6cht

HNF4alpha in complex with the corepressor EBP1 fragment

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 195.9 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hepatocyte nuclear factor 4-alpha

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 178–421 链 B； UniProt 178–421 链 J； UniProt 178–421 链 K； UniProt 178–421 链 M； UniProt 178–421 链 N； UniProt 178–421 链 V； UniProt 178–421 链 W； UniProt 178–421	未记录	Proliferation-associated protein 2G4 × 2 （Q9UQ80） DAO LAURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；293 K；0.1 m Bis-Tris, 26-28% MPD, 3-4% PEG8000, 20-50 mM Glycine and 10% glycerol	分辨率 3.17 Å R-free 0.274
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 178–421 链 E； UniProt 178–421 链 G； UniProt 178–421 链 H； UniProt 178–421 链 P； UniProt 178–421 链 Q； UniProt 178–421 链 S； UniProt 178–421 链 T； UniProt 178–421	未记录	Proliferation-associated protein 2G4 × 2 （Q9UQ80） DAO LAURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；293 K；0.1 m Bis-Tris, 26-28% MPD, 3-4% PEG8000, 20-50 mM Glycine and 10% glycerol	分辨率 3.17 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6CHT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1PZL Crystal structure of HNF4a LBD in complex with the ligand and the coactivator SRC-1 peptide 提交 2003-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 133–369（237 aa）片段：HNF4A-LDB	突变：D137L, S138A	MYR MYRISTIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；Sodium, Potassium Tartrate, Hepes, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.10 Å R-free 0.267
3CBB Crystal Structure of Hepatocyte Nuclear Factor 4alpha in complex with DNA: Diabetes Gene Product 提交 2008-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 58–135（78 aa）片段：DNA binding domain 链 B 58–135（78 aa）片段：DNA binding domain	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；298 K；26% PEG 4000, 80mM Magnesium acetate, 50mM Sodium citrate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
3FS1 Crystal structure of HNF4a LBD in complex with the ligand and the coactivator PGC-1a fragment 提交 2009-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 148–377（230 aa）片段：HNF4a Ligand Binding Domain	未记录	MYR MYRISTIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.236
4B7W Ligand binding domain human hepatocyte nuclear factor 4alpha: Apo form 提交 2012-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 142–377（236 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 142-377 链 B 142–377（236 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 142-377 链 C 142–377（236 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 142-377 链 D 142–377（236 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 142-377	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.7 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CITRATE, 10 MM DTT, 16% MPD IN 0.1 M TRIS, PH 8.0	分辨率 4.00 Å R-free 0.280
4IQR Multi-Domain Organization of the HNF4alpha Nuclear Receptor Complex on DNA 提交 2013-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 55–377（323 aa）片段：unp residues 55-377 链 B 55–377（323 aa）片段：unp residues 55-377	未记录	MYR MYRISTIC ACID × 2 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M MES, 25mM NH4Cl, 25mM MgCl2 and PEG 3350 , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.278
4IQR Multi-Domain Organization of the HNF4alpha Nuclear Receptor Complex on DNA 提交 2013-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 E 55–377（323 aa）片段：unp residues 55-377 链 F 55–377（323 aa）片段：unp residues 55-377	未记录	MYR MYRISTIC ACID × 2 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M MES, 25mM NH4Cl, 25mM MgCl2 and PEG 3350 , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.278
8C1L Crystal structure of HNF4 alpha LBD in complexes with palmitic acid and GRIP-1 peptide 提交 2022-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 148–377（230 aa）链 B 148–377（230 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；284 K；20% PEG3350 -- 10% ethylene glycol -- 0.1M bis-tris-propane pH 8.5 -- 0.2M sodium nitrate	分辨率 2.00 Å R-free 0.237
9IBR Crystal structure of HNF4 alpha LBD complexed with GRIP-1 peptide and ESY13 提交 2025-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 148–377（230 aa）	未记录	A1I1W 2-hydroxy-5-(phenylethynyl)benzoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；16% PEG3350 8% ethylene glycol 0.1M bis-tris-propane pH 8.5 -	分辨率 2.78 Å R-free 0.355

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HNF4A_HUMAN
Isoform	P41235-4
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–245； UniProt 178–421 作者链 B； PDB构建体 2–245； UniProt 178–421 作者链 D； PDB构建体 2–245； UniProt 178–421 作者链 E； PDB构建体 2–245； UniProt 178–421 作者链 G； PDB构建体 2–245； UniProt 178–421 作者链 H； PDB构建体 2–245； UniProt 178–421 作者链 J； PDB构建体 2–245； UniProt 178–421 作者链 K； PDB构建体 2–245； UniProt 178–421 作者链 M； PDB构建体 2–245； UniProt 178–421 作者链 N； PDB构建体 2–245； UniProt 178–421 作者链 P； PDB构建体 2–245； UniProt 178–421 作者链 Q； PDB构建体 2–245； UniProt 178–421 作者链 S； PDB构建体 2–245； UniProt 178–421 作者链 T； PDB构建体 2–245； UniProt 178–421 作者链 V； PDB构建体 2–245； UniProt 178–421 作者链 W； PDB构建体 2–245； UniProt 178–421

Proliferation-associated protein 2G4

物种未注明

UniProt Q9UQ80

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 349–368 链 L； UniProt 349–368	未记录	Hepatocyte nuclear factor 4-alpha × 8 （P41235） DAO LAURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；293 K；0.1 m Bis-Tris, 26-28% MPD, 3-4% PEG8000, 20-50 mM Glycine and 10% glycerol	分辨率 3.17 Å R-free 0.274
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 349–368 链 I； UniProt 349–368	未记录	Hepatocyte nuclear factor 4-alpha × 8 （P41235） DAO LAURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；293 K；0.1 m Bis-Tris, 26-28% MPD, 3-4% PEG8000, 20-50 mM Glycine and 10% glycerol	分辨率 3.17 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6CHT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2Q8K The crystal structure of Ebp1 提交 2007-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–394（393 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；2.3 M Ammoniumsulfate, 0.1M Citric acid, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.219
3J2I Structure of late pre-60S ribosomal subunits with nuclear export factor Arx1 bound at the peptide exit tunnel 提交 2012-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 100 mM NaCl, 1.5 mM or 5 mM MgCl2, 0.075% (v/v) NP-40 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV)	分辨率 11.90 Å
6LSR Cryo-EM structure of a pre-60S ribosomal subunit - state B 提交 2020-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：48-meric	链 z 1–394（394 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 246	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.13 Å
6SXO Cryo-EM structure of the human Ebp1-ribosome complex 提交 2019-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
6WM8 Proliferation-Associated protein 2G4 (PA2G4) 提交 2020-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–362（361 aa）链 B 2–362（361 aa）链 C 2–362（361 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 28	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；2.4M Ammonium Sulphate 100 sodium citrate pH 5.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
6Z6L Cryo-EM structure of human CCDC124 bound to 80S ribosomes 提交 2020-05-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric	链 CA 1–394（394 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 256 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
6Z6M Cryo-EM structure of human 80S ribosomes bound to EBP1, eEF2 and SERBP1 提交 2020-05-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：84-meric	链 CA 1–394（394 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 256 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
6Z6N Cryo-EM structure of human EBP1-80S ribosomes (focus on EBP1) 提交 2020-05-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：84-meric	链 CA 1–394（394 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 256 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
6ZM7 SARS-CoV-2 Nsp1 bound to the human CCDC124-80S-EBP1 ribosome complex 提交 2020-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric	链 CA 1–394（394 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 256 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
6ZME SARS-CoV-2 Nsp1 bound to the human CCDC124-80S-eERF1 ribosome complex 提交 2020-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：88-meric	链 CA 1–394（394 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 256 ZN ZINC ION × 8 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
6ZMI SARS-CoV-2 Nsp1 bound to the human LYAR-80S ribosome complex 提交 2020-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric	链 CA 1–394（394 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 256 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
6ZMO SARS-CoV-2 Nsp1 bound to the human LYAR-80S-eEF1a ribosome complex 提交 2020-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 82 PDB 声明：88-meric	链 CA 1–394（394 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 256 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7BHP Cryo-EM structure of the human Ebp1 - 80S ribosome 提交 2021-01-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：45-meric	链 A 1–394（394 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 41 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8K2C Cryo-EM structure of the human 80S ribosome with Tigecycline 提交 2023-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric	链 CA 1–394（394 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 259 T1C TIGECYCLINE × 9 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
8XSX Cryo-EM structure of the human 80S ribosome with Tigecycline, E-tRNA, SERBP1 and eEF2 提交 2024-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric	链 CA 1–394（394 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 259 T1C TIGECYCLINE × 7 ZN ZINC ION × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
8XSY Cryo-EM structure of the human 80S ribosome with Tigecycline, e-tRNA and CCDC124 (40S head Swivelled) 提交 2024-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric	链 CA 1–394（394 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 255 T1C TIGECYCLINE × 8 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8XSZ Cryo-EM structure of the human 80S ribosome with Tigecycline, E-tRNA and P-tRNA 提交 2024-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric	链 CA 1–394（394 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 248 T1C TIGECYCLINE × 5 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9B0P In situ human Hibernating class1 80S ribosome 提交 2024-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：85-meric	链 CA 7–362（356 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 255 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.82 Å
9FQZ CRYO-EM STRUCTURE OF HCT15 POLYSOMES BOUND TO EEF2, EBP1, AND SERBP1 提交 2024-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：84-meric	链 CA 1–394（394 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 271 K POTASSIUM ION × 104 ZN ZINC ION × 8 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 7 HYG HYGROMYCIN B × 1 SPD SPERMIDINE × 8 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 ANM ANISOMYCIN × 1 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.85 Å
9GJ5 Human 80S ribosome in complex with NatA in distal position and Ebp1 提交 2024-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric	链 A 1–394（394 aa）	未记录	KGN D-chiro inositol hexakisphosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.61 Å
9P78 In situ human Hibernating rotate 3 with E-site tRNA state 80S ribosome 提交 2025-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric	链 CA 7–362（356 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 218 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9P79 In situ human Hibernating rotate3 with Z site tRNA state 80S ribosome 提交 2025-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric	链 CA 7–362（356 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 218 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9P7A In situ human hibernating class2 80S ribosome 提交 2025-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric	链 CA 7–362（356 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 218 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.81 Å
9P7C In situ human Hibernating class3 80S ribosome 提交 2025-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric	链 CA 7–362（356 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 218 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.78 Å
9P7D In situ human Hibernating class4 80S ribosome 提交 2025-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric	链 CA 7–362（356 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 218 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.57 Å
9P7E In situ human Hibernating class5 80S ribosome 提交 2025-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric	链 CA 7–362（356 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 218 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.59 Å
9P8C In situ human Hibernating class1 (rotate3) without E tRNA state 80S ribosome 提交 2025-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：85-meric	链 CA 7–362（356 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 218 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.11 Å
9P9J In situ human 60S ribosome 提交 2025-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：44-meric	链 CA 7–362（356 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 191 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
9P9K In situ human 60S ribosome with EIF6 提交 2025-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：45-meric	链 CA 7–362（356 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 191 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.96 Å
9PA7 In situ human 80S consensus ribosome with EBP1 提交 2025-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：87-meric	链 CA 7–362（356 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 225 SPM SPERMINE × 8 SPD SPERMIDINE × 12 K POTASSIUM ION × 75 ZN ZINC ION × 7 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.67 Å

共 30 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PA2G4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–20； UniProt 349–368 作者链 F； PDB构建体 1–20； UniProt 349–368 作者链 I； PDB构建体 1–20； UniProt 349–368 作者链 L； PDB构建体 1–20； UniProt 349–368

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6cht
沉积日期 deposition_date	2018-02-22
结构标题 title	HNF4alpha in complex with the corepressor EBP1 fragment
关键词 keywords	;HNF4alpha, EBP1, nuclear receptor, co-repressor, protein-protein interaction, gene regulation, insulin secretion, diabetes, TRANSCRIPTION ;; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.68 Å
零角强度 I(0) i0	1770090000.00
分子量 molecular_weight	374540.0 kDa
排除体积 excluded_volume	478340 Å³
包络体积 envelope_volume	707500 Å³
水化壳体积 shell_volume	104440 Å³
包络直径 envelope_diameter	197.7 Å
壳层 Rg shell_rg	58.28 Å
包络 Rg envelope_rg	55.52 Å
形状 Rg shape_rg	56.72 Å
总 Rg total_rg	56.55 Å
总原子数 total_atoms	26337
残基数 n_residues	3261
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	195.9 Å
Rg (实空间) rg_real	56.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7700e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3430e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1769000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8480
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	63.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.410
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.485
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	255000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.745; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.793

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
分子量 formula_weight	27535.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,E,G,H,J,K,M,N,P,Q,S,T,V,W
原子数 atom_count	26381

GSLPSINALLQAEVLSRQITSPVSGINGDIRAKKIASIADVCESMKEQLLVLVEWAKYIPAFCELPLDDQVALLRAHAGEHLLLGATKRSMVFKDVLLLGNDYIVPRHCPELAEMSRVSIRILDELVLPFQELQIDDNEYAYLKAIIFFDPDAKGLSDPGKIKRLRSQVQVSLEDYINDRQYDSRGRFGELLLLLPTLQSITWQMIEQIQFIKLFGMAKIDNLLQEMLLGGSPSDAPHAHHPLHP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Proliferation-associated protein 2G4
分子量 formula_weight	2205.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L

VQDAELKALLQSSASRKTQK

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	LAURIC ACID
分子量 formula_weight	200.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	44

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	6chtA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	6chtB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	6chtD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	6chtE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	6chtG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	6chtH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	6chtJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	6chtK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	6chtM00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	6chtN00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	6chtP00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	6chtQ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	6chtS00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	6chtT00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	6chtV00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	6chtW00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	139.721 Å
晶胞边长 b length_b	104.946 Å
晶胞边长 c length_c	139.563 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.61 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.174 Å
最低分辨率 resolution_low	49.632 Å
R 因子 r_factor	0.4142
R_work r_work	0.2622
R_free r_free	0.2742

fit	/app/data/saxs_computation/ch/6cht/6cht.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ch/6cht/6cht.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ch/6cht/6cht.dat

HNF4alpha in complex with the corepressor EBP1 fragment

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hepatocyte nuclear factor 4-alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Proliferation-associated protein 2G4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)