 100mM HEPES buffer pH 7.5, 50mM EDTA
分辨率 1.53 Å R-free 0.197
7PPM SHP2 catalytic domain in complex with IRS1 (889-901) phosphopeptide (pSer-892, pTyr-896) 提交 2021-09-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 889–901（13 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；10% PEG 20000, 100mM Citrate buffer pH 5.5, EDTA 50mM
分辨率 1.48 Å R-free 0.196

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IRS1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 2–15； UniProt 607–620

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6bnt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6bnt
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6bnt
沉积日期 deposition_date2017-11-17
结构标题 titleCrystal structure of AP2 mu1 adaptin C-terminal domain with IRS-1 peptide
关键词 keywordsAP2 mu1, IRS1, ENDOCYTOSIS; ENDOCYTOSIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.63 Å
零角强度 I(0) i014158300.00
分子量 molecular_weight29253.0 kDa
排除体积 excluded_volume37091 ų
包络体积 envelope_volume46424 ų
水化壳体积 shell_volume17949 ų
包络直径 envelope_diameter88.9 Å
壳层 Rg shell_rg28.49 Å
包络 Rg envelope_rg24.01 Å
形状 Rg shape_rg23.62 Å
总 Rg total_rg24.34 Å
总原子数 total_atoms2050
残基数 n_residues256
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax86.0 Å
Rg (实空间) rg_real24.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2280e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14160000.0000
解质量估计 total_estimate0.7716
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.5 Å
偏度 Skewness skewness0.600
峰度 Kurtosis kurtosis-0.247
角度范围 angular_range— – 0.3300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5391000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.570; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.467; Smooth: 0.849
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6bntA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1170 — Mu homology domain, subdomain B
结构域编号 domain_id6bntA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1170 — Mu homology domain, subdomain B
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)