SAXSdb — 6c6y

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein

Betacoronavirus England 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	JC57-14 Heavy chain × 1 JC57-14 Light chain × 1 SULFATE ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	JC57-14 Heavy chain × 1 JC57-14 Light chain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPIKE_CVEMC
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–208； UniProt 381–588 作者链 S； PDB构建体 1–208； UniProt 381–588

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6c6y
沉积日期 deposition_date	2018-01-19
结构标题 title	Crystal structure of Middle-East Respiratory Syndrome (MERS) coronavirus neutralizing antibody JC57-14 isolated from a vaccinated rhesus macaque in complex with MERS Receptor Binding Domain
关键词 keywords	antibody, neutralizing, vaccine, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6c6y__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6c6y__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6c6y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.60 Å
Rg（电子密度）	31.32 Å
总 Rg	31.96 Å
原子数	4868
残基数	636
排除体积	86307 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6c6y__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6c6y__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	JC57-14 Heavy chain
分子量 formula_weight	23074.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,H
原子数 atom_count	9703

QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCAVSGDSISSNYWSWIRQPPGKGLEWIGRFSGSGGSTDFNPSLKSRVTISTDTSKNQFSLNLRSVTAADTAVYYCAKTYSGTFDYWGQGVLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGSLTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYVCNVNHKPSNTKVDKRVEIA

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus monkey
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	JC57-14 Light chain
分子量 formula_weight	23571.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,L

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDINNYLSWYQQKPGKAPKPLIYYASSLETGVPSRFSGSRSGTDYTLTISSLQLEDFATYYCQQYNNSPYSFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSEDQVKSGTVSVVCLLNNFYPREASVKWKVDGALKTGNSQESVTEQDSKDNTYSLSSTLTLSSTEYQSHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus monkey
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Spike glycoprotein
分子量 formula_weight	22964.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,S

VECDFSPLLSGTPPQVYNFKRLVFTNCNYNLTKLLSLFSVNDFTCSQISPAAIASNCYSSLILDYFSYPLSMKSDLSVSSAGPISQFNYKQSFSNPTCLILATVPHNLTTITKPLKYSYINKCSRFLSDDRTEVPQLVNANQYSPCVSIVPSTVWEDGDYYRKQLSPLEGGGWLVASGSTVAMTEQLQMGFGITVQYGTDTNSVCPKL

来源 Source

来源生物 organism	Betacoronavirus England 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1263720
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	6c6yA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6c6yB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6c6yB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6c6yH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6c6yL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6c6yL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6c6yR01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1840 — Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain

结构域编号 domain_id	6c6yR02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	210 — ubp-family deubiquitinating enzyme fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	6c6yS01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1840 — Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain

结构域编号 domain_id	6c6yS02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	210 — ubp-family deubiquitinating enzyme fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

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晶胞边长 a length_a	81.580 Å
晶胞边长 b length_b	148.070 Å
晶胞边长 c length_c	259.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.320 Å
最低分辨率 resolution_low	42.440 Å
R 因子 r_factor	0.2340
R_work r_work	0.2320
R_free r_free	0.2670

Crystal structure of Middle-East Respiratory Syndrome (MERS) coronavirus neutralizing antibody JC57-14 isolated from a vaccinated rhesus macaque in complex with MERS Receptor Binding Domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6c6y__assembly_1__model_1

6c6y__assembly_1__model_1 | I(q)

6c6y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Middle-East Respiratory Syndrome (MERS) coronavirus neutralizing antibody JC57-14 isolated from a vaccinated rhesus macaque in complex with MERS Receptor Binding Domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6c6y__assembly_1__model_1

6c6y__assembly_1__model_1 | I(q)

6c6y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)