6chn

Phosphopantetheine adenylyltransferase (CoaD) in complex with methyl (R)-4-(3-(2-cyano-1-((5-methyl-7-oxo-4,7-dihydro-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-2-yl)amino)ethyl)phenoxy)piperidine-1-carboxylate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 78.3 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphopantetheine adenylyltransferase

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–159 链 B； UniProt 1–159	未记录	F1D methyl 4-(3-{(1R)-2-cyano-1-[(5-methyl-7-oxo-6,7-dihydro[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-2-yl)amino]ethyl}phenoxy)piperidine-1-carboxylate × 6 SO4 SULFATE ION × 15 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 2.03 Å R-free 0.199
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–159 链 B； UniProt 1–159	未记录	F1D methyl 4-(3-{(1R)-2-cyano-1-[(5-methyl-7-oxo-6,7-dihydro[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-2-yl)amino]ethyl}phenoxy)piperidine-1-carboxylate × 24 SO4 SULFATE ION × 60 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 12 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 2.03 Å R-free 0.199

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6CHN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B6T PHOSPHOPANTETHEINE ADENYLYLTRANSFERASE IN COMPLEX WITH 3'-DEPHOSPHO-COA FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1999-01-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 9 COD DEPHOSPHO COENZYME A × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；pH 5.	分辨率 1.80 Å R-free 0.235
5JBN Crystal Structure of Apo Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) from E. coli 提交 2016-04-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 18 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M ammonium sulfate, 0.25 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 1.45 Å R-free 0.182
6B7A Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 2-methyl-1H-benzo[d]imidazol-4-ol 提交 2017-10-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	CWM 2-methyl-1H-benzimidazol-7-ol × 6 SO4 SULFATE ION × 15 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9 CL CHLORIDE ION × 3 POP PYROPHOSPHATE 2- × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE	分辨率 1.99 Å R-free 0.199
6B7A Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 2-methyl-1H-benzo[d]imidazol-4-ol 提交 2017-10-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	CWM 2-methyl-1H-benzimidazol-7-ol × 2 SO4 SULFATE ION × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 CL CHLORIDE ION × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE	分辨率 1.99 Å R-free 0.199
6B7A Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 2-methyl-1H-benzo[d]imidazol-4-ol 提交 2017-10-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	CWM 2-methyl-1H-benzimidazol-7-ol × 24 SO4 SULFATE ION × 60 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 36 CL CHLORIDE ION × 12 POP PYROPHOSPHATE 2- × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE	分辨率 1.99 Å R-free 0.199
6B7A Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 2-methyl-1H-benzo[d]imidazol-4-ol 提交 2017-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–159（159 aa）	未记录	CWM 2-methyl-1H-benzimidazol-7-ol × 3 SO4 SULFATE ION × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE	分辨率 1.99 Å R-free 0.199
6B7A Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 2-methyl-1H-benzo[d]imidazol-4-ol 提交 2017-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–159（159 aa）	未记录	CWM 2-methyl-1H-benzimidazol-7-ol × 3 SO4 SULFATE ION × 9 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 POP PYROPHOSPHATE 2- × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE	分辨率 1.99 Å R-free 0.199
6B7B Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 5-methoxy-2-methyl-1H-indole 提交 2017-10-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	CWJ 5-methoxy-2-methyl-1H-indole × 6 SO4 SULFATE ION × 12 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 6 POP PYROPHOSPHATE 2- × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE	分辨率 1.98 Å R-free 0.197
6B7B Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 5-methoxy-2-methyl-1H-indole 提交 2017-10-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	CWJ 5-methoxy-2-methyl-1H-indole × 2 SO4 SULFATE ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE	分辨率 1.98 Å R-free 0.197
6B7B Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 5-methoxy-2-methyl-1H-indole 提交 2017-10-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	CWJ 5-methoxy-2-methyl-1H-indole × 24 SO4 SULFATE ION × 48 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 24 POP PYROPHOSPHATE 2- × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE	分辨率 1.98 Å R-free 0.197
6B7C Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with N-((1,3-dimethyl-1H-pyrazol-5-yl)methyl)-5-methyl-1H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-amine 提交 2017-10-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	CWP N-[(1,3-dimethyl-1H-pyrazol-5-yl)methyl]-5-methyl-3H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-amine × 6 SO4 SULFATE ION × 12 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9 POP PYROPHOSPHATE 2- × 6 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE	分辨率 1.56 Å R-free 0.199
6B7C Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with N-((1,3-dimethyl-1H-pyrazol-5-yl)methyl)-5-methyl-1H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-amine 提交 2017-10-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	CWP N-[(1,3-dimethyl-1H-pyrazol-5-yl)methyl]-5-methyl-3H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-amine × 2 SO4 SULFATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 POP PYROPHOSPHATE 2- × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE	分辨率 1.56 Å R-free 0.199
6B7C Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with N-((1,3-dimethyl-1H-pyrazol-5-yl)methyl)-5-methyl-1H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-amine 提交 2017-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–159（159 aa）	未记录	CWP N-[(1,3-dimethyl-1H-pyrazol-5-yl)methyl]-5-methyl-3H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-amine × 3 SO4 SULFATE ION × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 POP PYROPHOSPHATE 2- × 3 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE	分辨率 1.56 Å R-free 0.199
6B7C Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with N-((1,3-dimethyl-1H-pyrazol-5-yl)methyl)-5-methyl-1H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-amine 提交 2017-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–159（159 aa）	未记录	CWP N-[(1,3-dimethyl-1H-pyrazol-5-yl)methyl]-5-methyl-3H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-amine × 3 SO4 SULFATE ION × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 POP PYROPHOSPHATE 2- × 3 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE	分辨率 1.56 Å R-free 0.199
6B7D Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 3-(4-chlorophenyl)-6-methoxy-4,5-dimethylpyridazine 提交 2017-10-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	CWG 3-(4-chlorophenyl)-6-methoxy-4,5-dimethylpyridazine × 3 SO4 SULFATE ION × 21 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 K POTASSIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE	分辨率 1.80 Å R-free 0.197
6B7D Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 3-(4-chlorophenyl)-6-methoxy-4,5-dimethylpyridazine 提交 2017-10-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	CWG 3-(4-chlorophenyl)-6-methoxy-4,5-dimethylpyridazine × 1 SO4 SULFATE ION × 7 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE	分辨率 1.80 Å R-free 0.197
6B7D Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 3-(4-chlorophenyl)-6-methoxy-4,5-dimethylpyridazine 提交 2017-10-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	CWG 3-(4-chlorophenyl)-6-methoxy-4,5-dimethylpyridazine × 12 SO4 SULFATE ION × 84 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 12 K POTASSIUM ION × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE	分辨率 1.80 Å R-free 0.197
6B7D Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 3-(4-chlorophenyl)-6-methoxy-4,5-dimethylpyridazine 提交 2017-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–159（159 aa）	未记录	CWG 3-(4-chlorophenyl)-6-methoxy-4,5-dimethylpyridazine × 3 SO4 SULFATE ION × 6 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE	分辨率 1.80 Å R-free 0.197
6B7D Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 3-(4-chlorophenyl)-6-methoxy-4,5-dimethylpyridazine 提交 2017-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–159（159 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 15 K POTASSIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE	分辨率 1.80 Å R-free 0.197
6B7E Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with (R)-4-(5-(difluoromethyl)-1H-imidazol-1-yl)-3,3-dimethylisochroman-1-one 提交 2017-10-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 21 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 6 CWA (4R)-4-[5-(difluoromethyl)-1H-imidazol-1-yl]-3,3-dimethyl-3,4-dihydro-1H-2-benzopyran-1-one × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE	分辨率 2.10 Å R-free 0.206
6B7E Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with (R)-4-(5-(difluoromethyl)-1H-imidazol-1-yl)-3,3-dimethylisochroman-1-one 提交 2017-10-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 7 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 CWA (4R)-4-[5-(difluoromethyl)-1H-imidazol-1-yl]-3,3-dimethyl-3,4-dihydro-1H-2-benzopyran-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE	分辨率 2.10 Å R-free 0.206
6B7E Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with (R)-4-(5-(difluoromethyl)-1H-imidazol-1-yl)-3,3-dimethylisochroman-1-one 提交 2017-10-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 84 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 24 CWA (4R)-4-[5-(difluoromethyl)-1H-imidazol-1-yl]-3,3-dimethyl-3,4-dihydro-1H-2-benzopyran-1-one × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE	分辨率 2.10 Å R-free 0.206
6B7E Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with (R)-4-(5-(difluoromethyl)-1H-imidazol-1-yl)-3,3-dimethylisochroman-1-one 提交 2017-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–159（159 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 9 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE	分辨率 2.10 Å R-free 0.206
6B7E Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with (R)-4-(5-(difluoromethyl)-1H-imidazol-1-yl)-3,3-dimethylisochroman-1-one 提交 2017-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–159（159 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 12 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 CWA (4R)-4-[5-(difluoromethyl)-1H-imidazol-1-yl]-3,3-dimethyl-3,4-dihydro-1H-2-benzopyran-1-one × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE	分辨率 2.10 Å R-free 0.206
6B7F Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with (R)-3,3-dimethyl-4-(5-vinyl-1H-imidazol-1-yl)isochroman-1-one 提交 2017-10-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 6 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 12 POP PYROPHOSPHATE 2- × 3 K POTASSIUM ION × 3 CW4 (4R)-4-(5-ethenyl-1H-imidazol-1-yl)-3,3-dimethyl-3,4-dihydro-1H-2-benzopyran-1-one × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE	分辨率 2.56 Å R-free 0.208
6B7F Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with (R)-3,3-dimethyl-4-(5-vinyl-1H-imidazol-1-yl)isochroman-1-one 提交 2017-10-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 4 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 K POTASSIUM ION × 1 CW4 (4R)-4-(5-ethenyl-1H-imidazol-1-yl)-3,3-dimethyl-3,4-dihydro-1H-2-benzopyran-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.25 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2 M POTASSIUM BROMIDE	分辨率 2.56 Å R-free 0.208
6CCK Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with (R)-3-(3-chlorophenyl)-3-((5-methyl-7-oxo-4,7-dihydro-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-2-yl)amino)propanenitrile 提交 2018-02-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	EXJ (3R)-3-(3-chlorophenyl)-3-[(5-methyl-7-oxo-6,7-dihydro[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-2-yl)amino]propanenitrile × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 1.61 Å R-free 0.198
6CCK Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with (R)-3-(3-chlorophenyl)-3-((5-methyl-7-oxo-4,7-dihydro-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-2-yl)amino)propanenitrile 提交 2018-02-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	EXJ (3R)-3-(3-chlorophenyl)-3-[(5-methyl-7-oxo-6,7-dihydro[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-2-yl)amino]propanenitrile × 24 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 24 MG MAGNESIUM ION × 24 SO4 SULFATE ION × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 1.61 Å R-free 0.198
6CCL Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 1-benzyl-1H-imidazo[4,5-b]pyridine 提交 2018-02-07	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–159（158 aa）链 B 2–159（158 aa）	未记录	EXG 1-benzyl-1H-imidazo[4,5-b]pyridine × 6 SO4 SULFATE ION × 18 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 1.77 Å R-free 0.202
6CCL Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 1-benzyl-1H-imidazo[4,5-b]pyridine 提交 2018-02-07	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 2–159（158 aa）链 B 2–159（158 aa）	未记录	EXG 1-benzyl-1H-imidazo[4,5-b]pyridine × 24 SO4 SULFATE ION × 72 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 1.77 Å R-free 0.202
6CCM Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 2-((3-bromobenzyl)amino)-5-methyl-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7(4H)-one 提交 2018-02-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	EXP 2-{[(3-bromophenyl)methyl]amino}-5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7(6H)-one × 3 SO4 SULFATE ION × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 1.79 Å R-free 0.202
6CCM Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 2-((3-bromobenzyl)amino)-5-methyl-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7(4H)-one 提交 2018-02-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	EXP 2-{[(3-bromophenyl)methyl]amino}-5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7(6H)-one × 12 SO4 SULFATE ION × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 1.79 Å R-free 0.202
6CCN Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with (R)-2,4-dihydroxy-N-(2-(4-hydroxy-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)ethyl)-3,3-dimethylbutanamide 提交 2018-02-07	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–159（158 aa）链 B 2–159（158 aa）	未记录	EXS (2R)-2,4-dihydroxy-N-[2-(7-hydroxy-1H-benzimidazol-2-yl)ethyl]-3,3-dimethylbutanamide × 6 SO4 SULFATE ION × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 1.87 Å R-free 0.196
6CCN Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with (R)-2,4-dihydroxy-N-(2-(4-hydroxy-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)ethyl)-3,3-dimethylbutanamide 提交 2018-02-07	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 2–159（158 aa）链 B 2–159（158 aa）	未记录	EXS (2R)-2,4-dihydroxy-N-[2-(7-hydroxy-1H-benzimidazol-2-yl)ethyl]-3,3-dimethylbutanamide × 24 SO4 SULFATE ION × 72	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 1.87 Å R-free 0.196
6CCO Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 3-((1S,2S)-2-(4-hydroxy-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)cyclopentyl)benzoic acid 提交 2018-02-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	EXV 3-[(1S,2S)-2-(7-hydroxy-1H-benzimidazol-2-yl)cyclopentyl]benzoic acid × 3 SO4 SULFATE ION × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 1.82 Å R-free 0.211
6CCO Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 3-((1S,2S)-2-(4-hydroxy-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)cyclopentyl)benzoic acid 提交 2018-02-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	EXV 3-[(1S,2S)-2-(7-hydroxy-1H-benzimidazol-2-yl)cyclopentyl]benzoic acid × 12 SO4 SULFATE ION × 72	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 1.82 Å R-free 0.211
6CCQ Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 2-(3-chlorophenethyl)-1H-benzo[d]imidazol-4-ol 提交 2018-02-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	EX7 2-[2-(3-chlorophenyl)ethyl]-1H-benzimidazol-7-ol × 6 SO4 SULFATE ION × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 1.92 Å R-free 0.221
6CCQ Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 2-(3-chlorophenethyl)-1H-benzo[d]imidazol-4-ol 提交 2018-02-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	EX7 2-[2-(3-chlorophenyl)ethyl]-1H-benzimidazol-7-ol × 24 SO4 SULFATE ION × 72	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 1.92 Å R-free 0.221
6CCS Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 2-(trifluoromethyl)-1H-benzo[d]imidazol-4-ol 提交 2018-02-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	EXD 2-(trifluoromethyl)-1H-benzimidazol-7-ol × 6 SO4 SULFATE ION × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 2.06 Å R-free 0.219
6CCS Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 2-(trifluoromethyl)-1H-benzo[d]imidazol-4-ol 提交 2018-02-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	EXD 2-(trifluoromethyl)-1H-benzimidazol-7-ol × 24 SO4 SULFATE ION × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 2.06 Å R-free 0.219
6CHL Phosphopantetheine adenylyltransferase (CoaD) in complex with (R)-3-(3-chlorophenyl)-3-((5-methyl-7-oxo-4,7-dihydro-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-2-yl)amino)propanenitrile 提交 2018-02-22	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–159（158 aa）链 B 2–159（158 aa）	未记录	EXJ (3R)-3-(3-chlorophenyl)-3-[(5-methyl-7-oxo-6,7-dihydro[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-2-yl)amino]propanenitrile × 6 SO4 SULFATE ION × 21 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 2.20 Å R-free 0.218
6CHL Phosphopantetheine adenylyltransferase (CoaD) in complex with (R)-3-(3-chlorophenyl)-3-((5-methyl-7-oxo-4,7-dihydro-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-2-yl)amino)propanenitrile 提交 2018-02-22	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 2–159（158 aa）链 B 2–159（158 aa）	未记录	EXJ (3R)-3-(3-chlorophenyl)-3-[(5-methyl-7-oxo-6,7-dihydro[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-2-yl)amino]propanenitrile × 24 SO4 SULFATE ION × 84 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 2.20 Å R-free 0.218
6CHM Phosphopantetheine adenylyltransferase (CoaD) in complex with N-(2-(5-methoxy-1H-indol-3-yl)ethyl)pivalamide 提交 2018-02-22	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	F1V N-[2-(5-methoxy-1H-indol-3-yl)ethyl]-2,2-dimethylpropanamide × 6 SO4 SULFATE ION × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 2.28 Å R-free 0.220
6CHM Phosphopantetheine adenylyltransferase (CoaD) in complex with N-(2-(5-methoxy-1H-indol-3-yl)ethyl)pivalamide 提交 2018-02-22	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	F1V N-[2-(5-methoxy-1H-indol-3-yl)ethyl]-2,2-dimethylpropanamide × 24 SO4 SULFATE ION × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 2.28 Å R-free 0.220
6CHO Phosphopantetheine adenylyltransferase (CoaD) in complex with (R)-2-((1-(3-(4-methoxyphenoxy)phenyl)ethyl)amino)-5-methyl-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7(4H)-one 提交 2018-02-22	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	F14 2-({(1R)-1-[3-(4-methoxyphenoxy)phenyl]ethyl}amino)-5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7(6H)-one × 6 SO4 SULFATE ION × 18 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 1.85 Å R-free 0.203
6CHO Phosphopantetheine adenylyltransferase (CoaD) in complex with (R)-2-((1-(3-(4-methoxyphenoxy)phenyl)ethyl)amino)-5-methyl-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7(4H)-one 提交 2018-02-22	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	F14 2-({(1R)-1-[3-(4-methoxyphenoxy)phenyl]ethyl}amino)-5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7(6H)-one × 24 SO4 SULFATE ION × 72 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 48	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 1.85 Å R-free 0.203
6CHP Phosphopantetheine adenylyltransferase (CoaD) in complex with methyl (R)-4-(3-(2-cyano-1-((5-methyl-1H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-yl)amino)ethyl)benzyl)piperidine-1-carboxylate 提交 2018-02-22	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	F0Y methyl 4-[(3-{(1R)-2-cyano-1-[(5-methyl-3H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-yl)amino]ethyl}phenyl)methyl]piperidine-1-carboxylate × 6 SO4 SULFATE ION × 15 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 1.94 Å R-free 0.197
6CHP Phosphopantetheine adenylyltransferase (CoaD) in complex with methyl (R)-4-(3-(2-cyano-1-((5-methyl-1H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-yl)amino)ethyl)benzyl)piperidine-1-carboxylate 提交 2018-02-22	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	F0Y methyl 4-[(3-{(1R)-2-cyano-1-[(5-methyl-3H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-yl)amino]ethyl}phenyl)methyl]piperidine-1-carboxylate × 24 SO4 SULFATE ION × 60 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 36	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 1.94 Å R-free 0.197
6CHQ Phosphopantetheine adenylyltransferase (CoaD) in complex with 2-benzyl-N-(3-chloro-4-methylphenyl)-5-methyl-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-amine 提交 2018-02-22	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	F0V 2-benzyl-7-[(3-chloro-4-methylphenyl)amino]-5-methyl-3H-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-8-ium × 3 SO4 SULFATE ION × 15 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 6 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 1.79 Å R-free 0.192
6CHQ Phosphopantetheine adenylyltransferase (CoaD) in complex with 2-benzyl-N-(3-chloro-4-methylphenyl)-5-methyl-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-amine 提交 2018-02-22	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	F0V 2-benzyl-7-[(3-chloro-4-methylphenyl)amino]-5-methyl-3H-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-8-ium × 12 SO4 SULFATE ION × 60 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 24 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 1.79 Å R-free 0.192
6CKW Phosphopantetheine adenylyltransferase (CoaD) in complex with (R)-3-((7-(((S)-2-amino-2-(2-methoxyphenyl)ethyl)amino)-5-methyl-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-2-yl)amino)-3-(3-chlorophenyl)propanenitrile 提交 2018-03-01	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	F6D (3R)-3-[(7-{[(2S)-2-amino-2-(2-methoxyphenyl)ethyl]amino}-5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-2-yl)amino]-3-(3-chlorophenyl)propanenitrile × 6 SO4 SULFATE ION × 27 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 12 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 2.06 Å R-free 0.187
6CKW Phosphopantetheine adenylyltransferase (CoaD) in complex with (R)-3-((7-(((S)-2-amino-2-(2-methoxyphenyl)ethyl)amino)-5-methyl-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-2-yl)amino)-3-(3-chlorophenyl)propanenitrile 提交 2018-03-01	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–159（159 aa）链 B 1–159（159 aa）	未记录	F6D (3R)-3-[(7-{[(2S)-2-amino-2-(2-methoxyphenyl)ethyl]amino}-5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-2-yl)amino]-3-(3-chlorophenyl)propanenitrile × 24 SO4 SULFATE ION × 108 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 48 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide	分辨率 2.06 Å R-free 0.187

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UniProt名称	COAD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 B； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6chn
沉积日期 deposition_date	2018-02-22
结构标题 title	Phosphopantetheine adenylyltransferase (CoaD) in complex with methyl (R)-4-(3-(2-cyano-1-((5-methyl-7-oxo-4,7-dihydro-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-2-yl)amino)ethyl)phenoxy)piperidine-1-carboxylate
关键词 keywords	;Dephospho-CoA pyrophosphorylase, Pantetheine-phosphate adenylyltransferase, PPAT CaaD, FBDD Gram-negative antibacterial antibiotic, Transferase Transferase-antibiotic complex, TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex ;; TRANSFERASE/ANTIBIOTIC
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.32 Å
零角强度 I(0) i0	24404300.00
分子量 molecular_weight	37145.0 kDa
排除体积 excluded_volume	46267 Å³
包络体积 envelope_volume	53758 Å³
水化壳体积 shell_volume	21746 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.2 Å
壳层 Rg shell_rg	27.57 Å
包络 Rg envelope_rg	21.62 Å
形状 Rg shape_rg	21.32 Å
总 Rg total_rg	22.10 Å
总原子数 total_atoms	2604
残基数 n_residues	317
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.3 Å
Rg (实空间) rg_real	22.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4490e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6700
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.489
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.071
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6083000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.686; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.262; Positv: 1.000; Valcen: 0.900; Smooth: 0.962

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphopantetheine adenylyltransferase
分子量 formula_weight	18073.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3051

MQKRAIYPGTFDPITNGHIDIVTRATQMFDHVILAIAASPSKKPMFTLEERVALAQQATAHLGNVEVVGFSDLMANFARNQHATVLIRGLRAVADFEYEMQLAHMNRHLMPELESVFLMPSKEWSFISSSLVKEVARHQGDVTHFLPENVHQALMAKLAVD

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;methyl 4-(3-{(1R)-2-cyano-1-[(5-methyl-7-oxo-6,7-dihydro[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-2-yl)amino]ethyl}phenoxy)piperidine-1-carboxylate ;
分子量 formula_weight	451.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	268

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d6chna_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.26 — Adenine nucleotide alpha hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.26.1 — Nucleotidylyl transferase
家族 Family family	c.26.1.3 — Adenylyltransferase

结构域编号 domain_id	d6chnb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.26 — Adenine nucleotide alpha hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.26.1 — Nucleotidylyl transferase
家族 Family family	c.26.1.3 — Adenylyltransferase

结构域编号 domain_id	d6chnb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6chnA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	6chnB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	134.804 Å
晶胞边长 b length_b	134.804 Å
晶胞边长 c length_c	134.804 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	I 2 3
空间群编号 int_tables_number	197
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.030 Å
最低分辨率 resolution_low	24.150 Å
R 因子 r_factor	0.1650
R_work r_work	0.1630
R_free r_free	0.1990

fit	/app/data/saxs_computation/ch/6chn/6chn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ch/6chn/6chn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ch/6chn/6chn.dat