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6cjt

Structure of the SthK cyclic nucleotide-gated potassium channel in complex with cGMP

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 120.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SthK cyclic nucleotide-gated potassium channel

Spirochaeta thermophila

UniProt G0GA88

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–420 链 B； UniProt 1–420 链 C； UniProt 1–420 链 D； UniProt 1–420 未记录 PCG CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 4 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 24 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.46 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6CJT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
10RX SthK closed state at low temperature, cAMP-bound in DOPC nanodiscs 提交 2026-02-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–420（420 aa）
链 B 1–420（420 aa）
链 C 1–420（420 aa）
链 D 1–420（420 aa）
未记录 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.51 Å
6CJQ Structure of the SthK cyclic nucleotide-gated potassium channel 提交 2018-02-26 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–420（420 aa）
链 B 1–420（420 aa）
链 C 1–420（420 aa）
链 D 1–420（420 aa）
未记录 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 24 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.42 Å
6CJU Structure of the SthK cyclic nucleotide-gated potassium channel in complex with cAMP 提交 2018-02-26 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–420（420 aa）
链 B 1–420（420 aa）
链 C 1–420（420 aa）
链 D 1–420（420 aa）
未记录 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 32 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.35 Å
6VXZ SthK P300A cyclic nucleotide-gated potassium channel in the closed state, in complex with cAMP 提交 2020-02-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–420（420 aa）
链 B 1–420（420 aa）
链 C 1–420（420 aa）
链 D 1–420（420 aa）
突变：P300A 突变：P300A 突变：P300A 突变：P300A CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 24 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.42 Å
6VY0 SthK P300A cyclic nucleotide-gated potassium channel in a putative active state, in complex with cAMP 提交 2020-02-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–420（420 aa）
链 B 1–420（420 aa）
链 C 1–420（420 aa）
链 D 1–420（420 aa）
突变：P300A 突变：P300A 突变：P300A 突变：P300A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.68 Å
7RYR SthK R120A Open State 3 提交 2021-08-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–420（420 aa）
链 B 1–420（420 aa）
链 C 1–420（420 aa）
链 D 1–420（420 aa）
突变：R120A 突变：R120A 突变：R120A 突变：R120A CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 28 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7RYS SthK R120A Open State 2 提交 2021-08-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–420（420 aa）
链 B 1–420（420 aa）
链 C 1–420（420 aa）
链 D 1–420（420 aa）
突变：R120A 突变：R120A 突变：R120A 突变：R120A CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 28 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
7TJ5 SthK closed state, cAMP-bound in the presence of POPA 提交 2022-01-14 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–420（420 aa）
链 B 1–420（420 aa）
链 C 1–420（420 aa）
链 D 1–420（420 aa）
未记录 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 D21 (2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec-9-enoate × 28 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.41 Å
7TJ6 SthK open state, cAMP-bound in the presence of POPA 提交 2022-01-14 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–420（420 aa）
链 B 1–420（420 aa）
链 C 1–420（420 aa）
链 D 1–420（420 aa）
未记录 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 D21 (2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec-9-enoate × 24 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7TKT SthK closed state, cAMP-bound in the presence of detergent 提交 2022-01-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–420（420 aa）
链 B 1–420（420 aa）
链 C 1–420（420 aa）
链 D 1–420（420 aa）
未记录 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 52 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8VT9 WT SthK in the presence of PIP2 and cAMP 提交 2024-01-26 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–420（420 aa）
链 B 1–420（420 aa）
链 C 1–420（420 aa）
链 D 1–420（420 aa）
未记录 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 PT5 [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 28 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；30 s incubation 2 s blotting blot force -4
分辨率 2.90 Å
8VTA SthK R120A in the presence of PIP2 and cAMP 提交 2024-01-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–420（420 aa）
链 B 1–420（420 aa）
链 C 1–420（420 aa）
链 D 1–420（420 aa）
突变：R120A 突变：R120A 突变：R120A 突变：R120A CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 PT5 [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 24 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；30 s incubation 2 s blotting blot force -4
分辨率 3.00 Å
8VTB SthK R120A R124A in the presence of PIP2 and cAMP 提交 2024-01-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–420（420 aa）
链 B 1–420（420 aa）
链 C 1–420（420 aa）
链 D 1–420（420 aa）
突变：R120A R124A 突变：R120A R124A 突变：R120A R124A 突变：R120A R124A CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 24 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；30 s incubation 2 s blotting blot force -4
分辨率 2.50 Å
9NWJ Apo WT SthK in 3:1 DOPC:POPE nanodiscs 提交 2025-03-23 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–420（420 aa）
链 B 1–420（420 aa）
链 C 1–420（420 aa）
链 D 1–420（420 aa）
未记录 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 20 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.69 Å
9NWK cAMP-bound WT SthK in 3:1 DOPC:POPE nanodiscs 提交 2025-03-23 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–420（420 aa）
链 B 1–420（420 aa）
链 C 1–420（420 aa）
链 D 1–420（420 aa）
未记录 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 16 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.74 Å
9OXL SthK closed state at low temperature, cAMP-bound in the presence of DOPE 提交 2025-06-03 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–420（420 aa）
链 B 1–420（420 aa）
链 C 1–420（420 aa）
链 D 1–420（420 aa）
未记录 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 28 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.62 Å
9OXM SthK intermediate state at low temperature, cAMP-bound in the presence of DOPE 提交 2025-06-03 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–420（420 aa）
链 B 1–420（420 aa）
链 C 1–420（420 aa）
链 D 1–420（420 aa）
未记录 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 28 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.79 Å

共 17 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G0GA88_SPITZ
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 20–439； UniProt 1–420 作者链 B； PDB构建体 20–439； UniProt 1–420 作者链 C； PDB构建体 20–439； UniProt 1–420 作者链 D； PDB构建体 20–439； UniProt 1–420

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6cjt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6cjt
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6cjt
沉积日期 deposition_date2018-02-26
结构标题 titleStructure of the SthK cyclic nucleotide-gated potassium channel in complex with cGMP
关键词 keywordsion channel, tetramer, lipid, cGMP, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.47 Å
零角强度 I(0) i0413369000.00
分子量 molecular_weight186900.0 kDa
排除体积 excluded_volume243110 ų
包络体积 envelope_volume336270 ų
水化壳体积 shell_volume68875 ų
包络直径 envelope_diameter121.7 Å
壳层 Rg shell_rg47.21 Å
包络 Rg envelope_rg38.51 Å
形状 Rg shape_rg39.46 Å
总 Rg total_rg40.01 Å
总原子数 total_atoms13208
残基数 n_residues1584
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax120.1 Å
Rg (实空间) rg_real39.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real4.1340e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.5130e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal413400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8855
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary49.3 Å
偏度 Skewness skewness0.125
峰度 Kurtosis kurtosis-0.543
角度范围 angular_range— – 0.1950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha31240000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.948; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.685
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)