SAXSdb — 6chb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein gp41

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Envelope glycoprotein gp120 × 3 （Q2N0S6） BG18 Heavy Chain × 3 BG18 Light Chain × 3 IOMA Heavy Chain × 3 IOMA Light Chain × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q2N0S7_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–153； UniProt 509–661 作者链 B； PDB构建体 1–153； UniProt 509–661 作者链 C； PDB构建体 1–153； UniProt 509–661

Envelope glycoprotein gp120

Human immunodeficiency virus 1

UniProt Q2N0S6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Envelope glycoprotein gp41 × 3 （Q2N0S7） BG18 Heavy Chain × 3 BG18 Light Chain × 3 IOMA Heavy Chain × 3 IOMA Light Chain × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q2N0S6_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–479； UniProt 30–508 作者链 G； PDB构建体 1–479； UniProt 30–508 作者链 H； PDB构建体 1–479； UniProt 30–508

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6chb
沉积日期 deposition_date	2018-02-22
结构标题 title	Crystal structure of a natively-glycosylated BG505 SOSIP.664 HIV-1 Envelope Trimer in complex with the broadly-neutralizing antibodies BG18 and IOMA
关键词 keywords	Env glycoprotein, broadly neutralizing antibodies, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6chb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6chb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6chb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	62.31 Å
Rg（电子密度）	62.43 Å
总 Rg	62.37 Å
原子数	28753
残基数	3722
排除体积	509160 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6chb__assembly_1__model_1`	octadecameric （18）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein gp41
分子量 formula_weight	17162.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A,C
原子数 atom_count	28753

AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAIEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein gp120
分子量 formula_weight	53693.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,F,H

AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGREKR

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	BG18 Heavy Chain
分子量 formula_weight	26158.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,I,Q

QVQLRESGPGLVKPSETLSLSCTVSQDSRPSDHSWTWVRQSPGKALEWIGDIHYNGATTYNPSLRSRVRIELDQSIPRFSLKMTSMTAADTGMYYCARNAIRIYGVVALGEWFHYGMDVWGQGTAVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	BG18 Light Chain
分子量 formula_weight	23021.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L,R

WASSELTQPPSVSVSPGQTARITCSGAPLTSRFTYWYRQKPGQAPVLIISRSSQRSSGWSGRFSASWSGTTVTLTIRGVQADDEADYYCQSSDTSDSYKMFGGGTKLTVLGQPAAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHKSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	IOMA Heavy Chain
分子量 formula_weight	25176.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,M,O

EVQLVESGAQVKKPGASVTVSCTASGYKFTGYHMHWVRQAPGRGLEWMGWINPFRGAVKYPQNFRGRVSMTRDTSMEIFYMELSRLTSDDTAVYYCAREMFDSSADWSPWRGMVAWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	IOMA Light Chain
分子量 formula_weight	22592.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,N,P

QSALTQPASVSGSPGQSITISCAGSSRDVGGFDLVSWYQQHPGKAPKLIIYEVNKRPSGISSRFSASKSGNTASLTISGLQEEDEAHYYCYSYADGVAFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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晶胞边长 a length_a	176.752 Å
晶胞边长 b length_b	176.752 Å
晶胞边长 c length_c	458.039 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	6.801 Å
最低分辨率 resolution_low	39.631 Å
R 因子 r_factor	0.3232
R_work r_work	0.3179
R_free r_free	0.4167

Crystal structure of a natively-glycosylated BG505 SOSIP.664 HIV-1 Envelope Trimer in complex with the broadly-neutralizing antibodies BG18 and IOMA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein gp41

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Envelope glycoprotein gp120

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6chb__assembly_1__model_1

6chb__assembly_1__model_1 | I(q)

6chb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of a natively-glycosylated BG505 SOSIP.664 HIV-1 Envelope Trimer in complex with the broadly-neutralizing antibodies BG18 and IOMA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein gp41

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Envelope glycoprotein gp120

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6chb__assembly_1__model_1

6chb__assembly_1__model_1 | I(q)

6chb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)