SAXSdb — 6cga

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase calypso

Drosophila melanogaster

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Polycomb protein Asx × 2 （Q9V727）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CALYP_DROME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–365； UniProt 43–404 作者链 C； PDB构建体 4–365； UniProt 43–404

Polycomb protein Asx

Drosophila melanogaster

UniProt Q9V727

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase calypso × 2 （Q7K5N4）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ASX_DROME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–134； UniProt 207–340 作者链 D； PDB构建体 1–134； UniProt 207–340

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6cga
沉积日期 deposition_date	2018-02-19
结构标题 title	Structure of the PR-DUB complex
关键词 keywords	DUB complex, nucleosome binding protein, hetero-tetramer, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6cga__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6cga__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6cga__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.18 Å
Rg（电子密度）	35.91 Å
总 Rg	36.45 Å
原子数	5875
残基数	728
排除体积	104480 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6cga__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase calypso
分子量 formula_weight	41081.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	5885

GPGADGWLELESDPGLFTLLLKDFGCHDVQVEEVYDLQKPIESPYGFIFLFRWIEERRARRKIVETTAEIFVKDEEAISSIFFAQQVVPNSCATHALLSVLLNCNENNLQLGDTLSRLKTHTKGMSPENKGLAIGNTPELACAHNSHAMPQARRRLERTGAGVSSCRFTGEAFHFVSFVPINGQLFELDGLKPYPMNHGGWEDSEDWTDKFRRVMAERLGIATGEQDIRFNLMAVVPDRRIAITHKLKMLRTNQAIVSGTLQKLLKADEQGESGNGDSQRPDTPTTLLEPSAFTARDLQSLLKNLDTEIAINEQHLADENDRRHMFKVDASRRTHNYDKFICTFLSMLAHQGVLGELVSQHLLPS

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Polycomb protein Asx
分子量 formula_weight	15228.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

DGKIDLETPDSILASTNLRALLNKQTFSLLPPLYQYNLIQLLPSVDREASELEQPSSSASGGSPSEAIRLSASCLNNEFFARACLEWRERLSEGEFTPENQLKLKTEAEREKNKLDPWKLKHFEPFWGEKNSRG

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6cgaA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	532 — Ubiquitin C-terminal Hydrolase UCH-l3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase

结构域编号 domain_id	6cgaC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	532 — Ubiquitin C-terminal Hydrolase UCH-l3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase

结构域编号 domain_id	6cgaC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	860 —

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晶胞边长 a length_a	150.170 Å
晶胞边长 b length_b	65.630 Å
晶胞边长 c length_c	162.760 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	114.35 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	43.672 Å
R 因子 r_factor	0.2465
R_work r_work	0.2442
R_free r_free	0.2940

Structure of the PR-DUB complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase calypso

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Polycomb protein Asx

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6cga__assembly_1__model_1

6cga__assembly_1__model_1 | I(q)

6cga__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the PR-DUB complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase calypso

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polycomb protein Asx

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6cga__assembly_1__model_1

6cga__assembly_1__model_1 | I(q)

6cga__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)