SAXSdb — 6bw5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-N-acetylglucosamine--dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–408 链 B； UniProt 1–408	未记录	TUM Tunicamycin × 2 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；PEG400, calcium chloride	分辨率 3.10 Å R-free 0.288
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–408 链 D； UniProt 1–408	未记录	TUM Tunicamycin × 2 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；PEG400, calcium chloride	分辨率 3.10 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6BW5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5LEV Crystal structure of human UDP-N-acetylglucosamine-dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase (DPAGT1) (V264G mutant) 提交 2016-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–408（408 aa）	突变：V264G	UNL UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.1M bicine pH 9.0, 0.05M sodium chloride, 38% PEG300, 5mM Na2WO4	分辨率 3.20 Å R-free 0.240
5O5E Crystal structure of human UDP-N-acetylglucosamine-dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase (DPAGT1) (V264G mutant) in complex with tunicamycin 提交 2017-06-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–408（408 aa）	突变：V264G	P6L (2S)-3-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-2-[(6E)-HEXADEC-6-ENOYLOXY]PROPYL (8E)-OCTADEC-8-ENOATE × 2 9LH Tunicamycin × 2 UNL UNKNOWN LIGAND × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1M bicine pH 8.5 -- 0.05M sodium chloride -- 36% PEG200	分辨率 3.40 Å R-free 0.236
6BW6 Human GPT (DPAGT1) H129 variant in complex with tunicamycin 提交 2017-12-14	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–408（408 aa）链 B 1–408（408 aa）	未记录	TUM Tunicamycin × 2 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；PEG400, calcium chloride	分辨率 2.95 Å R-free 0.291
6BW6 Human GPT (DPAGT1) H129 variant in complex with tunicamycin 提交 2017-12-14	结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–408（408 aa）链 D 1–408（408 aa）	未记录	TUM Tunicamycin × 2 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；PEG400, calcium chloride	分辨率 2.95 Å R-free 0.291
6FM9 Crystal structure of human UDP-N-acetylglucosamine-dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase (DPAGT1) 提交 2018-01-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–408（408 aa）	未记录	P6L (2S)-3-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-2-[(6E)-HEXADEC-6-ENOYLOXY]PROPYL (8E)-OCTADEC-8-ENOATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.05M ADA pH 6.5 -- 24% PEG400	分辨率 3.60 Å R-free 0.270
6FWZ Crystal structure of human UDP-N-acetylglucosamine-dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase (DPAGT1) (V264G mutant) in complex with UDP-GlcNAc 提交 2018-03-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–408（408 aa）	突变：V264G	MG MAGNESIUM ION × 2 UD1 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 2 UNL UNKNOWN LIGAND × 2 P6L (2S)-3-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-2-[(6E)-HEXADEC-6-ENOYLOXY]PROPYL (8E)-OCTADEC-8-ENOATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.1M bicine pH 9.0 -- 0.05M sodium chloride -- 37.5% PEG300	分辨率 3.10 Å R-free 0.236
9ZNN Cryo-EM structure of human UDP-N-acetylglucosamine-dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase (DPAGT1) in complex with APPB 提交 2025-12-14	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–408（408 aa）链 B 1–408（408 aa）	未记录	A1C3G 4-({(2S,3S)-1-amino-3-{[(2S,3R,4S,5R)-5-(aminomethyl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]oxy}-3-[(2S,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]-1-oxopropan-2-yl}amino)-N-[(4-{4-[4-(trifluoromethoxy)phenoxy]piperidin-1-yl}phenyl)methyl]butanamide (non-preferred name) × 2 A1C3H (2R)-3-{[(S)-[(2R)-2,3-dihydroxypropoxy](hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-{[(9Z)-octadec-9-enoyl]oxy}propyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 200 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 0.022% (w/v) DDM, and 2 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；2-3 uL of sample distributed on grid with blot force +8 and blot time 3 seconds	分辨率 2.90 Å

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GPT_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–408； UniProt 1–408 作者链 B； PDB构建体 1–408； UniProt 1–408 作者链 C； PDB构建体 1–408； UniProt 1–408 作者链 D； PDB构建体 1–408； UniProt 1–408

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6bw5
沉积日期 deposition_date	2017-12-14
结构标题 title	Human GPT (DPAGT1) in complex with tunicamycin
关键词 keywords	N-linked glycosylation, endoplasmic reticulum, tunicamycin, natural product, TRANSFERASE, TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex; TRANSFERASE/ANTIBIOTIC
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.01 Å
零角强度 I(0) i0	317933000.00
分子量 molecular_weight	163290.0 kDa
排除体积 excluded_volume	211330 Å³
包络体积 envelope_volume	262380 Å³
水化壳体积 shell_volume	55757 Å³
包络直径 envelope_diameter	129.0 Å
壳层 Rg shell_rg	45.49 Å
包络 Rg envelope_rg	37.69 Å
形状 Rg shape_rg	38.04 Å
总 Rg total_rg	38.37 Å
总原子数 total_atoms	22942
残基数 n_residues	1484
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.8 Å
Rg (实空间) rg_real	38.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	317900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8916
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.300
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.468
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	52390000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.905

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	UDP-N-acetylglucosamine--dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase
分子量 formula_weight	47160.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.8.15
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	22942

MWAFSELPMPLLINLIVSLLGFVATVTLIPAFRGHFIAARLCGQDLNKTSRQQIPESQGVISGAVFLIILFCFIPFPFLNCFVKEQCKAFPHHEFVALIGALLAICCMIFLGFADDVLNLRWRHKLLLPTAASLPLLMVYFTNFGNTTIVVPKPFRPILGLHLDLGILYYVYMGLLAVFCTNAINILAGINGLEAGQSLVISASIIVFNLVELEGDCRDDHVFSLYFMIPFFFTTLGLLYHNWYPSRVFVGDTFCYFAGMTFAVVGILGHFSKTMLLFFMPQVFNFLYSLPQLLHIIPCPRHRIPRLNIKTGKLEMSYSKFKTKSLSFLGTFILKVAESLQLVTVHQSETEDGEFTECNNMTLINLLLKVLGPIHERNLTLLLLLLQILGSAITFSIRYQLVRLFYDVTNSLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	Tunicamycin
分子量 formula_weight	816.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	212.272 Å
晶胞边长 b length_b	105.512 Å
晶胞边长 c length_c	149.389 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.53 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	83.048 Å
R 因子 r_factor	0.2577
R_work r_work	0.2561
R_free r_free	0.2884

fit	/app/data/saxs_computation/bw/6bw5/6bw5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bw/6bw5/6bw5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bw/6bw5/6bw5.dat

Human GPT (DPAGT1) in complex with tunicamycin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-N-acetylglucosamine--dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction