SAXSdb — 6csx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Multidrug efflux pump subunit AcrB

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 18 DODECANE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACRB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1049； UniProt 1–1049 作者链 B； PDB构建体 1–1049； UniProt 1–1049 作者链 C； PDB构建体 1–1049； UniProt 1–1049

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6csx
沉积日期 deposition_date	2018-03-21
结构标题 title	Single particles Cryo-EM structure of AcrB D407A associated with lipid bilayer at 3.0 Angstrom
关键词 keywords	AcrB, Native cell membrane nanoparticles, SMA, lipid bilayer, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6csx__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6csx__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6csx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.91 Å
Rg（电子密度）	44.27 Å
总 Rg	44.61 Å
原子数	23232
残基数	2999
排除体积	421830 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6csx__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Multidrug efflux pump subunit AcrB
分子量 formula_weight	114692.3 kDa
突变 mutation	D407A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,A
原子数 atom_count	23232

MPNFFIDRPIFAWVIAIIIMLAGGLAILKLPVAQYPTIAPPAVTISASYPGADAKTVQDTVTQVIEQNMNGIDNLMYMSSNSDSTGTVQITLTFESGTDADIAQVQVQNKLQLAMPLLPQEVQQQGVSVEKSSSSFLMVVGVINTDGTMTQEDISDYVAANMKDAISRTSGVGDVQLFGSQYAMRIWMNPNELNKFQLTPVDVITAIKAQNAQVAAGQLGGTPPVKGQQLNASIIAQTRLTSTEEFGKILLKVNQDGSRVLLRDVAKIELGGENYDIIAEFNGQPASGLGIKLATGANALDTAAAIRAELAKMEPFFPSGLKIVYPYDTTPFVKISIHEVVKTLVEAIILVFLVMYLFLQNFRATLIPTIAVPVVLLGTFAVLAAFGFSINTLTMFGMVLAIGLLVADAIVVVENVERVMAEEGLPPKEATRKSMGQIQGALVGIAMVLSAVFVPMAFFGGSTGAIYRQFSITIVSAMALSVLVALILTPALCATMLKPIAKGDHGEGKKGFFGWFNRMFEKSTHHYTDSVGGILRSTGRYLVLYLIIVVGMAYLFVRLPSSFLPDEDQGVFMTMVQLPAGATQERTQKVLNEVTHYYLTKEKNNVESVFAVNGFGFAGRGQNTGIAFVSLKDWADRPGEENKVEAITMRATRAFSQIKDAMVFAFNLPAIVELGTATGFDFELIDQAGLGHEKLTQARNQLLAEAAKHPDMLTSVRPNGLEDTPQFKIDIDQEKAQALGVSINDINTTLGAAWGGSYVNDFIDRGRVKKVYVMSEAKYRMLPDDIGDWYVRAADGQMVPFSAFSSSRWEYGSPRLERYNGLPSMEILGQAAPGKSTGEAMELMEQLASKLPTGVGYDWTGMSYQERLSGNQAPSLYAISLIVVFLCLAALYESWSIPFSVMLVVPLGVIGALLAATFRGLTNDVYFQVGLLTTIGLSAKNAILIVEFAKDLMDKEGKGLIEATLDAVRMRLRPILMTSLAFILGVMPLVISTGAGSGAQNAVGTGVMGGMVTATVLAIFFVPVFFVVVRRRFSRKNEDIEHSHTVDHHLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	734.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	DODECANE
分子量 formula_weight	170.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	6csxA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains

结构域编号 domain_id	6csxB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains

结构域编号 domain_id	6csxB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1430 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain

结构域编号 domain_id	6csxB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains

结构域编号 domain_id	6csxC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains

结构域编号 domain_id	6csxC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	41190

Single particles Cryo-EM structure of AcrB D407A associated with lipid bilayer at 3.0 Angstrom

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Multidrug efflux pump subunit AcrB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6csx__assembly_1__model_1

6csx__assembly_1__model_1 | I(q)

6csx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Single particles Cryo-EM structure of AcrB D407A associated with lipid bilayer at 3.0 Angstrom

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Multidrug efflux pump subunit AcrB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6csx__assembly_1__model_1

6csx__assembly_1__model_1 | I(q)

6csx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)