6cs9

Crystal structure of human beta-defensin 2 in complex with PIP2

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-defensin 4A

Homo sapiens

UniProt O15263

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 ;[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate ; × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DFB4A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–41; UniProt 24–64 作者链 B; PDB构建体 1–41; UniProt 24–64

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6cs9
沉积日期 deposition_date2018-03-20
结构标题 titleCrystal structure of human beta-defensin 2 in complex with PIP2
关键词 keywordsantimicrobial, antifungal, defensin, innate defense, ANTIMICROBIAL PROTEIN; ANTIMICROBIAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6cs9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6cs9__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

6cs9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)13.69 Å
Rg(电子密度)12.19 Å
总 Rg13.68 Å
原子数692
残基数82
排除体积12569 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6cs9__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6cs9a_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.9 — Defensin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.9.1 — Defensin-like
家族 Family familyg.9.1.1 — Defensin
结构域编号 domain_idd6cs9b_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.9 — Defensin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.9.1 — Defensin-like
家族 Family familyg.9.1.1 — Defensin

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6cs9A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology360 — Antimicrobial Peptide, Beta-defensin 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Antimicrobial Peptide, Beta-defensin 2; Chain A
结构域编号 domain_id6cs9B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology360 — Antimicrobial Peptide, Beta-defensin 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Antimicrobial Peptide, Beta-defensin 2; Chain A

7. 引用文献 (1)